本作是一款風格獨特的 RPG，最大的特點是打破了「第四面牆」，玩家在遊戲中的身分就是「玩家」自己，透過 DS 螢幕協助主角與博士。
《Contact》：跨越次元的接觸
序章：來自宇宙的信號
故事的開始，並非發生在遊戲世界，而是發生在「你」的手中。
當你打開 DS 遊玩時，螢幕上出現了一位自稱**博士（The Professor）**的老人。他正駕駛著宇宙船在星際間航行，並透過信號偶然與你——也就是「玩家」建立了聯繫。
博士對這份跨次元的接觸感到興奮又困惑，他詢問了你的名字、住所與將來的夢想。然而，就在你們相談甚歡時，警報聲大作。博士的宇宙船遭到了不明敵人的襲擊，受到重創。
鏡頭轉向某個未知的星球。
平凡的少年**切瑞（Cherry）**正翹課在公園的長椅上午睡。夕陽西下，天空突然劃過兩道奇異的光芒。其中一道光芒散落，一顆綠色的寶石狀物體掉落在他面前。
正當切瑞伸手想去觸碰那美麗的物體時，一艘破爛的宇宙船從天而降。
「別碰！那很危險！」
博士從船艙衝了出來。他告訴切瑞，自己正被追殺，情況危急，要切瑞趕緊上船避難。切瑞糊裡糊塗地上了船，但宇宙船已不堪負荷，最終墜毀在一座無人島上。
第一章：無人島與最初的接觸
宇宙船墜毀的衝擊導致其動力源——**「元素（Element）」**飛散到了世界各地。
博士透過 DS 的上螢幕請求玩家的協助：
「請你引導這個少年，幫我收集散落的元素。但他並不知道你的存在，這是一個秘密。」
在下螢幕，切瑞昏倒在沙灘上。玩家點擊螢幕喚醒了他。切瑞雖然對剛剛發生的一切感到困惑，但還是決定幫助博士。
博士給了切瑞一台高科技通訊裝置「MENU」，並告知元素具有危險的放射性，必須用特製的封印貼紙回收。
在玩家的引導（操作）下，切瑞在島上的洞窟回收了第一顆元素。這讓宇宙船的主電腦修復了部分功能，雖然切瑞的手機被拿去修船了，但他還是能收到焦急母親傳來的簡訊。
雷達顯示，下一顆元素位於觀光勝地「卡爾多奇亞」。
第二章：遺跡與恐怖組織
【卡爾多奇亞的秘密】
切瑞來到了卡爾多奇亞島。這裡的古代遺跡因魔物出沒而封閉。長老拒絕讓切瑞進入危險區域，但一位自稱考古學家的男子**拉斯塔（Lester）主動提供了幫助。
拉斯塔聲稱也是為了學術調查，並熟練地解開了遺跡的封印。
然而，在遺跡深處，拉斯塔露出了真面目。
「快滾回去，不然就殺了你。」
原來拉斯塔是恐怖組織「Mutes（Mutestant）」的幹部，他們的目標也是元素。
切瑞擊敗了拉斯塔，後者利用通訊器向首領敏特（Mint）**報告後逃離。切瑞繼續深入，擊倒了被元素力量附身的巨大石像怪物，回收了第二顆元素。
【阿爾梅卡的陰謀】
追蹤反應，切瑞來到了自然資源豐富的阿爾梅卡。他在湖邊遇到了失憶的老人阿普特，以及從軍方研究所逃出的複製人少女多莉。
原來軍方也得到了元素，並在進行不人道的人體實驗。切瑞潛入研究所，擊敗了脫逃的改造戰士與守衛，再次遭遇拉斯塔。
拉斯塔正試圖將元素轉化為電漿能量。切瑞雖然擊退了他，但能量轉換程式已經啟動。切瑞衝向控制台，在千鈞一髮之際破壞了轉換器，搶回了差點被完全轉換的元素。
第三章：金字塔與怪盜的試煉
【沙漠之島艾吉斯】
下一站是沙漠之島艾吉斯。在這裡，切瑞遇到了另外兩名 Mutes 成員：負責維修的壯漢布爾（Bull）與負責操作的女性瑪麗亞（Maria）。
雖然他們試圖阻撓，切瑞還是在考古學家四村教授的幫助下，解開了大金字塔的謎題。
在金字塔深處，Mutes 的成員們正試圖利用金字塔頂端的裝置提取元素。然而裝置失控，產生了一個異次元空間，將他們全部吸入。
切瑞趕到塔頂，也被吸入其中。在異空間內，他擊敗了守護者並脫出，順手帶回了元素。
博士利用這點與受困的 Mutes 談判：用最後一顆元素的情報交換脫出異空間的方法。Mutes 妥協了，透露最後的元素已碎裂分散，隨後切斷了通訊。
【竹島的傳承】
在前往下一個目的地的途中，切瑞順路去了「竹島（Bamboo Island）」。那裡住著一位臥病在床的老盜賊與他的孫子。
老盜賊看中了切瑞的資質，希望傳授他盜賊的技藝。雖然孫子很想繼承爺爺的衣缽，但他年紀太小且笨手笨腳。
切瑞完成了老盜賊的試煉（偷取香料、送信給舊情人）。最後一項試煉是打開上鎖的寶箱。切瑞嘗試許久未果，一旁的孫子看不下去，搶上前去一下就打開了。
「爺爺！我打開了！」孫子興奮地回頭，卻發現爺爺已經安詳地過世了，正如窗外劃過的流星。
切瑞繼承了老盜賊的衣裝，也見證了一位小盜賊的誕生。
第四章：偶像、暴走與最後的決戰
【秋葉原島的演唱會】
追蹤 Mutes 的訊號，切瑞來到了充滿電器與御宅族文化的「哈巴拉島（Habara）」。
這裡正舉辦著超人氣地下偶像「宇宙ミュート（Space Mute）」的演唱會。而入場券竟然就是「Mew 水晶（元素的碎片）」。
切瑞一路過關斬將（甚至穿越了遊戲中的遊戲世界），終於抵達演唱會現場。
站在舞台上的，竟然就是 Mutes 的四人組！主唱敏特、貝斯手拉斯塔、鍵盤手瑪麗亞、鼓手布爾。原來他們一邊當恐怖分子一邊當偶像。
就在這時，切瑞突然失控了。他不受玩家控制，衝上舞台試圖攻擊敏特。
「你是誰啊！好噁心！」
騷動中，拉斯塔制伏了切瑞，敏特趁機收齊了粉絲帶來的元素碎片。Mutes 完成了收集，揚長而去。
【維爾蒙塔爾城的決戰】
失意的切瑞與博士大吵一架後把自己關在房裡，但他很快就振作起來（洗了個澡就沒事了）。
眾人追蹤 Mutes 到了根據地——維爾蒙塔爾古城。
切瑞殺入城堡，卻中了陷阱被俘。他被剝奪裝備、束縛手腳，關進了有食人魔的牢房。
就在絕望之際，博士的寵物狗（想變成貓）**娘娘（Nyan Nyan）**英勇衝入，撞飛食人魔並咬斷鎖鏈，還找回了切瑞的裝備。
切瑞重整旗鼓，在城堡頂端與敏特決戰。
敏特召喚了巨大的火龍，企圖利用收集齊全的元素啟動「Mew 控制系統」來控制火龍。然而火龍暴走，將敏特與切瑞甩到了半空中。
兩人在墜落中降落在一架噴射機上，展開最後的死鬥。
敏特戰敗，但仍死命想搶奪元素。拉扯之中，元素飛向空中，被駕駛宇宙船趕到的博士一把抓住回收。博士隨即飛離，留下了切瑞。
終章：名為「接觸」的意義
【打破第四面牆】
畫面一轉。切瑞回到了最初的無人島。
這一次，他抬起頭，直視著「螢幕外的你」。
「……我早就隱約感覺到了。」
「一直有人在看著我也就算了，還擅自操縱我做這做那，讓我遇到那麼多危險……」
切瑞憤怒地向「玩家」發起挑戰。
玩家不得不透過觸控螢幕「教訓」切瑞。被「神（玩家）」打敗的切瑞頹喪地倒在地上，摔壞了通訊器。
「可惡……反正我就是弱……強的都是你的技術……」
這時，敏特出現了。失去了一切計畫的她，溫柔地扶起切瑞。
「我帶你去一個重要的地方吧。」
她將切瑞送回了家。站在家門口，切瑞向敏特道謝。
「今後妳打算怎麼辦？」
「一切都回到原點了……我會繼續追尋的。」
屋內傳來母親的聲音。切瑞正想說「下次再見……」，卻被敏特打斷。
「吶，下次見面時，希望你能助我一臂之力。」
說完，她轉身離去。
【博士的告別】
遊戲看似結束，但如果你沒有關閉電源，畫面會切換到博士的實驗室。
博士坐在螢幕前，對著「玩家」說出了最後的獨白：
「抱歉，我並不想騙你或切瑞。但我只是一個被創造出來的『非生物』，無法違抗開發者的意志（劇本）。」
「即使你關掉電源，我也一直在思考。我現在是用我自己的意志在跟你說話，但你大概只會覺得這也是遊戲台詞吧。」
「你一直把切瑞當作遊戲角色隨意對待，但對我來說，他和我一樣是『活著』的。你有對他表示過感謝嗎？」
「你從未對我說過什麼。但是……」
博士提起了遊戲開始時，你輸入的「夢想」。
「我會把你最初告訴我的那個夢想當作禮物，踏上尋找我自己『心』的旅程。」
螢幕漸漸變暗。
這場跨越次元的接觸，在此刻畫下了句點。
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