本作設定於異於正傳的平行世界，以「時間旅行」與「百年的輪迴」為核心，講述了一段跨越三個時代的英雄們反抗命運的故事。
序章：百年的恐懼與箱庭世界
故事發生在與系列作正傳不同的世界。這裡沒有27之真理紋章，取而代之的是使用「魔石」作為力量來源。這個世界由強大的「愛奧尼亞聖皇國（Holy Empire of Ionia）」所統治。聖皇國之所以擁有絕對權威，是因為這片土地上存在著一種名為「泰拉斯法爾馬（Teras Pharma）」，俗稱「百年之怪物」的恐怖生物。
傳說中，這種怪物每隔一百年就會出現，吞噬世間萬物。為了對抗這個威脅，愛奧尼亞聖皇國張開了巨大的結界保護人類，並以此為由強迫周邊都市國家臣服。如今，聖皇歷300年，正是傳說中「第三次百年之怪物」即將降臨的年份。
主角（遊戲無默認名）是位於聖皇國邊境「特爾貝村」的青年劍士，他是100年前擊退怪物的英雄「托爾瓦德」的後代，修習家傳的「蒼閃流」劍術。在怪物即將來襲的陰影下，一個名為「朱之斧」的激進武裝組織崛起，他們打著推翻聖皇國的旗號進行恐怖攻擊。主角為了守護家鄉和平，決定挺身而出對抗朱之斧，卻因此捲入了改變世界命運的洪流。
第一章：跨越時空的引導者
在追擊朱之斧的過程中，主角遇到了一位謎樣的少年魔術師——澤豐（Zephon）。澤豐雖然說話刻薄，卻引導主角接觸了一棵名為「時代樹」的發光巨樹。透過持有特殊的寶珠並觸摸時代樹，主角獲得了穿越時空的能力，可以前往100年前（聖皇歷200年）與200年前（聖皇歷100年）。
雖然活動範圍僅限於時代樹周邊，但主角利用這個力量，結識了100年前的粗獷英雄先祖托爾瓦德，以及200年前雖身為聖皇妃卻親上前線的女傑阿斯特麗德。藉由向過去的英雄學習戰技、改變過去的小細節來影響現在，主角逐漸壯大了自己的隊伍。
然而，隨著調查深入，主角發現了歷史的違和感。聖皇國嚴格執行「禁書狩獵」，導致過去的真實歷史被抹去或竄改。主角在三個時代間穿梭，拼湊出了聖皇國宣稱的「真相」：原來，結界外的世界早已被泰拉斯法爾馬毀滅，只剩下死寂的廢土。聖皇國之所以獨裁，是因為只有他們能維持結界。如果聖皇國倒台，結界消失，所有人將會被湧入的怪物吞噬。
得知此事的「朱之斧」首領阿龍（Aaron），雖然因過去被聖皇國害得家破人亡而復仇心切，但在得知真相後也一度陷入迷惘。
第二章：虛偽的樂園與管理者的傲慢
然而，這所謂的「真相」依然是謊言。
主角在澤豐的提示下，設法調查了現代結界外的狀況。令人震驚的是，結界外並沒有滿坑滿谷的怪物，反而是一片生機盎然的自然大地。原來，「百年之怪物」早在許久之前就因缺乏食物而自然滅絕了。
這意味著，聖皇國維持結界並非為了「保護」人民，而是為了「囚禁」人民。
真正的幕後黑手，是愛奧尼亞的聖皇——雷內費利亞斯十三世（Reneferias XIII）。他實際上已活了超過300年，且擁有不老不死之身。當年的泰拉斯法爾馬其實是人類製造出來的生物兵器，因失控而毀滅了世界。身為倖存者的雷內費利亞斯為了不再讓人類重蹈覆轍，決定建立一個「箱庭」，將倖存的人類圈養在結界內，並透過製造恐懼（捏造怪物威脅、甚至暗中資助朱之斧作為敵對勢力以團結民心）來進行絕對的管理。
更驚人的是，雷內費利亞斯深知「108星」擁有改變歷史、推翻國家的力量。為了防止這股力量威脅他的統治，他利用自己創造的時代樹，將本該出生在同一時代的108位宿星，打散到了300年的歷史長河中，讓他們無法集結。
第三章：集結的星辰與反擊
主角在不知情的情況下，透過時代樹在三個時代間奔波，反而成為了將這分散在百年間的108星重新連結起來的關鍵。主角決定不再接受被飼養的命運，他要打破結界，帶領人類走向廣闊的真實世界。
主角聯合了現代的勢力、100年前的托爾瓦德、200年前的阿斯特麗德，組成了跨越時空的聯軍。他們揭穿了聖皇的謊言，使得聖皇國軍心渙散，「朱之斧」也轉而與主角合作。
聯軍攻入了聖皇國首都愛奧尼亞。為了徹底擊敗這位存在於三個時代的不死聖皇，主角與先祖們制定了計畫：同時在聖皇歷100年、200年、300年發起總攻擊。
終章：編織未來的時刻
在決戰中，三個時代的英雄分別擊敗了各時代的雷內費利亞斯。這位傲慢的管理者終於倒下，他所堅持的「為了人類好而剝奪自由」的扭曲正義也被否定。
結局分歧：
普通結局（Normal Ending）：
為了不產生時空悖論導致現代消失，過去的英雄們選擇在擊敗聖皇後留他一命，但剝奪其權力並嚴加監視，確保歷史順利流向主角所在的現代。
在現代，主角徹底擊敗了聖皇，破壞了維持數百年的結界。雖然歷史仍有許多謎團，但人類終於走出了箱庭，踏上了外界未知的土地。真結局（108星結局）：
當集齊108星並在三個時代同時擊敗聖皇後，奇蹟發生了。澤豐現身（其真實身分與時代樹的意志有關），宣告因為108星的強大羈絆，三個時代被成功「剝離」並重塑。
這意味著「百萬世界」理論的實現：聖皇歷100年、200年與300年不再是前後相繼的單一時間線，而是變成了三個獨立存在的平行世界。因此，過去的英雄們可以毫無顧忌地消滅聖皇，而不必擔心影響未來。
最終，三個時代的結界同時消散，時代樹也完成了使命而消失。托爾瓦德、阿斯特麗德與主角，分別在各自的平行世界中，帶領著人們邁向自由與無限可能的未來。
Fin
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