Metal Gear Solid：基因的咒縛與雙蛇的終焉
序章：重返戰場的老兵
【阿拉斯加的危機】 退役的前 FOXHOUND 隊員、傳說中的傭兵 Solid Snake（固蛇），在阿拉斯加過著隱居生活。然而，一紙命令打破了他的平靜。 武裝部隊佔領了阿拉斯加外海的核廢棄物處理設施所在的影子摩西島（Shadow Moses Island）。 恐怖份子是叛變的新生 FOXHOUND 部隊，其首領自稱 Liquid Snake（液蛇）——一個與 Snake 擁有相同代號、相同面容的男人。 他們挾持了 DARPA 局長與 ArmsTech 公司總裁，威脅若不交出傳說士兵 Big Boss 的遺體與 10 億美元，將發射核彈。
【單人潛入任務】 前指揮官 Roy Campbell 上校請求 Snake 重出江湖。 任務有二：
營救兩名人質。
確認並解除核武威脅。 Snake 獨自一人潛入冰冷的孤島。他的支援團隊包括：掌握作戰指揮的 Campbell、負責醫療與基因監控的 Naomi Hunter、通訊專家 Mei Ling，以及老戰友 Master Miller（透過無線電支援）。
第一章：潛入與謎團
【Metal Gear REX 的陰影】 Snake 成功潛入並找到了 DARPA 局長。局長透露，這裡正在祕密開發新型核搭載步行戰車 Metal Gear REX。 然而，就在交代完關鍵情報後，局長突然心臟病發身亡。 Snake 隨後試圖營救 ArmsTech 總裁 Baker，卻遭遇了 FOXHOUND 的神槍手 Revolver Ocelot（左輪山貓）。 激戰中，一名身穿強化外骨骼的 Cyborg Ninja（生化忍者） 突然亂入，斬斷了 Ocelot 的右臂。 Baker 總裁在透露了阻止核發射的 PAL 卡片鑰匙後，也同樣死於突發的心臟病。 Snake 感到不對勁。為什麼接觸過的人質都死於同樣的症狀？
【新的夥伴與舊的亡靈】 Snake 遇到了一名拒絕參與叛變的女兵，她是 Campbell 上校的姪女 Meryl Silverburgh。 兩人決定合作。同時，Snake 也找到了 Metal Gear 的開發者 Otacon（Hal Emmerich）。這位有點懦弱但心地善良的科學家，在得知自己開發的「防禦兵器」其實是用於核打擊後，毅然決定協助 Snake。 在通訊塔，Snake 再次遭遇了生化忍者。經過死鬥，Snake 認出了忍者的真面目——那是他在贊給巴爾國親手擊敗的戰友 Gray Fox（灰狐）。 Fox 並未死去，而是被改造、被藥物控制，成為了渴望戰鬥的亡靈。
第二章：背叛與拷問
【心理戰與狙擊】 Snake 的潛入之路充滿艱險。他擊敗了能讀取心靈（甚至讀取玩家記憶卡）的超能力者 Psycho Mantis，以及在暴風雪中等待的狙擊手 Sniper Wolf。 Wolf 擊傷了 Meryl 作為誘餌。為了救 Meryl，Snake 被俘。
【拷問室的抉擇】 Liquid 終於現身。他對 Snake 充滿了莫名的憎恨。 隨後，Ocelot 對 Snake 進行了殘酷的電擊拷問。 「想活命就屈服吧。但那樣的話，那個女孩（Meryl）就會死。」 Snake 咬牙堅持（或屈服，這將決定結局）。 在牢房中，Snake 發現 DARPA 局長的屍體早已腐爛，且血液被抽乾。這與他幾小時前目睹的死亡時間完全不符。謎團越來越深。
第三章：雙蛇的宿命
【PAL 卡的陷阱】 Snake 逃出牢房，擊敗了巨漢 Vulcan Raven，終於抵達地下整備基地。Metal Gear REX 就在眼前。 Master Miller 通過無線電告訴 Snake，只要將 PAL 卡片依照不同溫度變化形狀插入，就能「強制解除」核彈發射系統。 Snake 照做了。 然而，系統非但沒有解除，反而啟動了。 「謝謝你，Snake。」無線電那頭傳來了嘲諷的聲音。 Master Miller 摘下了墨鏡——他是 Liquid Snake 偽裝的。真正的 Miller 早在幾天前就被殺害了。 Liquid 揭露了真相：恐怖份子根本沒有啟動密碼，他們一直在利用 Snake 來解鎖系統。
【FOXDIE 病毒】 Liquid 還揭露了另一個殘酷的事實。 Snake 並非來救人，而是被五角大廈當作**「行動生物武器」**派來的。 Naomi 在 Snake 體內注射了名為 FOXDIE 的暗殺病毒。它會識別特定基因，誘發心臟病。 DARPA 局長（其實是擬態大師 Decoy Octopus 偽裝的）、Baker 總裁都死於此。 Snake 只是政府為了抹殺恐怖份子並回收 Metal Gear 而派出的一枚棄子。
【優性與劣性的謊言】 Liquid 駕駛 Metal Gear REX 發起攻擊。 灰狐為了贖罪與保護 Snake，捨身挑戰 REX，最終慘死在巨獸腳下。 憤怒的 Snake 摧毀了 REX。 在燃燒的殘骸上，Liquid 道出了兄弟倆的身世： 他們是 1970 年代「恐怖的孩子們」計畫的產物——傳說士兵 Big Boss 的複製人。 Liquid 痛恨自己是被分配了「劣性基因」的廢棄品，而 Snake 則是繼承了「優性基因」的完美傑作。他要透過超越 Snake、超越 Big Boss 來證明自己的價值。
【最後的格鬥】 在即將被核彈空襲摧毀的基地頂端，雙蛇展開了赤手空拳的決鬥。 Snake 擊敗了 Liquid。 在吉普車追逐戰的盡頭，重傷的 Liquid 仍試圖殺死 Snake。 然而，就在最後一刻，FOXDIE 發作了。 Liquid 在痛苦中死去，直到死前，他仍深信自己是劣等的。
終章：活下去的理由
【未來的選擇】 空襲被取消了。 Campbell 上校奪回了指揮權，並告訴 Snake 消失吧，政府會當作他們已死。 Naomi 透過無線電告訴 Snake，關於 FOXDIE 何時會在他身上發作：「這取決於你如何去活。」
【結局 A：Meryl 生還（正史）】 Snake 與 Meryl 一同騎著雪地摩托車奔向朝陽。 「我們會找到新的生活方式。」 Snake 終於不再只是一個戰鬥機器，他找到了愛與未來。
【結局 B：Otacon 生還】 Meryl 死於拷問或寒冷。Snake 與 Otacon 逃出。 兩個受傷的靈魂互相扶持。 「我是 Hal，你是 Dave。我們要為了活下去而戰。」
【幕後的真相】 工作人員名單後，Ocelot 撥通了一則電話。 電話那頭是現任美國總統（第三個蛇，Solidus）。 Ocelot 匯報： 「是的，Metal Gear 的測試數據已收集完畢。」 「沒人知道我的身分。DARPA 局長是我殺的（為了滅口）。」 「關於那對雙胞胎……是的，劣性贏了。」 「Liquid 直到死都不知道，他才是繼承了優性基因的那一個。而 Solid Snake 才是劣性。」 「那麼，再會了，總統閣下。」
這一通電話，徹底顛覆了整個故事的基因宿命論，也為續作埋下了巨大的伏筆。
—— Metal Gear Solid: End ——
【解析】
基因（Gene）的主題 遊戲反覆探討「基因是否決定命運」。Liquid 被基因的優劣之分束縛了一生，最終悲劇收場。而 Snake（身為劣性複製人）卻憑藉意志力戰勝了優性的 Liquid 和 Big Boss，證明了生命不僅僅是 DNA 的序列，更是由意志與經歷所定義的。
FOXDIE 的隱喻 FOXDIE 像是一個定時炸彈，象徵著「死亡的不可避免」。Naomi 最後的話語提醒玩家，既然無法預知何時會死（程式碼何時執行），那麼更應該珍惜當下，努力活著。
反核與反戰 透過 Metal Gear REX 的設定，小島秀夫批判了冷戰思維的延續以及核威懾的脆弱性。遊戲中大量的真實影像片段，更是強化了這種反戰的現實意義。
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