序章：烈火與恐懼
焚化爐的火焰轟然點燃，隨著溫度升高，橘紅色的火光逐漸轉為詭異的青藍色。在烈焰之中，高譚市的犯罪王子——**小丑（Joker）**的屍體正在燃燒。但他那張駭人的笑臉在火焰吞噬下依然猙獰，彷彿在嘲笑著死亡本身。
高譚市警局局長吉姆·高登（Jim Gordon）低沉的獨白響起：「這就是事情的結局。這就是……蝙蝠俠死去的故事。」
小丑死後，高譚市原本預期會迎來一場爭奪黑道地盤的腥風血雨，但這並沒有發生。罪犯們反而異常安靜，彷彿在等待著什麼。九個月後，萬聖節之夜，沈默被打破了。
在一間平凡的餐館裡，一名警官正與顧客閒聊。突然，一個帶著防毒面具的人影出現——是早已銷聲匿跡的「恐懼大師」稻草人（Scarecrow）。他釋放了極少量的恐懼毒氣，餐廳瞬間變成了地獄，顧客們在幻覺中看見怪物，自相殘殺。這僅僅是警告。稻草人透過電視向全城宣告：「這只是開始，明天，整個高譚都將被恐懼吞沒。」
六百萬市民驚恐撤離，高譚市在一夜之間淪為鬼城，留下來的只有暴徒、罪犯，以及誓死守護這座城市的警察。
第一章：昔日夢魘的重現
夜空中，那盞熟悉的蝙蝠探照燈亮起。**蝙蝠俠（Batman）**駕駛著全新的蝙蝠車降臨高譚警局。在與高登交換情報後，蝙蝠俠得知稻草人正在生產一種新型毒氣。
為了阻止稻草人，蝙蝠俠先救出了被囚禁的「毒藤女（Poison Ivy）」，因為她拒絕加入稻草人的聯盟而被其他反派攻擊。隨後，蝙蝠俠前往鐘樓，與他的後勤核心「神諭」（Oracle，即高登局長的女兒芭芭拉）會合，分析毒氣成分。
線索指向了艾斯化工廠（Ace Chemicals）。然而，當蝙蝠俠抵達時，他震驚地發現一支裝備精良的私人軍隊已經佔領了工廠。這支軍隊的指揮官是一名身穿帶有阿卡漢標誌的高科技戰甲、頭戴全罩式頭盔的神秘人物——阿卡漢騎士（Arkham Knight）。
「我看穿你了，蝙蝠俠。」阿卡漢騎士對蝙蝠俠的戰術、裝備甚至弱點瞭若指掌，他指揮坦克部隊將蝙蝠俠逼入絕境。
在化工廠深處，蝙蝠俠發現稻草人正準備將足以覆蓋整個東岸的毒氣釋放。為了減少爆炸半徑，蝙蝠俠冒險留在控制室中和毒氣中和劑。就在這時，一個不可能出現的聲音在他耳邊響起：
「想我了嗎？」
蝙蝠俠轉過身，看見了已死的小丑正拿槍指著他。這不是復活，而是幻覺。早在《阿卡漢城市》事件中，蝙蝠俠被輸入了小丑的毒血。雖然肉體痊癒，但小丑的瘋狂意志如同病毒般潛伏在他腦海深處。此刻，隨著吸入稻草人的恐懼毒氣，這個心魔徹底甦醒了。
第二章：阿卡漢騎士的復仇與心魔
蝙蝠俠勉強逃出化工廠，但壞消息接踵而來。阿卡漢騎士綁架了芭芭拉。高登局長得知女兒一直為蝙蝠俠工作且被捲入險境後，憤怒地與蝙蝠俠決裂，獨自去尋找女兒。
在追查過程中，蝙蝠俠腦海中的小丑幻影不斷嘲諷他。小丑帶他回憶起一段被封存的記憶：蝙蝠俠在秘密基地隔離了四名受到小丑輸血感染的病人。他們的性格逐漸被小丑同化——暴力、狡詐、執著。而第五個感染者，正是蝙蝠俠自己。
蝙蝠俠追蹤阿卡漢騎士到了唐人街的頂樓，騎士揭示了更殘忍的一幕：芭芭拉被關在密室裡，吸入了過量毒氣。在蝙蝠俠隔著玻璃的注視下，極度恐懼的芭芭拉舉槍自盡。
蝙蝠俠崩潰了，這是他最大的失敗。但小丑的幻影卻在一旁狂笑，嘲弄他的無能。
（實際上，這是稻草人利用毒氣製造的假象，芭芭拉並未死亡，但蝙蝠俠當下深信不疑。）
悲憤的蝙蝠俠為了阻止稻草人的終極計畫「暴雨（Cloudburst）」，決定借助毒藤女的力量。與此同時，小丑的女友哈莉·奎茵（Harley Quinn）突襲了蝙蝠俠的秘密基地，試圖釋放那些「小丑化」的病人。
蝙蝠俠與羅賓（提姆·德雷克）聯手平亂，但在混亂中，看似最正常的感染者亨利殺死了其他感染者，隨後自殺。亨利死前說出了真相：「進化論是殘酷的，只有最強的能活下來。」——現在，世上只剩下最後一個小丑，那就是蝙蝠俠。
第三章：殞落的盟友與真相
稻草人啟動了「暴雨」裝置，高譚市被恐怖的毒霧籠罩。街道上的罪犯在毒氣影響下看見了心中的惡魔，開始瘋狂廝殺。蝙蝠俠駕駛蝙蝠車衝入毒霧，但連他自己也快被心魔吞噬——在毒氣視角下，所有敵人都變成了小丑。
為了拯救城市，毒藤女耗盡生命力量控制植物吸收毒氣。隨著毒霧散去，毒藤女在蝙蝠俠懷中化為花瓣消逝：「大自然……總是會贏的。」
解除了毒氣危機後，蝙蝠俠追蹤阿卡漢騎士到了地下挖掘場。在一場激烈的坦克大戰後，蝙蝠俠將騎士逼入絕境，打掉了他的頭盔。面具下的臉孔讓蝙蝠俠震驚不已——那是傑森·托特（Jason Todd），曾經的第二代羅賓。
小丑曾經給蝙蝠俠看過一段影片，顯示傑森被虐殺致死。但事實上，傑森並沒有死，他在阿卡漢瘋人院的深處被小丑囚禁了一年，受盡身心折磨與洗腦，讓他深信蝙蝠俠拋棄了他，並找了新的羅賓取代他。這股恨意讓他化身為阿卡漢騎士。
「你本可以救我的！但你卻讓我在這裡腐爛！」傑森怒吼。
經過一番苦戰，蝙蝠俠擊敗了傑森，並伸出手：「傑森，我很抱歉……我們還能重新開始。」
傑森動搖了，但在蝙蝠俠轉身之際，他選擇了消失在夜色中，留下了屬於阿卡漢騎士的面具。
第四章：面具之下
雖然擊退了騎士，但稻草人還有最後的籌碼。他綁架了羅賓與高登局長，並以此威脅蝙蝠俠投降。為了救人，蝙蝠俠在阿卡漢瘋人院卸下裝備，自願走進稻草人的陷阱。
這場處刑是全球直播的。稻草人在全世界面前，親手摘下了蝙蝠俠的面具。
布魯斯·韋恩的臉孔暴露在世人面前。這對他是比死亡更可怕的懲罰——蝙蝠俠的傳奇不再是神話，而只是一個穿著戲服的凡人。
稻草人並未就此罷手，他對布魯斯注射了高濃度的恐懼毒氣，試圖讓他在全世界面前崩潰發瘋。
終章：心靈的最終決戰
在毒氣的作用下，布魯斯·韋恩的意識退居幕後，小丑接管了身體。
在心靈世界中，小丑狂喜地大笑：「我終於自由了！」他在這片心靈廢墟中屠殺了企鵝人、雙面人等反派，彷彿整個世界都已是他的遊樂場。
但隨著外界稻草人不斷加大毒氣劑量，小丑眼前的世界開始崩塌。原本雄偉的小丑雕像開始碎裂，取而代之的是巨大的蝙蝠俠石像。
小丑驚慌地逃竄，他來到了一個墓地，卻發現這是他自己的葬禮——沒有任何人來參加，連哈莉都在一旁冷漠地哭泣自己的命運。
「不！這不可能！我是小丑！沒人會忘記我！」
小丑在黑暗中狂奔，但四周只剩下無盡的黑暗與蝙蝠俠的聲音。
「你害怕的不是死亡，」蝙蝠俠的聲音如雷貫耳，「你害怕的是被遺忘。」
在心靈的最深處，蝙蝠俠從陰影中走出，身形巨大如神祇。小丑縮在角落，變回了恐懼的弱者。
蝙蝠俠抓起小丑，將他鎖進心靈深處的牢籠。
「我是復仇！我是黑夜！我是……蝙蝠俠！」
牢門重重關上，小丑的笑聲變成了絕望的哀嚎，並永遠消失在黑暗中。布魯斯·韋恩戰勝了心魔。
尾聲：騎士殞落
回到現實，稻草人驚訝地發現布魯斯·韋恩並沒有崩潰，反而露出了無所畏懼的眼神——因為他已經戰勝了最大的恐懼。
就在此時，不知從何處射來的一發子彈打斷了稻草人的束縛。是傑森！他換上了**紅頭罩（Red Hood）**的裝扮，在暗處解救了曾經的導師。
蝙蝠俠掙脫束縛，將大量的恐懼毒氣反向注入稻草人體內。這位一生製造恐懼的大師，最終在蝙蝠俠的幻影中崩潰，尖叫著陷入瘋狂。
危機解除了，但蝙蝠俠的身分已經曝光，他無法再像以前那樣行動。在高登局長的注視下，布魯斯·韋恩摘下頭盔，交代了最後的囑託：「照顧好這座城市，吉姆。」
布魯斯啟動了**「騎士殞落協議（Knightfall Protocol）」**。
他在無數記者與攝影機的包圍下，駕駛蝙蝠翼飛回韋恩莊園。就在阿爾弗雷德迎接他進屋的那一刻，整座莊園發生了劇烈爆炸。
在烈火中，布魯斯·韋恩與蝙蝠俠的傳奇，似乎一同化為了灰燼。
真結局：恐懼的化身
一段時間後，高登當選了市長，高譚市逐漸恢復秩序。
在一個陰暗的巷弄裡，一家三口遭遇了搶匪，場景如同當年韋恩夫婦遇害的翻版。
就在歹徒要開槍時，巷口的陰影處浮現了一個黑影。
歹徒嘲笑道：「你嚇不倒我！蝙蝠俠已經死了！」
然而，那個黑影並未退縮。它的斗篷在煙霧中化為巨大的蝙蝠雙翼，身形扭曲成燃燒著地獄之火的惡魔形態，發出了非人的尖嘯衝向歹徒。
在那一刻，歹徒眼中的不僅僅是一個人，而是純粹的恐懼本身。
布魯斯·韋恩或許死了，但蝙蝠俠已經超越了肉體，進化成了真正的「黑夜騎士」，繼續以恐懼守護著這座城市。
