本作時間點設定在《幻想水滸傳II》迪南統一戰爭結束後的三個月，從主角納什的視角，進一步揭露了戰後餘波、個人恩怨的終結，以及通往《幻想水滸傳III》的伏筆。
第一章：戰火的餘燼與不被理解的正義
迪南統一戰爭結束後三個月，納什·拉特基耶（Nash Latkje）為了避開海蘭德殘黨的耳目，選擇繞道天陀（Tinto），穿越格拉斯蘭（Grassland）前往卡萊利亞（Calleila）。途經一個正在慶祝雪融祭的小村莊時，他不慎被正在演出的旅行藝人團——琳娜、艾莉與波爾岡等人捉弄，被迫當了飛刀表演的活靶子。
然而，慶典的歡愉被一陣急促的馬蹄聲打破。一群自稱「炎之運送者」的盜賊團突襲了村莊。幸虧在場的不只有納什，還有前馬蒂爾達騎士團長卡繆與麥克羅托夫，以及基吉姆等好漢。眾人聯手雖暫時逼退了盜賊，但卡繆為了保護一位名叫真木（Maki）的女性村民，被盜賊首領的炎之魔法擊傷。
就在眾人於真木家中修整時，村長卻帶來了令人錯愕的質問：「你們這些『同盟軍』還有什麼臉面來這裡？」原來半年前，曾有一支自稱同盟軍的部隊洗劫了這個村子。面對村民充滿敵意的指責，身為舊同盟軍成員的眾人雖感冤屈與痛心，卻無法辯駁。
為了保護村莊，村長忍辱負重，試圖向再次來犯的「炎之運送者」獻上貢品以求平安。然而，戴著面具的盜賊首領貪得無厭，不僅索要全部財物，更對村長拔劍相向。千鈞一髮之際，納什扔出火焰彈製造混亂，眾人隨即殺出。在激戰中，納什與趕來助陣的吉爾伯特合力擊敗了首領。當面具被揭下時，卡繆與麥克羅托夫驚訝地發現，這名墮落為盜賊首領的男人，竟是前馬蒂爾達白騎士團長的副手——克蘭特。昔日的榮耀騎士，如今成了戰爭的負面遺產。
雖然擊退了盜賊，但村民心中的傷痕難以撫平。離去時，只有真木一人前來送行。面對納什的擔憂，真木堅定地表示：「總有一天大家會明白，這世上也有像你們這樣戰鬥的同盟軍。」帶著這份沉重的理解，納什繼續踏上旅程。
第二章：被遺忘的士兵與歸鄉的決意
抵達哈摩尼亞邊境要塞卡萊利亞時，納什遭遇了意想不到的「歡迎」。他的前上司兼阿姨蕾娜（Lena）以「未提交報告且私吞經費」為由將其逮捕。實際上，這只是藉口。要塞目前的代理指揮官巴爾吉（Balji）得知納什在之前的戰爭中曾協助都市同盟對抗海蘭德（哈摩尼亞的盟友），欲以「準叛國罪」將其處死，以此向高層邀功。
被打入地牢的納什在蕾娜的暗中協助下成功越獄。在前往倉庫回收裝備時，他遇見了要塞中唯一留守的老兵——王（Wang，即III代的Joker）。王看著納什，語重心長地說：「這支警備隊裡充滿了像我這樣無處可歸、只能在這裡了此殘生的人。但你不同，你有要去的地方、要做的事，還有要回的家。這是很幸福的。」
在黎明到來前，王以「時間到了，我該換班了」為由放走了納什。納什發現，回收的裝備已被細心地保養補充完畢。帶著老兵的祝福，納什逃出了要塞。
在要塞外，蕾娜早已等候多時。她對於納什總是獨自背負一切的態度感到憤怒與心疼：「你知道因為你的不告而別，尤莉（Julie，納什的妹妹）有多傷心嗎？在她結婚前夜，你斬傷了她的未婚夫扎吉然後消失，她承受了多大的痛苦！」納什無法辯解，只能告訴蕾娜：「扎吉還活著，這就是我必須回水晶谷的原因。」
第三章：異界的訪客與離別的羈絆
為了躲避追兵，納什選擇走險峻的山路。途中，他偶遇了同樣前往水晶谷的漢弗里與弗奇，以及弗奇的幼龍「布萊特」。他們暫住的村莊近期頻繁遭到一頭「流浪龍」的襲擊，村民誤將布萊特視為災星。此時，同樣在此地的希娜（Sheena）帶來消息：他的女伴在東山被一道神秘光芒帶走消失了。
眾人組成討伐隊進入龍洞。這頭流浪龍異常強大，在戰鬥中，漢弗里、希娜與趕來助陣的歐蘭（Oulan）相繼被神秘光芒吞噬消失。僅存的納什與弗奇被逼入絕境，弗奇為了救夥伴，即使心痛也下定決心要殺死這頭龍。
就在納什封鎖住流浪龍行動，弗奇準備給予最後一擊時，幼龍布萊特衝了進來。兩頭龍發出了共鳴的咆哮，光芒再次匯聚，映照出「鱗與翼的世界」——那是龍真正的故鄉。流浪龍在光芒中回歸了異世界，而被帶走的夥伴與村民們也隨之平安歸來。這場跨越種族的誤解與衝突，最終以一種奇蹟般的方式落幕。
(註：若在分歧路線中，納什則會與米莉、梅格及迷糊的傳送法師碧姬捲入時空亂流，展開一段包含未來角色的混亂大冒險，但最終仍會回到正軌。)
第四章：水晶谷的決鬥與最後的真相
歷經波折，納什終於回到了故鄉——哈摩尼亞首都水晶谷。然而，等待他的消息卻令人絕望：扎吉不僅沒死，還利用拉特基耶家長去世與納什傷人的醜聞，成功侵吞了家產，並再次與納什的妹妹尤莉訂下婚約。
這一切的悲劇源於三年前。納什發現父親並非病死，而是死於「吼え猛る声の組合」特有的毒藥。而下毒者，正是妹妹的未婚夫扎吉。在結婚前夜，納什質問扎吉，扎吉冷笑著承認了一切——他接近尤莉、謀殺家主，都是為了奪取民眾派名門拉特基耶家的權力，以此作為晉升公會長老的跳板。當扎吉企圖掏槍滅口時，納什揮劍斬傷了他，卻正好被進門的尤莉目擊。為了不讓妹妹知道殘酷的真相，納什選擇了背負「傷害妹夫的瘋子」之名逃亡。
如今，扎吉故技重施，綁架了尤莉至貧民窟的廢棄教堂，以此誘殺納什。在決戰之地，扎吉向納什展露了其扭曲的野心：身為被哈摩尼亞征服的三等公民，他受盡屈辱，誓要通過爬上權力頂峰來報復這個國家，即使為此要犧牲愛他的尤莉也在所不惜。
「我的野心，將會把你和尤莉都吞噬殆盡！」扎吉狂妄地宣告。
然而，這一次納什不再迷惘。在一場驚心動魄的槍劍對決後，納什終於擊倒了扎吉。
倒在血泊中的扎吉，面對納什最後的質問：「如果你當時沒被我斬傷，你會殺了尤莉嗎？」他冷冷地回答：「為了野心，愛这种無用的情感只會是阻礙。那不過是虛偽的愛罷了……」
扎吉死了，但破碎的家庭已無法重圓。蕾娜告訴納什，尤莉其實後來調查出了真相，但她依然深愛著扎吉表現出的那一點點溫柔。如今，尤莉已被安全轉移。
面對蕾娜「要不要去見尤莉」的提問，納什搖了搖頭：「殺人者沒有資格去安慰人。」他將妹妹託付給蕾娜，轉身消失在水晶谷的夜色中。
尾聲：
納什·拉特基耶，這位孤獨的劍士再次踏上了旅途。雖然背負著傷痛，但從某些結局的畫面來看，他的表情已不再陰霾，而是帶著一絲釋然的晴朗。而在這之後，據說他被那位「大人物」薩薩萊（Sasarai）收編，繼續在歷史的陰影中活躍，直到15年後《幻想水滸傳III》的故事開啟……
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