本作原定為系列完結篇，因此在劇情上對傑洛的身世、艾克斯與傑洛的宿命對決進行了總結。故事講述了在面臨人工衛星撞擊地球的絕望倒數中，兩位英雄如何抉擇未來，以及迎接各自的結局。
洛克人 X5：星殞與覺醒的時刻
序章：16 小時的末日倒數
【巨大的西格瑪頭顱】 距離仲裁部隊大戰（X4）僅數個月。 平靜再次被打破。一個巨大的西格瑪（Sigma）頭像突然出現在城市上空。 艾克斯（X）與傑洛（Zero）緊急出動，雖然輕易擊潰了它，但這只是一個開始。 巨大的爆炸將**西格瑪病毒（Sigma Virus）像塵埃一樣散佈到了整個地球。 與此同時，一個被病毒佔據的廢棄太空殖民地「歐亞大陸（Eurasia）」被西格瑪的手下戴納摩（Dynamo）佔領，並設定了撞擊地球的軌道。 剩餘時間：16 小時。 如果撞擊發生，地球將毀滅。 非正規戰警司令西格纳斯（Signas）**制定了兩套絕望的作戰計畫：
艾尼格瑪（Enigma）作戰：修復舊型雷射砲，從地面狙擊殖民地。
太空梭作戰：如果雷射失敗，將駕駛太空梭直接撞擊殖民地核心（由傑洛執行自殺式攻擊）。
第一章：病毒的雙重效應
【收集零件的死鬥】 艾克斯與傑洛分頭行動，擊敗各地的非正規機器人以獲取強化零件。 在這過程中，一個詭異的現象發生了。 地球上的西格瑪病毒濃度越來越高。普通機器人接觸病毒會發狂，艾克斯接觸病毒也會受傷。 唯獨傑洛不同。 傑洛接觸病毒後，不僅沒有受傷，反而感到力量湧現，甚至機能提升。 戰警總部的**艾莉雅（Alia）**和其他同伴開始用懷疑的眼光看著傑洛。 「為什麼只有你會變強？難道你是病毒的帶原者？」 傑洛沉默不語。他感覺到體內沉睡的某種東西正在覺醒，但他選擇將這份不安壓在心底，專注於拯救地球的任務。
第二章：命運的分歧點（殖民地墜落的結果）
故事在此產生巨大的分歧，決定了不同的走向：
分歧 A：拯救成功（傑洛依然正常）
太空梭作戰成功，殖民地被粉碎，雖然碎片對地球造成了重創，但並未毀滅。 然而，從墜落地點出現了一個神祕的「零空間（Zero Space）」。 艾克斯與傑洛前往調查。 在那裡，傑洛雖然沒有發狂，但因長期暴露在高濃度病毒下，身體開始發生異變。艾克斯出於擔心，試圖讓傑洛回基地檢查。 傑洛拒絕了：「我沒事，我還能戰鬥。」 這份固執引發了兩人的衝突。加上西格瑪在暗中挑撥，兩位摯友拔刀相向。
分歧 B：拯救失敗（傑洛覺醒）
太空梭作戰失敗，殖民地撞擊地球。巨大的衝擊與超高濃度的病毒瞬間毀滅了地表的大部分文明。 在這地獄般的景象中，傑洛從殘骸中爬了出來。 但他不再是那個冷靜的戰警了。 病毒徹底喚醒了他體內的「破壞程式」。 他的全身散發著紫色的鬥氣，眼神變得狂亂而空虛。 「艾克斯……我要打倒你……」 這就是傑洛的真面目——覺醒傑洛（Awakened Zero）。 艾克斯看著摯友變成了惡魔，含淚舉起了手砲。 「傑洛……我一定會把你帶回來！即使要破壞你的身體！」
第三章：宿命的對決
【紅與藍的死鬥】 無論哪條路線，艾克斯與傑洛最終都在零空間深處展開了決戰。 這是一場悲壯的廝殺。 藍色的射擊與紅色的劍光交錯。 最終，兩人兩敗俱傷，倒在地上。 就在這時，真正的黑手西格瑪現身了。 他一直在等待這一刻——讓這兩個最強的戰警自相殘殺。 西格瑪趁機偷襲，試圖給艾克斯最後一擊。 傑洛（如果是分歧 A 則恢復理智；分歧 B 則是本能）衝了上去，替艾克斯擋下了致命一擊。
終章：最後的威利編號
【最強的肉體】 西格瑪狂笑著，揭露了他的終極計畫。 他遇到了傑洛的「父親」——一個神祕的老人（威利博士的電子靈魂）。老人為他打造了最強的戰鬥軀體，並告訴了他傑洛的身世。 西格瑪散佈病毒，不僅是為了毀滅地球，更是為了讓傑洛「覺醒」，迴歸他原本作為「破壞神」的姿態。 「來吧！艾克斯！傑洛！這是最後的戰鬥！」
【結局：英雄的殞落】 艾克斯與垂死的傑洛聯手（或艾克斯獨自）擊敗了究極西格瑪。 西格瑪引爆了自己，試圖同歸於盡。 爆炸中，傑洛只剩下上半身。 艾克斯抱著傑洛，卻被西格瑪殘留的雷射貫穿胸口。 在這瀕死的時刻，傑洛用手砲徹底消滅了西格瑪。
【傑洛的走馬燈】 在生命的最後一刻，傑洛的記憶迴路中閃過無數畫面。 他看到了一個瘋狂的老人（威利）正在製造他。 他看到了那個老人給他植入的指令：「去破壞吧！殺死那個藍色的機器人（洛克人）！」 他看到了愛麗絲的笑臉。 「原來……這就是我的歸宿。」 「艾克斯……你要活下去……」 傑洛閉上了眼睛，在這片虛無的空間中停止了機能。
尾聲：各自的未來
結局 A（傑洛死亡，艾克斯繼承）
艾克斯被萊特博士（以全息影像或靈魂形式）修復。 三年後。 艾克斯手持傑洛的光束軍刀，眼神變得銳利而堅定。 「我會連同你的份一起戰鬥下去。只要這把劍還在，你就永遠和我在一起。」 為了建立一個人類與機器人和平共處的「天堂（Elysium）」，艾克斯繼承了摯友的遺志，繼續戰鬥。
結局 B（傑洛死亡，艾克斯失憶）
這是一個更為悲傷的結局（發生在殖民地墜落後）。 艾克斯被修復了，但他失去了關於傑洛的所有記憶。 沒有人知道為什麼，或許是他自己選擇了遺忘那份太過沉重的痛苦，或許是萊特博士為了保護他的心而刪除了數據。 艾克斯看著復興中的世界，雖然忘記了那個紅色身影，但他心中依然湧動著想要建立「天堂」的願望。 而傑洛，成為了歷史中一個無人知曉的幽靈。
—— Rockman X5 End ——
【深度解析】
原本的完結篇 《X5》在標題設計（X5 的 X 很大，暗示 Cross/結束）和劇情安排上，都充滿了完結的氣息。傑洛的死亡、身世的揭曉、艾克斯繼承光劍，這些都是為了給系列畫上句號。雖然後來因為商業原因出了《X6》，但《X5》的結局依然被許多粉絲視為「傑洛傳奇」的一個重要節點。
傑洛的身世閉環 本作終於借西格瑪和傑洛的回憶，明確了傑洛=威利製造的對抗洛克人的最終兵器。甚至暗示了「機器人破壞程式（Zero Virus）」就是威利為了殺死元祖洛克人而開發的。這將 X 系列與元祖系列的劇情完美銜接。
多重結局的嘗試 這是系列首次採用多結局。雖然觸發條件（RNG 隨機性）被玩家詬病，但它成功展現了平行宇宙的可能性，特別是「覺醒傑洛」的設定，滿足了玩家對於「如果傑洛變壞會怎樣」的想像。
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