序章：萬年前的約定
一萬年前，一場毀滅性的「戰爭」席捲了地球，其破壞程度甚至威脅到了人類種族的存續。 倖存的人類為了生存，一部分選擇搭乘宇宙船逃往太空尋找新天地；而留在地上的人們，為了淨化並再生這顆死去的星球，製造了一個唯一的「人類」。 這個被改造的少女名為**「須古莉（Suguri）」。 她其實是無數奈米機械（Nanomachines）**的集合體，擁有將自己的身體化為碎片散佈至全球，以此進行泰拉化（Terraforming，行星地球化）改造的驚人能力。 就這樣，須古莉獨自一人踏上了這場看不見盡頭的修復之旅。
時光飛逝，一萬年過去了。 曾經死寂的地球如今已恢復生機，湖泊清澈，綠意盎然。銀髮赤眼的少女須古莉，作為這顆星球的守護者，依然翱翔在藍天之上。 某日，未知的機械軍團突然從天而降。須古莉為了守護這耗費萬年光陰才修復的「家」，毅然迎戰。
第一部：來自宇宙的歸鄉者
須古莉在迎擊過程中，遇到了一群同樣經過改造的少女。她們是由宇宙移民船派來的先遣部隊。
第 1 面：森林的斥候 —— 莎琪（Saki） 在湖邊森林，須古莉遇到了穿著厚重衣物的少女莎琪。她是為了確認地球環境是否適合殖民而來的斥候。莎琪奉命剷除所有障礙，因此毫不猶豫地對須古莉發動攻擊。
第 2 面：湖上的狙擊手 —— 伊魯（Iru） 擊退莎琪後，須古莉遭遇了中性打扮的狙擊手伊魯。她表示「雖然沒有恨意，但這是工作」，冷靜地執行排除任務。
第 3 面：被束縛的意志 —— 奈奈子（Nanako） 在荒野中，操縱著七個浮游砲的小女孩奈奈子擋住了去路。她的大腦經過調整，被植入了絕對服從命令的制約，即使須古莉同情她，也不得不戰鬥。
第 4 面：暴走的狂戰士 —— 卡薇（Kae） 在雷電交加的亂流中，情緒極不穩定的少女卡薇現身。她被賦予了破壞的任務，對於久違的外出感到興奮異常，只想著大鬧一場。
第 5 面：最後的防線 —— 京子（Kyoko） 突破重圍的須古莉衝向平流層，發現了一艘巨大的宇宙移民船。守護這裡的是口頭禪為「真麻煩」的防衛隊長京子。為了船上數千名移民的生存圈，京子即便覺得麻煩也必須全力阻擋須古莉。
第二部：瘋狂科學家的野心
擊敗京子後，須古莉突入宇宙船內部，直搗黃龍。在那裡，她見到了這一切的元兇——統治移民船的科學家希夫（Shif）。
希夫是那些少女們的創造者，也是一個性格扭曲的天才。這群宇宙移民在太空中流浪了數千年，因找不到適合的星球而折返地球。 希夫對於地球上已經有先住者（須古莉）感到憤怒，並宣稱為了將地球據為己有，要將障礙全部殺光。他甚至大言不慚地說改造那些少女是為了「想要什麼都能辦到的聽話部下」。 被激怒的須古莉痛斥希夫的自私，並出手粉碎了他駕駛的機器人。
第三部：守護者對決與最後的救贖
窮途末路的希夫逃往船艦中樞，強行喚醒了被封印的守護神——「姬（Hime）」。 姬是與須古莉同樣運用了一萬年前的古老技術製造的強大改造人，也是這艘船原本的守護者。 姬雖然理解狀況並試圖勸阻希夫，但希夫卻以**「不聽命令就炸掉數千名平民居住的居住區」**作為要挾。 無可奈何之下，姬只能與須古莉展開對決。
在滿月的雲海之上，兩位守護者展開了激戰。姬感嘆須古莉將地球修復得如此美麗，而須古莉也對姬的處境感到同情。 戰鬥最終由須古莉獲勝。姬請求須古莉協助，兩人打算切斷居住區以保護平民，然後制裁希夫。 然而，喪心病狂的希夫搶先一步，主動切離了居住區，並讓動力爐連同自己失控墜向地表的人類城市！
【結局：守護的力量】 眼看巨大的動力爐即將墜毀，摧毀好不容易復甦的大地。 須古莉展現了真正的力量。她呼喚散佈在世界各地的「自己」（奈米機械），將力量集結於一點。 「我和你不一樣，父親給予我的這份力量，是為了『守護』而存在的！」 全功率的ビーム（光束）劃破天際，將墜落的動力爐徹底粉碎。
危機解除，移民船的居住區在須古莉的引導下緩緩降落。 面對這群流浪萬年終於歸來的「同胞」，須古莉微笑著說出了那句遲來的話語： 「歡迎來到『地球』。歡迎回家。」
後日談與深度設定解析
根據官方釋出的後日談與設定資料，故事之後的發展如下：
須古莉的真相： 她原本是擁有特殊體質的人類，為了父親「治癒地球」的夢想自願成為實驗體。她是不老不死的存在，即便人類種族在未來滅亡，她也將永遠守護這顆星球。
希夫的結局： 希夫雖然性格扭曲，但在流浪期間確實透過技術改善了環境，救了不少人。事件後，他看到人們在沒有他的情況下也能與須古莉和平共存，感到自己失去了存在意義，最終選擇自殺。被他改造的少女們（因為原本都是垂死或生病的孩子，是被希夫救回一命的）還是為他建了墓。
改造少女們的歸宿：
姬： 與須古莉成為好友，兩位萬歲級的守護者共同守護地球。
京子： 她是希夫的第一個改造品，手術失敗導致全身慢性疼痛（所以才覺得萬事麻煩）。她對希夫感情複雜，是第一個親手為希夫掘墓的人。
莎琪、伊魯、奈奈子、卡薇： 這些名字分別對應她們的特徵（先鋒、射擊、七個浮游砲、轉換），她們在戰後都融入了地球的生活，過著還算幸福的日子。
移民船的真相： 這群移民其實是萬年前逃離地球的人類後裔。經過數千年的漂流與內部鬥爭，人口僅剩數千人，基因庫已瀕臨崩潰邊緣。地球的接納對他們來說是種族存續的唯一希望。
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