序章：中止的戰爭與未知的威脅
故事始於宇宙世紀的某個轉捩點。地球聯邦軍與吉翁公國軍的一年戰爭進入尾聲，就在聯邦軍準備發動「星一號作戰」攻打索羅門要塞之際，一顆謎之彗星突然墜落。這場衝擊導致兩軍艦隊幾近全滅，不得不簽署停戰條約。 調查團發現，那顆彗星其實是一艘巨大的外星戰艦（後來的 SDF-1 Macross）。從戰艦內的數據得知，不久的將來，強大的外星侵略者將降臨地球。此外，還有一種只為破壞文明而存在的「宇宙怪獸」正在逼近。 然而，聯邦軍高層對此反應消極，僅專注於重整軍備。調查團成員之一的比安博士深感危機，獨自創立了神聖十字軍（DC）與 SDF，但在留下「人類無處可逃」的警語後行蹤不明。
數年後，地球圈再次陷入混亂。地底的恐龍帝國進攻日本，宇宙中迪坦斯（Titans）與幽谷（AEUG）爆發內戰。 主角（以真實系為例）在遭遇迪坦斯襲擊時被幽谷救助，但戀人卻在混亂中失蹤。為了尋找戀人並對抗暴政，主角加入了幽谷，投身戰火。
第一章：混亂的戰場與部隊結成
幽谷降落地球後，戰力逐漸壯大。他們吸納了對抗恐龍帝國的魔神Z、蓋特機器人、超電磁機器人等超級機器人軍團。 同時，各種勢力紛紛登場：
木星帝國： 以瑪莉亞為精神領袖的勢力。
神聖軍事同盟（Liga Militia）： 對抗贊斯卡爾帝國的抵抗組織。
鋼彈 W 五小強： 獨立行動對抗聯邦的五架鋼彈。
NERV： 對抗神祕敵人「使徒」的特務機關。
Aero-gators（虛空使者）： 擁有高度科技的外星侵略者。
德雷克軍： 來自拜斯頓威爾（聖戰士）的異世界軍隊。
為了統合戰力，日本防衛長官決定將幽谷改組為獨立部隊**「隆德・貝爾（Londo Bell）」**。 SRX 小隊與來自地底世界拉・基亞斯的魔裝機神賽巴斯塔也隨之加入。 在此期間，主角終於重逢了失蹤的戀人，但對方已被洗腦，成為敵方駕駛員襲擊主角。雖然成功擊退，但這給主角帶來了巨大的衝擊。
第二章：超時空要塞的啟航與流浪
隆德・貝爾與 SDF 合流，準備在南阿塔利亞島舉行修復完畢的外星戰艦「Macross」的進水式。 然而，外星勢力來襲。那是長年處於戰爭狀態的戰鬥種族：由男性組成的**「傑特拉帝軍（Zentradi）」與由女性組成的「梅爾特蘭帝軍（Meltrandi）」**（原文摘要有誤，此處已修正）。 加上吉翁公國軍威脅使用月面質量加速器進行轟炸，Macross 被迫緊急啟動空間跳躍（Fold）。由於控制失誤，Macross 與隆德・貝爾被傳送到了遙遠的冥王星軌道。
在漫長的歸鄉旅途中，他們不斷遭受外星軍隊與木星帝國的襲擊。 內部也發生了變故：SRX 小隊的教官英格拉姆背叛，投靠了 Aero-gators。 儘管困難重重，隆德・貝爾依然不斷成長。主角成功說服並救回了戀人，SRX 小隊完成了三機合體，戰力大幅提升。
第三章：歌聲的力量與人類補完的終結
回到地球圈後，隆德・貝爾展開了全面的反擊。 他們擊敗了吉翁公國，摧毀了木星帝國的巨大精神感應兵器「天使之輪」。 面對最後的使徒「渚薰」，他在被擊敗前託付了一塊神祕的石板。這塊石板與梅爾特蘭帝軍為了和平而贈送的另一塊石板拼合後，竟然是一份完整的樂譜與歌詞——那是古代文明遺留的文化遺產**「愛・還記得嗎」**。 當傳說歌姬林明美唱響這首歌時，傑特拉帝與梅爾特蘭帝受到文化衝擊，大部分士兵停止了戰鬥，甚至倒戈加入我方。
然而，人類內部的威脅並未結束。秘密組織 SEELE 利用迪坦斯襲擊 NERV 本部，發動「人類補完計畫」。隆德・貝爾及時趕到，擊潰了量產型 EVA，阻止了第三次衝擊。
終章：銀河中心的決戰
最後的敵人只剩下 Aero-gators 與宇宙怪獸。 數以萬計的宇宙怪獸正向地球襲來。隆德・貝爾決定執行最後的作戰：將超巨大戰艦 Exe-lion 送入宇宙怪獸集結的中心，引爆並產生人工黑洞（重力波）將其殲滅。雖然這股重力波未來可能會波及地球，但這是為了當下生存的無奈之舉。 作戰成功後，爆炸的能量將隆德・貝爾傳送到了異次空間。在那裡，他們與 Aero-gators 展開了最終決戰。
擊敗了總司令拉奧迪加（Lao-Dekkia）後，令人震驚的真相揭曉：真正的幕後黑手竟是英格拉姆的「本體」——尤傑斯・高佐（Euzeth Gozzo）。 尤傑斯利用了因果律，操控了整個銀河的戰亂。他展現了恐怖的實力（遊戲中著名的回復精神指令「骨氣」連發），但在隆德・貝爾眾志成城的攻擊下，這位傲慢的神終於敗北。
尾聲：戰鬥未止
異次空間崩塌，隆德・貝爾成功脫出，這場跨越銀河的大戰終於畫下句點。 然而，迪坦斯的殘黨、人類補完計畫的後續影響、以及逼近地球的重力波……問題依然堆積如山。 戰士們沒有停下腳步。 「真正的戰鬥，現在才要開始！」
他們的傳奇，將在《超級機器人大戰 Alpha 外傳》及後續作品中繼續傳頌。
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