在系列時間軸上（直到《Dread》發售前），這是最末端的故事。它講述了薩姆斯·亞蘭與神祕寄生體「X」的對抗，以及她與恩師亞當的「重逢」。這部作品一改系列作孤獨探索的風格，引入了大量的對話與明確的任務引導，著重於刻畫薩姆斯的心理變化。
Metroid Fusion：寄生、融合與最後的命令
序章：X 的夢魘
【SR388 的異變】 薩姆斯·亞蘭接受了「BIOLOGIC 宇宙生物研究所（B.S.L）」的委託，前往行星 SR388 護衛調查隊。 自從薩姆斯消滅了所有的 Metroid 後，這顆星球的生態系發生了劇變。 在那裡，薩姆斯遭遇了一種膠狀的浮遊生物。她輕易擊退了它，但在那之後，生物變成了不定形的粘液，侵入了她的裝甲。 當時她並未察覺異常。然而，在返回途中，薩姆斯突然失去了意識。 她的飛船失控，撞向了小行星帶。幸運的是，緊急逃生艙自動彈射了。
【融合裝甲的誕生】 薩姆斯被送往銀河聯邦總部急救。 那種神祕生物被稱為 「X」。它是一種極度危險的寄生擬態生物，能侵蝕宿主的中樞神經，殺死宿主並複製其外貌、記憶與能力。 原本 Metroid 是 X 的天敵，因為 Metroid 滅絕了，X 開始在 SR388 上肆虐。 X 已經侵蝕到了薩姆斯的神經系統，與她的 Power Suit 融為一體。醫生不得不切除大部分裝甲，但對體內的 X 束手無策。 絕望之際，科學家想到了唯一的解藥——Metroid。 他們使用薩姆斯曾帶回的「Baby Metroid」細胞製成了疫苗。 奇蹟發生了。疫苗瞬間消滅了 X。薩姆斯活了下來，但也付出了代價：她的基因中混入了 Metroid 的 DNA。 從此，她成為了全宇宙唯一能對抗 X，同時也繼承了 Metroid 「畏懼寒冷」弱點的戰士。 她那標誌性的橘色裝甲，變成了藍黃相間、有著生物質感的 Fusion Suit（融合裝甲）。
第一章：B.S.L 的慘劇與 SA-X
【神祕的爆炸】 康復後的薩姆斯接到命令，前往環繞 SR388 的太空站 B.S.L 調查一起爆炸事故。 隨行的只有一艘配備了新型 AI 的飛船。 AI 的聲音冷靜、理智，甚至有些不近人情。這讓薩姆斯想起了她已故的恩師與長官——亞當·馬爾科維奇（Adam Malkovich）。 雖然有些諷刺，薩姆斯決定在心中稱呼這台電腦為「亞當」。
【最強的擬態者】 到達 B.S.L 後，薩姆斯發現這裡已成地獄。 那些被帶回研究的生物樣本全部被 X 寄生並擬態。更可怕的是，之前切除下來的薩姆斯裝甲殘骸也被 X 寄生了。 那個擬態體繼承了全盛時期薩姆斯的所有能力：超級飛彈、強大火力、以及無堅不摧的防禦。 它被稱為 SA-X（Samus Aran - X）。 現在的薩姆斯只有全盛期 10% 的力量，面對 SA-X 只有死路一條。 AI 亞當冷酷地警告：「一旦遇到 SA-X，立刻逃跑。不要回頭。」 這是一場在封閉空間中，獵人變成獵物的恐怖躲貓貓。
第二章：生態浩劫與陰謀
【恢復力量】 薩姆斯在各個模擬生態區（Sector）中穿梭，消滅擬態怪獸，並吸收飄出的核心 X。 透過吸收，她逐漸找回了變形球、飛彈等能力。因為她是 Metroid 的混種，所以她能像 Metroid 一樣吸收 X 作為能量。 在探索中，她救出了一群老朋友——在《Super Metroid》中曾幫助過她的外星小動物：埃特孔（Etecoon）與達喬拉（Dachora）。
【禁忌的實驗】 隨著深入，薩姆斯發現了一個並不存在於地圖上的祕密區域。 那裡充滿了培養槽，裡面漂浮著無數的 Metroid。 從幼體到巨大的 Omega Metroid，應有盡有。 原來，銀河聯邦一直在暗中進行 Metroid 的復活與軍事化研究。他們甚至開發出了快速成長的技術。 突然，SA-X 闖入了這個區域。它本能地察覺到了天敵的存在，開始瘋狂破壞實驗室。 系統為了防止 Metroid 外洩，啟動了緊急程序，將整個祕密區域從太空站彈射出去，並在太空中自爆。 Metroid 再一次滅絕了。
第三章：最後的命令
【聯邦的野心】 薩姆斯質問 AI 亞當。亞當承認了聯邦的計畫：不僅是 Metroid，聯邦現在看上了 X 的擬態能力，企圖將 X 也作為生物兵器。 聯邦軍隊即將抵達 B.S.L，捕捉 X。 「這群瘋子！」薩姆斯憤怒了。她知道 X 的恐怖，一旦 X 寄生了聯邦軍隊，它們將擁有軍隊的知識與火力，然後擴散到全宇宙。 薩姆斯決定炸毀 B.S.L，哪怕犧牲自己也要阻止 X。 但 AI 亞當封鎖了門，將她困在導航室。 「妳這樣做沒有意義。SR388 上還有無數的 X。」 薩姆斯想起了真正的亞當曾經說過的話：「該去的人去，該留下的人留下。」 她試圖喚醒 AI 中的人性：「如果是真正的亞當，他會理解我的！」
【亞當的覺醒】 AI 沉默了片刻。 「……即使在死後，我依然要為這種麻煩事操心嗎？」 AI 的語氣變了。它不再是冰冷的電腦，而是那個熟悉的、愛挖苦人的指揮官。 原來，亞當·馬爾科維奇的人格與記憶真的被備份到了這台電腦中。 亞當提出了一個完美的方案：改變 B.S.L 的軌道，讓它撞擊 SR388。 這樣既能消滅太空站上的 X，也能連同母星上的 X 一起根除。 「這是最後的任務，薩姆斯。設定軌道，然後活著回來。這是命令。有異議嗎？Lady。」
終章：歐米茄的咆哮
【決戰 SA-X】 薩姆斯衝向控制中心。 擋在她面前的，是 SA-X。 經過一路的成長，薩姆斯終於有了與之一戰的資格。經過死鬥，SA-X 被擊敗，化為核心 X 逃走了。 薩姆斯啟動了軌道推進器。B.S.L 開始墜向 SR388。 倒數計時開始。
【最後的 Metroid】 薩姆斯跑回機庫，卻發現飛船不見了。 取而代之的，是一隻巨大的 Omega Metroid。它是從祕密實驗室逃出來的漏網之魚。 薩姆斯發動攻擊，但她的武器對 Omega 堅硬的外殼無效。 Omega 一爪將薩姆斯打至瀕死，HP 歸零（僅剩 1）。 就在 Omega 準備給予最後一擊時，SA-X 再次出現了。 作為 X 的本能，它優先攻擊天敵 Metroid。SA-X 發射了冰凍光束，傷害了 Omega。 但受傷的 SA-X 不敵 Omega，被一擊打回了核心狀態。 那是最後的禮物。 薩姆斯吸收了 SA-X 的核心。 她重獲了全盛時期的裝甲，以及對抗 Metroid 的終極武器——冰凍光束（Ice Beam）。 伴隨著 B.S.L 墜入大氣層的震動，薩姆斯舉起臂砲，將憤怒與力量化為一道冰藍色的光束，貫穿了 Omega 的胸膛。
【生還】 Omega 倒下了。飛船及時飛回，接走了薩姆斯。 還有那群小動物。 原來，是埃特孔和達喬拉這群聰明的小傢伙，在亞當的指導下啟動了飛船。 薩姆斯在太空中看著 B.S.L 化為火球，撞擊 SR388。 巨大的爆炸吞沒了星球。X 與 Metroid，這兩大銀河威脅，終於徹底消失在宇宙的塵埃中。
薩姆斯對亞當說：「我們會被聯邦審判嗎？」 亞當：「別擔心，總有人能理解的。」 薩姆斯微微一笑。 無論未來如何，只要有這位老朋友（雖然是 AI）在身邊，她就無所畏懼。
—— Metroid Fusion: End ——
【解析】
恐怖氛圍的營造 《Fusion》最成功之處在於 SA-X 的設計。那種「全盛時期的自己變成了敵人」的絕望感，以及伴隨著腳步聲逼近的追逐戰，讓這款動作遊戲充滿了驚悚生存的氛圍。
薩姆斯的獨白 本作透過電梯裡的獨白，細膩地展現了薩姆斯的內心世界。她對亞當的思念、對聯邦的不信任、以及對自身「非人化（融合 Metroid DNA）」的思考，讓這個沉默的英雄變得立體。
線性的代價 雖然本作評價極高，但也因為過於線性的引導（亞當一直鎖門直到你完成任務）而受到部分老玩家批評。這限制了探索自由度，但換來了更緊湊的敘事節奏。
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