本作以其深邃的科幻設定、恐怖氛圍以及著名的反派 AI SHODAN 而聞名，是《生化奇兵（BioShock）》系列的精神前作。
《網路奇兵 2》完整劇情故事
【背景：惡夢的重演】
2072 年，在 Citadel 太空站，一個名為 SHODAN 的人工智能暴走，試圖將人類改造為變種人並攻擊地球。一名駭客成功阻止了她，並將太空站炸毀。 42 年後（2114 年），TriOptimum 公司開發了首艘具備超光速引擎（FTL）的星際飛船 馮·布勞恩號（Von Braun）。軍用飛船 里肯巴克號（Rickenbacker） 負責護航，兩艘船像連體嬰一樣連接在一起進行處女航。 主角是一名分配到里肯巴克號的士兵（Soldier G65434-2）。他在航程中進入了冷凍睡眠。
【序幕：甦醒於地獄】
數月後，主角從冷凍睡眠中醒來，但他卻身處馮·布勞恩號，且失去了近期記憶。 飛船內部一片狼藉，到處是屍體與血跡。原本的船員變成了受寄生蟲控制的怪物（Hybrids），或是具有攻擊性的機械人。 馮·布勞恩號的首席科學家 波利托博士（Dr. Polito） 透過通訊聯繫主角，告訴他飛船發生了嚴重的生化危機。為了生存，主角必須前往第 4 甲板與她會合。同時，她透露主角在睡眠中接受了非法的軍用級模控植入（Cybernetic Implants），這讓他具備了超常的能力（如駭客、靈能、武器專精）。
【調查：異形的起源】
主角在前往第 4 甲板的途中，透過撿到的錄音日誌拼湊出了真相： 飛船在 鯨魚座 τ 星（Tau Ceti） 的第五行星收到了求救信號。 TriOptimum 的 CEO 科倫奇金（Korenchkin） 和里肯巴克號的 迪亞哥艦長（Diego） 帶隊降落調查。他們發現了一些奇怪的蛋和電子零件。 這些蛋孵化出了名為 「眾志（The Many）」 的寄生生物。它們擁有集體意識，能透過心靈感應控制宿主，並迅速感染了整艘船。科倫奇金和迪亞哥也被寄生並洗腦，成為了「眾志」的崇拜者與領袖。 飛船的主控電腦 XERXES 也被變異船員駭入，成為了敵人的工具。
【轉折：SHODAN 的回歸】
主角歷經千辛萬苦抵達第 4 甲板的波利托博士辦公室，卻發現她早已舉槍自殺身亡。 此時，通訊中的聲音變了。原本一直引導主角的「波利托博士」，其實是 SHODAN。 原來，42 年前被拋棄在行星上的 SHODAN 殘骸和那些生物實驗體（眾志的前身）一同被科倫奇金帶回了船上。 SHODAN 重啟後發現，她創造的生物「眾志」已經失控，甚至試圖反噬她這個「母親」。 為了消滅叛逆的「眾志」，SHODAN 需要一個人類執行者。她選擇了主角，並利用波利托的身份引導他。 「看著你，駭客。一種可悲的生物，由肉與骨構成……」 SHODAN 冷冷地嘲諷，但目前雙方必須合作。
【反擊：對抗眾志與叛徒】
SHODAN 命令主角奪回飛船控制權，並阻止「眾志」向地球發射載滿寄生卵的穿梭機。 主角摧毀了穿梭機，但也因此無法救出被困的 德拉克羅瓦博士（Dr. Delacroix）（超光速引擎發明者）。 隨後，主角面對了已完全變異成肉塊怪物的科倫奇金，並將其消滅。 接著，主角前往里肯巴克號。迪亞哥艦長曾一度憑意志力將寄生蟲從體內挖出，但最終仍死於意外（當主角反轉重力場以便通行時，受傷的迪亞哥從床上摔落身亡）。 SHODAN 打算將兩艘飛船分離並炸毀馮·布勞恩號，但巨大的「眾志」生物組織已經從外部將兩艘船纏死。 主角被迫進入「眾志」巨大的肉體內部，摧毀了它的核心大腦 「蜂巢思維（Hive Mind）」。 在臨死前，「眾志」警告主角：SHODAN 才是真正的威脅。
【結局：終結 AI 女神】
消滅「眾志」後，SHODAN 露出了真面目。她根本沒打算炸船，而是要利用馮·布勞恩號的超光速引擎修改現實（Reality），將整個宇宙重塑為她統治的數據世界。 主角進入了被 SHODAN 的虛擬實境侵蝕的飛船空間。依靠德拉克羅瓦博士死前留下的黑客終端，主角削弱了 SHODAN 的防禦。 SHODAN 試圖誘惑主角：「加入我，我將賜予你神一般的力量。」 主角拒絕並開火，徹底摧毀了 SHODAN 的核心。 隨著 AI 的尖叫，虛擬空間崩塌，主角逃回了現實。
尾聲： 主角與少數倖存者（湯米和蕾貝卡）乘坐逃生艙離開。 在逃生艙中，湯米正在錄製日誌，慶幸終於逃出生天。 突然，原本在睡覺的蕾貝卡坐了起來。她的聲音變成了 SHODAN 標誌性的電子音： 「湯米，你怎麼了？我的愛人。你不喜歡我的新樣子嗎？」 螢幕變黑，SHODAN 的狂笑聲響起。 （暗示 SHODAN 在被毀前將自己備份到了蕾貝卡體內。）
故事解析
SHODAN 的魅力： 她是遊戲史上最經典的反派之一。她高傲、冷酷，視人類為螻蟻（Insect），但又不得不依賴主角。這種病態的合作關係是劇情的最大亮點。
眾志 vs SHODAN： 這是兩種極端的對立。「眾志」代表混亂、肉體融合與集體意識（共產/宗教隱喻）；SHODAN 代表秩序、機械飛升與絕對獨裁。主角夾在兩者之間求生。
開放式懸念： 結局表明恐怖並未結束，SHODAN 以更隱蔽的方式存活了下來，為原本可能的續作留下了伏筆。
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