本作被譽為系列的巔峰之作，講述了兩位摯友被命運與紋章撕裂，分別站在戰爭對立面的悲壯史詩。
序章：約定的之地與分歧的命運
故事發生在赤月帝國滅亡三年後的迪南湖（Dunan）周邊地區。主角（由於遊戲無默認名，以下簡稱里歐）與青梅竹馬的好友喬伊（Jowy），同屬於海蘭德王國（Highland Kingdom）的少年兵部隊「獨角獸隊」。就在王國與強大的喬斯頓都市同盟（Jowston City-State Alliance）簽訂休戰協定的前夕，部隊原本預定解散歸鄉，卻在深夜遭到突襲。
里歐與喬伊在混亂中發現，這場襲擊並非都市同盟所為，而是海蘭德王國那個瘋狂殘虐的皇子盧卡·布萊特（Luca Blight）為了製造開戰藉口而自導自演的屠殺。為了滅口，盧卡皇子下令追殺知情的少年兵。走投無路的兩人逃到了北方的懸崖邊，在跳崖求生前，他們在一塊岩石上刻下誓言：「若因故失散，我們一定會回到這裡重逢。」隨後，兩人躍入漆黑的急流，命運從此分道揚鑣。
第一章：流亡與重逢
漂流的里歐被都市同盟的僱傭兵隊長維克多（前作角色）救起，淪為俘虜並被指派做雜役。不久後，喬伊潛入營地試圖救出里歐，雖然一度逃脫，但因飢餓與疲憊再次被捕。最終，兩人趁隙逃回了故鄉卡羅鎮（Kyaro）。然而等待他們的並非溫暖的擁抱，他們被視為都市同盟的間諜而被捕，甚至連里歐無血緣關係的姊姊七美（Nanami）也受到牽連。就在三人即將被處刑之際，維克多與弗里克率領僱傭兵團趕到，將他們救出。無處可去的里歐、喬伊與七美，只能跟隨傭兵團回到據點。
為了尋找安身立命之所，三人來到了托托村，結識了小女孩皮莉卡（Pilika）。然而，當里歐完成皮莉卡委託的買護身符任務回來時，卻目睹了地獄般的景象——盧卡皇子為了展示力量，將托托村徹底燒毀，並對村民進行無差別屠殺，甚至狂言「豬玀就該去死」。在烈火中，只有皮莉卡倖存，但她因過度驚嚇而失去了語言能力。隨後在柳貝村，同樣的悲劇再次上演，盧卡皇子的殘暴讓兩人意識到，必須擁有力量才能阻止這一切。
在逃亡途中，兩人被某種力量指引來到了一個古老的祠堂。在那裡，命運的紋章選擇了他們：里歐獲得了擁有治癒與守護之力的「輝之盾紋章」，而喬伊則獲得了擁有破壞與毀滅之力的「黑之刃紋章」。這對雙子紋章本是一體，象徵著兩人從此將走上對立卻又互相吸引的道路。
第二章：背道而馳的理想
為了守護更多人，兩人加入了繆斯市（Muse）的防衛戰。然而，海蘭德大軍壓境，喬伊在此時做出了一個驚人的決定。他認為單靠都市同盟鬆散的體制無法對抗海蘭德，為了從內部瓦解盧卡皇子的暴政，並以最快速度結束戰爭，他決定獨自背負污名，成為「叛徒」。
在繆斯市淪陷的前夜，喬伊暗殺了繆斯市長阿娜貝爾，並主動投降海蘭德，藉此獲得盧卡皇子的信任。里歐目睹了這一切，雖然震驚且心痛，但他必須帶著七美與皮莉卡逃亡。隨著都市同盟的各大城市相繼淪陷，里歐在無處可歸的絕望中，展現了領袖的氣質。他在軍師舒（Shu，馬修的弟子）的輔佐下，集結了舊同盟的殘部與義勇軍，成立了「新同盟軍」，並被推舉為領袖。
第三章：瘋狂皇子的殞落與新王的誕生
戰爭進入白熱化。里歐率領的新同盟軍與喬伊所在的王國軍展開了多次交鋒。喬伊憑藉著冷酷的計謀與黑之刃紋章的力量，迅速在海蘭德軍中爬升，甚至迎娶了皇女吉爾利亞，成為駙馬。雖然身處敵對陣營，但兩人在私下仍有過短暫的交集，喬伊多次勸說里歐逃離這場戰爭，但里歐堅持要守護大家，拒絕放棄。
為了擊敗如同怪物般強大的盧卡皇子，里歐不得不與喬伊進行一次無聲的「合作」。喬伊在海蘭德內部設局出賣盧卡，而新同盟軍則設下重重埋伏。最終，在身中無數箭矢與刀傷後，盧卡·布萊特終於倒下。
盧卡死後，喬伊迅速毒殺了原本的國王阿加雷斯，即位為海蘭德的新國王（皇王）。喬伊的目標是通過強權統一世界來消除戰爭，而里歐的目標則是建立一個自由和平的聯邦。曾經的摯友，如今成為了決定世界命運的兩大勢力之首。
第四章：無法回頭的悲劇
喬伊向新同盟軍提出休戰協定，邀請里歐前往繆斯市會談。然而這是一個陷阱，喬伊打算藉機擒殺里歐以結束戰爭。在千鈞一髮之際，一直失語的皮莉卡突然開口呼喚喬伊，這短暫的動搖讓里歐得以逃脫。
戰火重燃，新同盟軍勢如破竹。在攻打關鍵要塞洛克阿克斯（Rockaxe）時，悲劇發生了。無恥的馬蒂爾達騎士團長葛爾多（Gorudo）為了自身利益，竟命令弓箭手同時射殺正在對峙的里歐與喬伊。為了保護這兩個她最重要的人，七美衝上前去擋下了致命的箭矢。
看著倒在血泊中的七美，憤怒的里歐與喬伊短暫聯手，合力斬殺了葛爾多。然而，醫生宣布七美已無力回天（若集齊108星則為假死被雪藏）。七美的「死」成為了兩人心中永遠的痛，喬伊默默撤軍，里歐則在短暫崩潰後，為了結束這一切，下令全軍進攻海蘭德首都。
終章：最後的決鬥與真正的和平
新同盟軍攻破了皇都魯魯諾伊（L'Renouille）。在皇宮深處，里歐擊敗了由大量犧牲者召喚出的「獸之紋章」化身。海蘭德王國滅亡，戰爭終於結束。
面對眾人推舉他成為新國家元首的請求，里歐選擇了拒絕。他獨自一人回到了故事開始的地方——那個立下誓言的懸崖。在那裡，喬伊早已等候多時。
喬伊此時已因過度使用「黑之刃紋章」的力量而生命垂危。他向里歐發起最後的一騎討，希望死在摯友手中，讓里歐成為真正的英雄，並讓兩枚紋章合而為一，平息混亂。
（以下為完美結局劇情，需集齊108星並在最後決鬥中只防禦不攻擊）：
里歐拒絕揮劍，一次又一次地擋下喬伊的攻擊。面對固執的里歐，喬伊終於崩潰痛哭。此時，「輝之盾」與「黑之刃」產生共鳴，兩枚真之紋章的力量合二為一，治癒了喬伊殘破的身體。
隨後，軍師舒出現，帶來了令人驚喜的消息：七美其實還活著，當時是為了讓里歐無後顧之憂才隱瞞了生還的事實。
最終，里歐、喬伊與七美三人放棄了所有的榮耀與權力，就像當初離開卡羅鎮時一樣，結伴踏上了未知的旅程。儘管經歷了無數的傷痛與別離，但在這片廣闊的天空下，他們終於找回了彼此，以及那份最初的羈絆。
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