本作是一款文字冒險遊戲，主角並非骷髏 13，而是追查其蹤跡的自由記者。故事根據玩家選擇會進入四條不同的分歧路線。
《骷髏 13：追查 G13 檔案》：記者眼中的神級狙擊手
序章：死亡的檔案
自由記者久我京平接到好友內藤真二的電話，說在網路上發現了不得了的東西。
內藤經營著一個專門蒐集陰謀論與都市傳說的網站。他透過 P2P 軟體下載到了一份神秘的「G 檔案」。這份檔案僅在網路上公開了不到一分鐘，記載了世界各地無數起未解懸案與暗殺事件，而所有的線索都指向同一個神祕殺手。
然而，就在內藤興奮地破解檔案密碼時，他慘遭不明人士槍殺。他的電腦被徹底破壞，唯一的線索只剩下他在生前交給久我的 USB 隨身碟。
久我深信殺死好友的兇手就是 G 檔案中的神祕殺手——傳說中的狙擊手骷髏 13（Golgo 13）。為了復仇，久我根據已破解的兩起案件線索（日本與芝加哥的槍擊案），踏上了追查真相的旅程。
途中，政府特務增子健多次警告久我：「不想死就別查了，那不是你能觸碰的領域。」但久我置若罔聞。
路線一：英國足球醜聞篇
久我前往英國採訪足球賽事，在飛機上結識了體育記者藤原美和子。兩人聊到了關於球員踢假球的傳聞。
久我在採訪某球隊的後衛與敵隊教練時，試探性地問起假球傳聞，卻引來兩人異常激烈的憤怒反應。藤原推測，這兩人可能利用「後衛在關鍵時刻犯規，讓敵隊獲得絕佳罰球機會」的方式操控比賽。
比賽當天，正如推測那樣，後衛在禁區犯規。就在教練的球隊準備罰球時，砰！砰！
兩聲槍響，後衛與教練頭部中彈，當場斃命。
兇手從觀眾席進行了超遠距離的神乎其技狙擊，隨後消失無蹤。
久我意識到，這就是 G 檔案中的殺手所為。雖然未能接觸到殺手，但他理解到，這個殺手是為了某種目的（或許是制裁破壞體育精神的敗類）而存在的。
路線二：YR 投資與非洲獨裁者篇
久我在日本調查時，接觸到了一個四人投資團隊「YR 投資」。他們正計畫投資非洲發展中國家「利茲西亞（Lizsia）」的稀有金屬開採權。
然而，利茲西亞的獨裁總統恩迪亞耶提出了一個奇怪的交易條件：提供骷髏 13 的情報。
為了接近目標，久我加入了 YR 投資的調查團，並將手中的 G 檔案情報分享給他們。一行人受邀前往利茲西亞。
抵達後，久我發現這裡根本不像總統宣傳的那樣繁榮。所謂的學校其實是軍事基地，道路殘破不堪，根本沒有稀有金屬開採的跡象。
原來這一切都是恩迪亞耶的騙局。他利用假情報騙取 YR 投資的資金來擴充軍備，並企圖利用 G 檔案來威脅控制骷髏 13，讓他成為自己的御用殺手。
更驚人的是，殺死內藤的真兇正是恩迪亞耶的手下。
圖窮匕見，恩迪亞耶下令屠殺 YR 投資的成員。團員們一個接一個慘死在軍隊槍下。
久我拼死駕駛吉普車逃入地雷區。就在追兵逼近、絕望之際，遠處傳來精準的槍聲——追兵被全數擊斃，連地雷都被子彈引爆開出了一條安全通道。
通道的盡頭，站著那個男人——骷髏 13。
久我將 G 檔案的隨身碟交給骷髏 13：「這是我朋友的遺物，也是恩迪亞耶想要的東西。把它當作報酬，替我的朋友報仇！」
骷髏 13 收下了隨身碟，並考驗了久我的記憶力以獲取總統府的警備情報。
隨後，單槍匹馬的骷髏 13 殲滅了總統府衛隊，擊斃了恩迪亞耶。久我終於為好友報了仇。
路線三：復仇者聯盟篇
久我前往芝加哥調查，在那裡遇到了「精英十三（Except 13）」——一個由對骷髏 13 懷恨在心的人組成的復仇者團體。
久我為了深入調查而加入了該組織。在那裡，他認識了一位名叫波拉的女性，她的哥哥據說被骷髏 13 殺害。
然而，久我經過調查（以及從飯店偵探 DOLL 那裡得到的情報）發現，波拉哥哥被殺的手法粗糙殘暴，根本不像是骷髏 13 的風格。真正的兇手其實是「精英十三」的首領羅伊，他為了嫁禍給骷髏 13 而殺了波拉的哥哥，並利用波拉作為人肉炸彈去刺殺骷髏 13。
久我及時阻止了波拉的自殺式攻擊，並說服她相信真相。兩人利用原本安排好的見面機會接觸了骷髏 13。
久我交出 G 檔案作為委託費：「請阻止羅伊的瘋狂計畫。」
骷髏 13 接受委託（或者說他原本就要清理這些蒼蠅）。雖然波拉在混戰中為了保護久我而犧牲，但骷髏 13 殲滅了羅伊一夥。
事後，特務增子告訴久我：「其實你不用給檔案，骷髏 13 也會殺了他們。如果你那時候是用檔案委託他幫內藤報仇就好了……」
久我雖然遺憾，但也從此放下了執念。
路線四：電子墓場篇（True End / G 檔案的真相）
久我在調查中意外結識了天才外科醫生楊·里·卡特（原作角色）。楊雖然知道養父是被骷髏 13 殺死，但他理解殺手的原則與父親的罪孽，並未懷恨在心。
與楊的交流讓久我對骷髏 13 有了更深的認識：這不僅是個殺手，更是一個嚴守承諾與規則的「武士」。
久我獨自前往芝加哥，透過現場勘查，推理出了骷髏 13 過去某次「不可能的狙擊」的手法（利用鏡子反射陽光讓目標抬頭，從而製造水平射入的假象）。
當晚，久我在飯店房間驚醒——骷髏 13 正拿槍指著他。
「你拿著 G 檔案想做什麼？」
久我坦白是為了尋找殺死好友內藤的兇手。
骷髏 13 冷冷地說：「那個男人不是我殺的。」
接著，他揭露了 G 檔案的真相：那原本是某個犯罪組織為了威脅他而製作的紀錄。雖然組織被他消滅了，但檔案已經流向了 P2P 網路，成為永遠無法完全刪除的電子幽靈。內藤只是運氣不好，接觸到了這個危險的秘密而被其他覬覦檔案的人（如利茲西亞總統）滅口。
「既然知道了，就把檔案交出來。」骷髏 13 命令道。他要銷毀所有關於自己的紀錄。
久我試圖談條件：「我把檔案給你，你能幫我報仇嗎？」
「那是我的檔案，本來就是我的東西，不能當作談判籌碼。」骷髏 13 拒絕了（此處與路線二不同，可能是因為此時他尚未接受委託的狀態，且久我是處於被威脅的立場）。
為了活命，久我交出了隨身碟。骷髏 13 轉身離去。
【尾聲：無言的復仇】
失去了檔案，久我以為復仇無望，失意地回到日本。
幾天後，新聞報導利茲西亞總統恩迪亞耶在官邸被一名刺客擊斃。
隨後，久我收到了一個包裹。裡面是那個隨身碟。
打開一看，裡面的 G 檔案已被徹底刪除，隨身碟變回了普通的空白硬碟。
但寄件地址顯示——來自利茲西亞總統府。
久我明白了。
這是骷髏 13 的留言。
他殺死了恩迪亞耶（殺害內藤的幕後黑手），並將遺物歸還給久我。
雖然沒有言語，沒有契約，但那個男人用行動告訴久我：仇，已經報了。
久我來到內藤墓前，獻上了空白的隨身碟。
「安息吧，內藤。一切都結束了。」
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