這是一個關於毀滅、再生，以及最後選擇背叛神明的少年的故事。
【長篇專題】夜曲：背叛輪迴的惡魔 ——《真・女神轉生III NOCTURNE》完整劇情實錄
序章：日常的終結與受胎 200X年，東京。原本只是一個平凡的午後，空氣中卻瀰漫著一股異樣的靜謐。一名普通的高中生（主角）應約前往新宿衛生醫院，探望住院的班導師高尾祐子。他在地鐵站遇見了同班同學新田勇與橘千晶，三人對於空無一人的醫院感到困惑。在醫院的地下室，主角目睹了名為冰川的男子正在啟動某種儀式，並試圖殺死主角，卻被高尾祐子制止。祐子老師將主角帶往屋頂，眺望著逐漸扭曲的天空，她平靜地宣告：「世界即將毀滅，然後重生。」
隨後，「東京受胎」發生了。強烈的白光吞噬了一切，現有的物理法則崩解，東京地表被捲起包覆成一個球體，中央懸掛著發光的球體「迦具土（Kagutsuchi）」。人類瞬間滅絕，化為靈魂的能量（Magatsuhi），只有身處醫院中心點的主角、勇、千晶、冰川以及祐子得以倖存。然而，就在主角意識模糊之際，一個身穿喪服的老紳士與金髮少年（路西法與其化身）出現在他面前。老紳士說：「就這樣死去太可惜了。」少年將名為「禍魂（Magatama）」的寄生蟲植入主角眼中。劇痛過後，主角甦醒過來，發現自己全身佈滿了青黑色的紋路，失去了人類的肉體，成為了擁有惡魔之力的人類——「人修羅」。
第一章：渦漩界的流浪與真理的萌芽 變成了惡魔的主角踏入了名為「渦漩界」的新世界。這裡惡魔橫行，強者生存。他得知這個世界的規則很簡單：倖存的人類必須尋找並確立自己的「真理（KOTOWARI）」，誰的真理最強，就能利用中央的迦具土重塑新世界。在旅途中，主角目睹了昔日友人的改變。
橘千晶，原本驕傲的富家女，在被惡魔殘忍對待後，領悟了力量的重要。她捨棄了弱者，與暴力集團「曼陀羅軍」結合，最終獲得了神靈「巴力・阿瓦塔」的憑依，確立了**「緣（Yosuga）」**之理——那是個弱肉強食、只有強者配活下去的精英世界。
新田勇，原本依賴心強的少年，在被囚禁於歌舞伎町監獄、被榨取體液的絕望中，對人際關係徹底死心。他潛入阿瑪拉經絡，獲得了神靈「諾亞」的力量，確立了**「結（Musubi）」**之理——那是個所有人互不干涉、自我完結、絕對孤獨的世界。
而冰川，這位引發受胎的元凶，則冷靜地與虛無之神「阿里曼」合一，推動**「寂（Shijima）」**之理——那是個消除所有情感與慾望，世界如精密齒輪般運轉的靜寂世界。
第二章：阿瑪拉深界的試煉與魔人的狩獵 在見證朋友們走向極端的同時，主角也被捲入了更深層的陰謀。喪服淑女引導他進入了存在於世界之外的異空間——「阿瑪拉深界」。那裡是連迦具土的光芒都無法照耀的地獄。老紳士（路西法）向主角發出了邀請：收集「燭台」，證明自己超越了死亡。
這場試煉引來了傳說中的惡魔獵人——但丁。這位穿著紅風衣、手持雙槍與大劍的男人，最初受老紳士委託來狩獵主角，但在與主角的一場激戰（賭硬幣）後，但丁被主角的實力與意志折服，說道：「看來這場無聊的委託變得有趣了。」他轉而成為主角的強大盟友，協助主角對抗其餘的恐怖魔人（鬥牛士、四騎士、吹號者等）。
在深入阿瑪拉深界的過程中，喪服淑女向主角揭露了關於「聖（Hijiri）」——那位一直在背後指引主角的記者的真相。聖並非單純的倖存者，他是前世犯下弒神大罪的人（暗指《真・女神轉生II》主角阿雷夫），因此被大宇宙意志詛咒，必須永生永世目睹世界毀滅與再生，負責紀錄卻永遠無法獲得解脫。最終，聖試圖反抗命運掌控創世，卻慘遭新田勇獻祭，再次悲慘地死去。
第三章：最後的抉擇與舊友的隕落 隨著創世時刻逼近，迦具土塔從東京中心升起。三種「真理」的持有者紛紛登塔，準備向迦具土獻上自己的理想。主角此刻面臨最終選擇：是支持某位朋友的真理？還是恢復原本的世界？亦或是……走上一條沒人走過的路？
主角回想起阿瑪拉深界底層的真相——這無數次的「受胎」與「創世」，不過是「大宇宙意志」所設下的輪迴劇本。無論創造出哪種世界，最終都將再次毀滅。為了打破這個無盡的枷鎖，主角決定背棄所有人。
他登上了塔。在塔內，他不得不與昔日的同學們生死相搏。千晶化身的巴力、勇化身的諾亞、冰川化身的阿里曼，這些曾經的人類如今已是非人的怪物。主角懷著沈重的心情，親手將他們一一擊殺。千晶在消失前留下了最後的遺言：「如果是你的話……或許真的能創造出我夢想中的強者世界吧……」；勇則在死前感嘆：「終於……誰也無法打擾我了……」。
終章：人修羅的誕生與向神宣戰 塔頂，迦具土正等待著勝利者。然而，當它看見滿身鮮血與黑暗氣息的主角時，發出了震怒的吼聲：「你的眼中沒有真理的光芒！你體內充滿了虛無與破壞！你捨棄了進化的可能性，墮落為真正的惡魔！」迦具土拒絕為主角創世，並降下天罰。
但主角已非昔日吳下阿蒙。在阿瑪拉深界完成「貫穿」屬性修煉的他，以純粹的暴力擊碎了迦具土。隨著迦具土的崩解，創世的光芒消失了，世界並沒有重生，而是維持在破碎、混沌的渦漩界狀態。
在一片死寂的黑暗中，路西法現出了他身為六翼大魔王的真身。他看著主角，滿意地笑了：「時機已到。原本應該重生的世界死去了，取而代之的是統治混沌、在死亡之上堆疊死亡的闇之力量。」
路西法向主角發起了最後的測試，那是一場驚天動地的戰鬥。當主角最終站立在魔王面前時，路西法承認了他作為「新魔王」的資格。此時，地平線的彼端，無數的惡魔大軍集結，主角的雙眼閃爍著赤紅的光芒，身後跟隨著路西法與但丁。
他們不再為了某個微不足道的地球而戰。人修羅率領著混沌大軍，抬頭望向虛空，向著那操縱一切輪迴的元兇——「大宇宙意志」，發起了永恆且壯烈的最終戰爭。
這就是《真・女神轉生III》，一個少年殺死朋友、毀滅世界、最終成為惡魔之王，向宇宙本身發起叛逆的史詩。
