本作發生在與系列正傳不同的平行宇宙「百萬世界」中，講述了一群少年對抗命運、開創未來的故事。
序章：未知的世界與星之印
故事開始於邊境的希特羅村（Citro Village）。主角（遊戲無默認名，漫畫版名為西格）與青梅竹馬瑪莉卡（Marica）、傑爾（Jale）、劉（Liu）以及前輩迪爾克（Dirk）組成了村莊自警團。某日，他們前往東丘討伐怪物，卻意外目睹北方的神秘光芒。當光芒消散後，一座巨大的森林與古老的遺跡憑空出現。
奇怪的是，主角一行人心中卻覺得這座森林「一直都在那裡」。懷著疑惑，他們進入遺跡探索，在深處發現了一本散發著光芒的「書」。當主角觸碰書本時，腦海中湧入了奇異的幻象，並獲得了名為「星之印」的特殊能力。同時，他們也恢復了原本的記憶——這座森林與遺跡確實是突然出現的。
回到村莊後，他們發現只有他們這些「觸碰過書或與書產生共鳴」的人才記得真相，其他村民的記憶都被修改了。此時，一名長得與瑪莉卡一模一樣的少女出現，她手持巨斧，自稱來自「另一個世界」，是為了追殺名為「變節者（Renegade）」的異界怪物而來。透過她與名為「萬事通（Rumble）」的種族解釋，主角得知這個世界存在著無數平行的「百萬世界」，而遺跡深處的「門」正是連接這些世界的通道。
就在主角送別異界瑪莉卡時，他驚訝地發現自己無法穿過那扇門——在百萬世界中，只有不屬於該世界的人才能穿過門。這意味著，主角可能根本就不屬於這個世界。
第一章：唯一的道路與虛假的預言
為了查明「書」的真相，主角一行人前往擁有最大圖書館的宗教都市賽納斯（Cynas）。途中，他們在灰嶺遇到了宗教組織「唯一真道教團（Order of the One True Way）」。這個教團宣揚「未來早已註定，命運不可違抗」，並藉由精準預測災害（如乾旱、雷擊）來吸收信徒。
在賽納斯，主角親眼目睹了教團總長貝爾弗雷德（Valfred）的演講。他預言廣場將落下雷擊，結果真的有雷電劈下並造成死傷，但信徒們卻因「這是命運」而無動於衷。主角意識到教團的危險性，且教團似乎對主角手中的書虎視眈眈。
逃回遺跡後，教團派遣大軍與名為「司書」的精英部隊進攻希特羅村，企圖奪取書本。在危機時刻，主角等人雖然奮力抵抗，但仍不敵司書壓倒性的力量。就在此時，鄰國賈南魔道帝國（Janam Mage Empire）與冥夜劍士團的援軍趕到，擊退了教團軍。
然而，勝利的代價是沉重的。前輩迪爾克因嫉妒主角等人獲得「星之印」的力量，加上對自身無力的絕望，被教團司書蠱惑，認為「接受命運的安排」才是正途。他背叛了夥伴，加入了教團，並試圖焚毀那本給予主角力量的書。
第二章：帝國的崩壞與世界的融合
為了對抗教團，主角決定與賈南帝國結盟，並將遺跡定為「本據地」，成立了反抗軍（由玩家命名，如橙子軍等）。在此期間，各方勢力逐漸匯聚，包括異界的訪客、各種亞人種族（如獸人族Fury Roar、魚人族Porpos等）。
然而，教團的陰謀遠比想像中可怕。教團利用奪來的「書」（即世界的記憶），人為地引發「世界融合」。所謂融合，就是將其他已經毀滅的平行世界強行併入當前世界，以此覆蓋原本的地貌與生命。
在一次針對教團據點的行動中，世界融合突然發生。繁榮的賈南帝國在一瞬間被漫漫黃沙吞噬，整個國家連同無數百姓憑空消失，取而代之的是一片荒蕪的沙漠。倖存的人們（如未持有星之印者）記憶再次被篡改，認為帝國從未存在過。這殘酷的一幕讓主角痛徹心扉，也讓他堅定了打倒教團的決心。
第三章：犧牲與覺悟
隨著戰事推進，主角發現教團的終極目標是完成「12次世界融合」，以召喚並侍奉那位傳說中毀滅了無數世界的「唯一之王（The One King）」。教團認為只有與唯一之王的世界融合，才能在毀滅中獲得永恆的安寧。
為了阻止第12次融合，反抗軍攻入了教團的重要據點。但在那裡，教團啟動了大規模的融合術式，企圖消滅反抗軍。千鈞一髮之際，已成為司書的迪爾克挺身而出。原來他並未完全墮落，而是選擇深入敵營尋找破解之法。為了保護主角與家鄉，迪爾克燃燒了自己的生命，利用體內的書之力強行轉移了融合地點。
「以前我想保護你們，不讓你們捲入戰鬥……但看到你們為了守護世界而戰，我真的很驕傲。」
迪爾克在光芒中消逝，留下了最後的微笑與贖罪。
第四章：打破命運的輪迴
雖然迪爾克的犧牲爭取了時間，但教團總長貝爾弗雷德仍執意要完成儀式。主角集結了108位星宿（Starbearers），攻入了教團總部「道標之塔」。
擊敗貝爾弗雷德後，第12次融合還是發生了。「唯一之王」降臨，那是一個全身散發著絕望氣息的銀白巨人。面對這壓倒性的力量，主角們毫無招架之力，世界被白光吞噬。
然而，主角再次醒來時，發現自己回到了希特羅村，那是他15歲生日的前一天。日子一天天重複，這裡沒有戰爭，迪爾克還活著，一切都那麼美好。但他逐漸意識到，這只是「唯一之王」賜予的虛假永恆——一個不斷輪迴的「快樂結局」，卻沒有未來。
「我不接受這種沒有未來的世界！未來是未知的，正因為未知，我們才要親手去創造！」
主角與夥伴們覺醒，打破了輪迴的幻象，回到了決戰之地。
終章：未知的未來
主角意識到，要打倒唯一之王，不能依靠犧牲（過去許多世界的星宿選擇犧牲生命與王同歸於盡，結果卻只是讓最強的星宿成為下一任唯一之王，延續悲劇的輪迴）。
主角集合了所有世界的書之力（12本書），以此對抗唯一之王。同時，來自百萬世界的星宿們也響應了呼喚，在各自的世界同時發起反擊。在這股集合了所有生命「渴望未來」的意志下，唯一之王終於被打倒。
王消逝前，感謝主角終結了這無盡的輪迴。原來，他也是某個世界的英雄，因選擇了錯誤的救世方式而淪為毀滅的化身。
結局：
唯一之王消失後，連接百萬世界的通道也隨之關閉。異界的朋友們（如阿特利 Atrie）即將分離。
（True Ending，集齊108星）：
主角在關閉的門前與阿特利道別。雖然物理上的通道關閉了，但主角堅信：「未來不是註定的，只要我們不放棄，總有一天會再相見。」
帶著這份信念，主角回到了夥伴身邊。雖然失去了穿梭世界的力量，但他守護住了這個充滿可能性的世界。故事在主角與瑪莉卡等人迎向嶄新明天的笑容中落下帷幕。
Fin
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