序章：隕石中的少女與 C.U.B.E.
故事發生在一個動盪的時代。地球不僅面臨吉翁公國與基加諾斯帝國的獨立戰爭，外宇宙的「星間聯合」與異次元的「異次元同盟」也伸出了魔爪。
數年前，一顆奇異的「隕石」墜落在地球。最上重工的社長與整備主任陣風發現那並非隕石，而是一艘太空船，裡面有一位身穿太空服的女性——菲亞莉（Fairy）。她來自被毀滅的異星「加迪索德（Gadysword）」。最上重工收留了她，她以社長秘書的身分生活，並成為測試駕駛員，同時也像姊姊一樣照顧著社長的女兒——赤月秋水。 最上重工利用菲亞莉帶來的引擎技術**「C.U.B.E.（Capacity Unknown Break Energy）」**，開發出了超級機器人「靈魂劍（Soul Saber）」。
第一部：戰火中的少女與白色基地
赤月秋水原本只是個普通的女子高中生，卻被熱血的老爸（社長）半強迫地推上測試駕駛員的位置。某日，她在街上救了一名受傷的紅髮青年吉克（Sieg）。隨後敵襲警報響起，為了保護城市，秋水駕駛靈魂劍出擊，正式捲入了戰爭。
秋水與菲亞莉加入了聯邦軍第 13 獨立部隊（白色基地隊）。 他們轉戰宇宙與地球，經歷了各式各樣的戰役：
阿普薩拉斯計畫： 第08MS小隊的天田士郎與吉翁女駕駛員愛娜在戰場中萌生愛意。
口袋裡的戰爭： 擊敗獨眼巨人隊後，克莉絲成功說服了巴尼投降，避免了悲劇。
超級機器人集結： 來自光子力研究所的魔神 Z、早乙女研究所的蓋特機器人、獸戰機隊（斷空我），以及來自小學的地球防衛組（絕對無敵雷神王）紛紛加入。
賈布羅防衛戰： 眾人死守聯邦總部，擊退了吉翁與基加諾斯軍的聯軍。
第二部：被放逐到外宇宙
白色基地隊在索羅門攻略戰取得勝利，正準備進攻吉翁最後的堡壘阿・巴瓦・空時，異次元同盟的穆蓋・佐爾巴多斯帝國（來自《超獸機神》）突然來襲。 獸戰機隊的沙比羅為了追求神一般的力量，當場背叛投靠敵方。 混亂中，異次元閘門開啟，將白色基地隊與獸戰機隊的母艦「岡多爾」一同吸入，傳送到了遙遠的外宇宙——潘塔哥納世界（來自《重戰機 L-Gaim》）。
在異鄉，眾人為了尋找回家的方法，與當地的反抗軍聯手。
結識盟友： 遇見了達巴（L-Gaim）、米托王子（最強機器人 大王者）、以及銀河烈風隊（巴克辛格）等夥伴。
短暫的同盟： 之前秋水救過的青年吉克與其妹薩莉現身。原來他們是異次元同盟的使者，也是加迪索德的倖存者。為了切斷星間聯合的補給線，吉克提議暫時停火共鬥。
歸還： 在破壞了星間聯合的衛星站後，白色基地隊終於打開了回地球的通道。
第三部：地球奪還與決戰
回到地球後，發現地球已大半落入星間聯合手中。 眾人展開了絕地反攻：
新的力量： 魔神凱撒與真蓋特機器人登場，粉碎了阿修羅男爵與恐龍帝國的野心。
月面激戰： 擊敗了背叛者沙比羅，斷空我進化為 Final Dancouga。
阿・巴瓦・空決戰： 哈曼殺死基連・薩比奪權，但在白色基地隊的猛攻下，吉翁與基加諾斯帝國最終崩潰。マイヨ（基加諾斯之鷹）等人起義，協助聯邦終結了戰爭。
第四部：跨越銀河的最終遠征
雖然地球圈恢復了和平，但外宇宙的威脅仍在。為了幫助外宇宙的盟友，也為了徹底斷絕禍根，白色基地隊利用「古拉度斯刻印」與 C.U.B.E. 的力量，主動遠征外宇宙。
掃蕩星間聯合： 眾人解放了埃頓國（大王者），擊敗了真正的波賽達爾（L-Gaim），並攻陷了薩爾帝國（未來機器人 達爾達尼亞斯）的本星。
異次元決戰： 在紅色宇宙中，眾人擊敗了穆蓋帝國。然而，薩莉卻跟隨穆蓋帝國的將軍蕾吉安離去，前往加迪索德的要塞。
終章：被詛咒的引擎與銀河的未來
最後的敵人，竟是吉克與薩莉的故鄉——加迪索德。 統治者**海魯加（Helluga）**揭露了驚人的真相： 當年加迪索德星的毀滅並非星間聯合所為，而是海魯加為了追求力量，讓 C.U.B.E. 暴走所導致的慘劇。他隱瞞真相，利用倖存者（如吉克、薩莉、菲亞莉）的仇恨，企圖利用 C.U.B.E. 的無限能量征服銀河。
海魯加駕駛著巨大的要塞與戰艦「亞勞恩澤」，企圖撞擊地球。 面對無窮無盡的複製人軍團與擁有無限再生能力的 C.U.B.E. 引擎，我方陷入苦戰。 菲亞莉提出了最後的賭注：利用 C.U.B.E. 之間的共鳴引發超載。 白色基地隊集中火力攻擊亞勞恩澤的動力部，引發了連鎖爆炸。 在毀滅的光芒中，海魯加與他的野心一同化為灰燼，要塞崩毀，地球得救了。
尾聲：各自的歸處
戰爭結束後，外宇宙的夥伴們（達巴、米托、劍人等）紛紛告別，回到各自的星球重建家園。 吉克與薩莉得知真相後，決定留在地球，與倖存的加迪索德人一起生活。 秋水與菲亞莉加入了新成立的「泛太陽系和平維持機構」，繼續守護這片藍天。
在最上重工的庭院裡，秋水與吉克並肩散步。 這對曾在戰火中相遇的男女，如今終於能在和平的陽光下，攜手邁向新的未來。
（完）
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