序章：失去記憶的異鄉人
新西曆195年，世界處於動盪之中。記憶喪失的主角**英格拉姆・普利斯肯（Ingram Prisken）**身處游擊組織「和平百萬」，對抗著腐敗的地球聯邦（TDF）與軍事組織「新巴迪姆」。 在一次追擊墜落地球的「究極鋼彈（惡魔鋼彈）」的任務中，英格拉姆駕駛著愛機 R-GUN，與鋼彈鬥士多蒙・卡修及希洛・唯等人一同被惡魔鋼彈釋放的光芒吞沒。
當英格拉姆醒來時，他發現自己穿越到了40年前——新西曆155年。那是一個怪獸與宇宙人橫行的「特攝時代」。 雖然40年前不該存在這個人，但科學特搜隊的村松隊長卻表示「已收到極東支部的通知」，自然地接納了英格拉姆。英格拉姆雖然困惑，但還是加入了科特隊，與早田隊員（超人力霸王）等人並肩作戰。 隨著戰鬥進行，宇宙刑事卡邦（一條寺烈）、同樣來自外星球的科學家**尤傑斯・高佐（Euzeth Gozzo）**也加入了隊伍。眾人最終編入地球防衛軍（TDF）極東支部，與諸多英雄如超人七號、電腦奇俠、時空戰士史比爾邦等，共同對抗名為「ETF」的侵略者聯盟。
第一章：蓋亞救世主的誕生
尤傑斯私下接觸英格拉姆，聲稱他早已預測到英格拉姆的到來，並希望利用惡魔鋼彈的力量來完成「大氣淨化彈」。然而，尤傑斯強行進行實驗導致失敗，引發電磁霧癱瘓了地球防衛網，招致巴爾坦星人等侵略者的總攻擊。 為了挽回局勢，卡邦公開了宇宙刑事的身分，眾人利用超次元戰鬥母艦多魯基蘭進行反擊。尤傑斯因實驗失敗被投獄。為了對抗失去雷達後的威脅，以多魯基蘭為母艦、早田為隊長的獨立遊擊部隊**「蓋亞救世主（Gaia Sabers）」**正式結成。
蓋亞救世主在接下來的戰鬥中解決了無數危機：擊敗金古橋、阻止佩卡薩市墜落（但導致銀河聯邦警察放棄地球）、對抗假超人力霸王與加米拉、並見證了電腦奇俠次郎與宿敵電腦黑魔（腦部被植入光明寺博士）的悲劇對決。 同時，未來的鋼彈鬥士們（多蒙、希洛等）也穿越到了這個時代，加入了隊伍。
第二章：未來的來訪者與被篡改的歷史
隨著戰況激化，來自未來的另一組人馬——**SRX小隊（龍星、萊迪斯、彩）**駕駛著超級機器人 SRX 登場。他們展現了壓倒性的戰鬥力（甚至搶走了原作主角的戲份，例如一擊秒殺傑頓與龐敦），並揭露英格拉姆其實來自40年後的未來。 然而，ETF 的攻勢並未停止，甚至奪取了惡魔鋼彈。為了阻止惡魔鋼彈，英格拉姆與眾人再次被光芒吞沒，穿越回到了原本的時代——新西曆195年。
但這個未來已經變了。 歷史被篡改，原本的恐怖組織新巴迪姆變成了支配地球圈的巨大勢力，鋼彈駕駛員們淪為通緝犯。而原本應該在過去被囚禁的尤傑斯，竟然戴著面具出現在這個時代，並為了覺醒惡魔鋼彈，再次跳躍回過去。
第三章：跨越時空的決戰
蓋亞救世主追著尤傑斯再次回到155年。此時歷史已面臨崩潰，各大邪惡組織（尼洛斯帝國、不思議界伏魔、異次元人亚波）結成了大聯盟。 英雄們分頭進擊。超人兄弟在各各他星被奪走彩色計時器，但在宇宙刑事的協助下奪回；電腦奇俠兄弟擊敗了哥德尼洛斯；多蒙在東方不敗的教導下習得石破天驚拳（順便一擊打爆了傑頓，讓特攝迷崩潰）。 然而，這一切都在尤傑斯的計畫之中。他利用各個組織的潰敗，收集了關鍵的能量與技術，並奪取了彩色計時器與惡魔鋼彈，再次逃回未來。
英格拉姆恢復了記憶。原來，尤傑斯與他一樣是巴爾瑪帝國的人，為了完成能操控因果律的系統「Cross Gate Paradigm System」，尤傑斯製造了英格拉姆作為自己的克隆體與棋子。 覺醒的英格拉姆帶領蓋亞救世主最後一次穿越到未來，直面尤傑斯。
終章：虛構世界的崩壞
在新西曆195年的最終決戰中，尤傑斯將惡魔鋼彈與超人力霸王的力量融合，化身為**「超神」**。他宣稱超人力霸王的存在阻礙了人類的進化，宇宙需要的是像他這樣的絕對管理者。 面對擁有因果律操作能力的尤傑斯，超人兄弟犧牲了自己全部的能量（從此消失在戰場上）中和了尤傑斯的力場。 最後，SRX 小隊與英格拉姆聯手擊敗了尤傑斯。面具碎裂，尤傑斯露出了與英格拉姆一模一樣的臉孔。他在死前坦承，自己內心深處其實也渴望成為像超人力霸王那樣的英雄，而英格拉姆正是他早已捨棄的「良心」。
尤傑斯死後，維持這個世界的因果律系統崩潰。 英格拉姆揭露了最後的真相：這個世界本身就是由 Cross Gate Paradigm System 強行將不同時空（特攝與動畫）拼湊在一起的虛構世界。 本來，超人力霸王與鋼彈是不可能相遇的。 隨著系統崩壞，世界將回歸原本的樣貌。英雄們將失去這段記憶，回到各自原本的世界。 而作為這個虛構系統核心之一的英格拉姆，或許會消失，或許會轉生。 在光芒中，英格拉姆微笑著向夥伴們告別：「我絕不會忘記你們。」
世界重置。 在原本的世界線上，英雄們各自戰鬥著，偶爾會感到一陣莫名的懷念。 而在 SRX 的世界線中，龍星等人作為 SRX 計畫的駕駛員，迎來了他們的新教官。 那個男人名為——英格拉姆・普利斯肯。
【專題解析：與《超級機器人大戰 Alpha》的連結】
本作結局直接導向了《超級機器人大戰 Alpha》。 在《Alpha》中，英格拉姆作為教官登場，但他性格大變，冷酷且背叛了隆盛等人。這曾讓許多《超級英雄作戰》的玩家感到心碎。 但後來的設定補完（及《OG》系列）解釋了這一點： 英格拉姆保有《超級英雄作戰》的記憶。他之所以在《Alpha》中扮演反派，是為了讓隆盛等人成長，並暗中反抗他的創造主（尤傑斯）。他在《Alpha》最終決戰被說服後，曾說出**「我不會忘記與你們共同戰鬥的日子」**，這句話不僅是對隆盛說的，更是對那些曾在另一個世界並肩作戰的特攝英雄們的致敬。
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