這款遊戲以其極度複雜的敘事結構聞名，原本碎片化的劇情在此將被整合為線性的真相揭露過程。
《十三機兵防衛圏》：箱庭中的十三個夢與方舟計畫
序章：跨越時空的少年少女
故事開始於五個看似截然不同的時代：1945 年（二戰末期）、1985 年（泡沫經濟期）、2025 年（近未來）、2065 年（高度科技化）、2105 年（荒廢的未來）。 在這五個時代中，分別生活著一群高中生。他們過著平凡的校園生活，談戀愛、吃炒麵麵包、聊著都市傳說。 然而，平靜的日常被突如其來的巨大機械怪獸——**「戴摩斯（Deimos）」**打破了。
為了對抗毀滅世界的怪獸，13 名少年少女被召喚。 他們必須以此身駕駛名為**「機兵（Sentinel）」**的巨大機器人。 「鞍部十郎」、「冬坂五百里」、「比治山隆俊」、「南奈津乃」……等 13 人，在困惑與恐懼中，為了守護各自的「當下」，毅然坐上了駕駛艙，投身於絕望的戰鬥。
他們以為自己正在進行時光旅行，往返於過去與未來之間，試圖改變毀滅的命運。但隨著戰鬥的深入，違和感越來越強烈。 為什麼機兵的駕駛艙內，駕駛員必須全裸？ 為什麼記憶會出現斷層？ 這場永無止盡的戰鬥，其真相究竟為何？
第一章：被囚禁的箱庭
隨著少年少女們拼湊出的線索，一個驚人的事實浮出水面： 根本不存在什麼時光旅行。 他們以為的「1985 年」或「2025 年」，實際上並不是真實的歷史時空，而是被劃分為五個區域的**「扇區（Sector）」**。
第 1 扇區：2100 年代
第 2 扇區：2060 年代
第 3 扇區：2020 年代
第 4 扇區：1980 年代
第 5 扇區：1940 年代
這些扇區只是巨大的虛擬空間中，彼此相鄰的「模擬居住區」。所有的城市、建築、甚至除了這 13 人（以及少數幾位相關者，共 15 人）以外的所有居民，全部都是AI（人工智慧）。 這個世界，打從一開始就是虛構的「楚門的世界」。
第二章：人類最後的方舟
真實的歷史早已在數萬年前畫下句點。 舊人類因為一場納米機械病毒的浩劫而滅絕。在滅亡前夕，舊人類啟動了**「方舟計畫（Project Ark）」**。 他們將人類的遺傳基因（DNA）與文明資訊搭載在巨大的宇宙探測船上，發射向宇宙深處，尋找適合生存的星球進行「地球化（Terraforming）」。
探測船抵達新星球後，會利用複製技術培育出這 15 名「適格者」的肉體。 但在肉體成長到足以在外界生存（約 20 歲）之前，他們必須待在**「培育艙（Pod）」中。 為了讓他們擁有健全的人格與知識，主控電腦「通用控制中樞（Universal Control）」**構建了這個虛擬世界，讓他們在模擬的歷史中成長、受教育。 所謂的「機兵駕駛艙」，其實就是現實世界中的「培育艙」。他們之所以全裸，是因為肉體正浸泡在培養液中，意識則連接在虛擬世界裡戰鬥。
第三章：名為「怪獸」的病毒
既然是為了延續人類文明，為何會出現毀滅世界的「怪獸（戴摩斯）」？ 這源自於舊人類中的一個瘋狂變數。 在方舟計畫的最後階段，一名舊人類（東雲諒子的原型）因絕望與私怨，在系統中植入了一種毀滅代碼——「D-Code」。 這個代碼化身為怪獸，在虛擬世界中不斷生成，攻擊扇區的中樞。
一旦中樞被破壞，虛擬世界就會強制**「重置（Reset）」**。 世界毀滅，時間倒流，一切從頭開始。 對於 AI 居民來說，這只是程式重跑。但對於那 15 名複製人來說，這意味著他們的虛擬人格被刪除，肉體繼續沉睡，等待下一次模擬開始，再次重新長大、重新認識世界。 這是一個無間地獄般的輪迴。
第四章：2000 萬年的終焉
這場輪迴並非永恆。 現實中的探測船已經運作了 2000 萬年。設施已經老化，瀕臨極限。 如果這一次的循環（Loop）再度失敗，設施將無法再支撐下一次的重置。 也就是說，如果這次輸了，這 15 個最後的人類火種將隨著設施崩壞而真正的「死亡」。人類這個物種將徹底從宇宙中消失。
唯一的希望，就是利用**「第 0 扇區（Sector 0）」**。 這原本是用於保存備份數據的特殊區域。在無數次的輪迴中，部分角色的意識數據（如森村老師、和泉十郎等上一輪的倖存者）設法將記憶傳送到了第 0 扇區。 他們如同幽靈般存在於新的輪迴中，指引著這一代的 13 名少年少女，試圖打破這個絕望的死循環。
第五章：啟動「埃癸斯」作戰
明白了真相的 13 名機兵駕駛員，面臨最後的抉擇。 他們必須死守虛擬世界的中樞，直到啟動防禦系統**「埃癸斯（Aegis）」**。 只要埃癸斯系統啟動成功，就能將「D-Code」怪獸與虛擬世界徹底隔絕，這意味著：
怪獸將消失。
虛擬世界的輪迴將停止。
他們將從長久的夢中醒來，踏入未知的現實世界。
「為了我們的未來，出擊！」 鞍部十郎（和泉十郎的克隆體）與夥伴們啟動機兵。 在無窮無盡的怪獸潮面前，13 台機兵背水一戰。這不是為了模擬的分數，而是為了爭取那唯一的生存機會。 伴隨著因幡深雪（偶像歌手，實為軌道衛星的 AI）的歌聲，防禦系統的進度條緩緩上升。 98%... 99%... 100%！
終章：歡迎來到真實世界
光芒籠罩了一切，虛擬世界靜止了。 畫面轉暗。
隨著機械運作的聲音，培育艙的蓋子緩緩打開。 在荒涼卻已完成初步地球化的異星地表上，一座巨大的設施靜靜佇立。 15 名少年少女（13 名駕駛員 + 玉尾與沖野）赤裸著身體，從艙內坐起。 他們不再是高中生，也沒有了機兵。他們只是剛從數萬年的夢中醒來的孩子。
他們走出設施，感受著真實的風，真實的陽光。 雖然眼前是一片荒蕪，雖然不再有便利商店和炒麵麵包，但這是屬於他們**「真實」**的人生。 曾經在虛擬世界中培養的羈絆、愛情與知識，將成為他們在這顆新星球上重建人類文明的基石。
尾聲：無盡的種子
鏡頭拉遠，飛向宇宙深處。 我們看到，像這樣的探測船並非只有一艘。 無數的探測船向著宇宙的四面八方飛去。或許在其他星球上，也有同樣的悲劇在輪迴，也有同樣的奇蹟在發生。 這 15 個人的故事，只是人類在那無盡星海中，成功發芽的其中一枚種子。
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