本作是《GOD EATER》的加強版，除了包含前作所有劇情外，還新增了講述「方舟計畫」之後、關於前隊長雨宮林道下落的全新章節。
《GOD EATER BURST》：靈魂的救贖與重逢
序章：新的威脅與神祕少年
「方舟計畫」被阻止，極東支部長約翰尼斯身亡，希歐帶著吞噬了地球污穢的巨大荒神「諾亞」飛向月球，為地球換來了短暫的平靜。
然而數月後，極東支部再次陷入危機。
新型荒神「漢尼拔（Hannibal）」出現。第一部隊雖成功將其擊倒並摘除核心，但漢尼拔竟異常地自我再生了核心並重新啟動，襲擊眾人。
為了保護隊友，第一部隊隊長（主角）挺身擋下一擊，神機受損，身受重傷昏迷。
在主角養傷期間，由於神機使全員出動執行漢尼拔掃蕩作戰，極東支部陷入空防狀態。此時，荒神入侵支部，直逼神機整備庫。為了保護技師立夏，主角在自己的神機尚未修復的情況下，毅然拿起了整備庫中**「某人遺留的神機」**。
這是禁忌。神機使若使用非本人適合的神機，將會遭到神機細胞的嚴重侵蝕。
劇痛襲來，主角的右手被神機侵蝕，意識模糊。就在千鈞一髮之際，一名神祕的神機使出現，與主角合力擊退了荒神。
第一章：感應與真相
主角在病房醒來，那是被稱為「連（Ren）」的少年神機使。他是新配屬到極東支部的醫療班成員。
然而奇怪的是，除了主角，似乎沒有人對連有深刻的印象。
康復後的主角回到崗位。某日，連在整備庫看著那把「某人的神機」，突然伸手觸碰。主角連忙阻止，就在兩人接觸的瞬間，強烈的**「感應現象」發生了。
主角看到了連的記憶，或者說是那把神機的記憶——那是前隊長雨宮林道**失蹤當天的真相。
在被亞莉莎封鎖退路後，林道孤身與荒神死鬥，最終失去了控制神機細胞的「腕輪」與神機，右臂被嚴重侵蝕。但在即將被荒神殺死之際，希歐出現救了他。林道雖然倖存，但右手已完全荒神化。
得知林道可能還活著，現任支部長佩拉博士下令極祕搜查。主角在感應中看到的廢棄寺廟附近，找到了林道的遺物，證實了他的生存。
第二章：荒神化的英雄
搜查行動全面展開，但連卻給了主角一個殘酷的現實：
「失去腕輪的神機使會迅速荒神化，最終墮落為荒神。若遇見那樣的林道，你能殺了他嗎？」
搜查過程中，第一部隊遭遇了一隻前所未見的黑色漢尼拔。這隻荒神強大無比，卻在攻擊隊友的瞬間停手，彷彿在抗拒自己的本能。
主角挺身擋下攻擊，再次發生感應。他看到了林道在荒神化的痛苦中，仍試圖保護夥伴、對抗吞噬自己意識的荒神本能。
真相大白——那隻黑色漢尼拔，就是雨宮林道。
極東支部下達了討伐「黑色漢尼拔（林道）」的特別任務。
為了拯救林道，主角決定賭一把。連告訴他，只有同樣接觸過林道神機、且處於特殊侵蝕狀態的主角，才有可能使用林道的神機來對抗他。
於是，主角帶著林道的神機，與連兩人獨自前往決戰之地——埃癸斯島。
第三章：為了活下去
在埃癸斯島，主角與連對抗黑色漢尼拔。儘管擊倒了它，它卻不斷再生，林道的半身甚至浮現在荒神身上，痛苦地喊著：「快逃！這是命令！」
主角沒有逃。他右手持自己的神機，左手抓起林道的神機（忍受著侵蝕劇痛），雙刀流怒吼：
「別逃避！……別從活下去這件事上逃避！這是……命令！」
主角將兩把神機刺入荒神口中，擊碎其核心。強烈的感應再次爆發，主角與連一同進入了林道的精神世界。
在精神世界中，他們找到了瀕臨崩潰的林道意識。連將力量賦予林道，林道終於取回自我，決心活下去。
然而，現實中的黑色漢尼拔並未消滅，反而化作更巨大的黑泥怪物追擊至精神世界。
在絕體絕命之際，連挺身而出，化作光芒擋下了攻擊。
「沒錯……這樣就好了，林道……」
光芒中，連的身影消失，變成了一把神機——林道的神機。
原來，「連」就是林道神機的具象化（或是神機內寄宿的意志）。他一直陪伴著林道，最後引導主角來拯救主人。
連笑著感謝林道與主角，隨後化為光芒消散，徹底淨化了林道體內的荒神細胞。
結局：雨過天晴
林道奇蹟似地生還，雖然右手仍是非人的異形（裝上了新的腕輪控制），但他回到了大家身邊。
之後，林道與佐久夜舉行了婚禮，第一部隊迎來了真正的團圓。
時光流逝，林道在執行任務前，看著佐久夜傳來的簡訊，與新人隊員閒聊起生孩子的話題。
「孩子還早得很呢。……不過，名字我早就想好了。」
林道看著天空，溫柔地說道：
「是用我交往最久的戰友的名字……叫做『連』。」
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