瑪麗亞 2：受胎告知之謎
序章：人魚與天才少女
【新聞記者的跑腿任務】 國友真里亞，櫻花電視台的新人社會部記者。 某日，她被上司安藤亂指派去慈愛堂生物研究所，從諾貝爾化學獎得主亞門京介博士那裡取回一張光碟。 亞門博士正在進行關於「儒艮（人魚的原型）」的人工繁殖研究。 真里亞對這位年輕又充滿熱情的博士印象深刻，但也察覺到研究所內充滿了奇怪的機關。 離開時，真里亞乘坐博士的車，卻因為方向盤螺絲鬆動差點出車禍。這是不祥的預兆。
【博士之死】 當晚，新聞報導亞門博士被殺害，嫌疑人是他的助手景山純。 景山逃到了真里亞的住所求助。他聲稱自己到達時博士已遇害，兇手是一個神祕男人，而且博士留下了遺言：「鑰匙需要兩把」。 更糟的是，真里亞的上司安藤亂也在隨後的汽車爆炸案中失蹤（被認定死亡）。 為了查明真相，真里亞、景山以及真里亞的好友兼室友（系統工程師）比奈子組成了調查小組。
第一章：M 計劃的陰影
【神祕的黑衣人】 調查過程中，一個戴著墨鏡、自稱刑警的男人——二階堂巖頻頻出現。 他似乎也在尋找亞門博士的研究成果——名為**「人魚之眼淚」的光碟。 光碟內是一份加密的名單，上面列著許多早已夭折的兒童名字，唯獨一人倖存：13 歲的天才少女鷲崎瑪麗亞**。
【受胎告知與複製人】 線索指向了提供研究所資金的醫療團體「希爾財團」，及其負責人綠川冴子。 綠川有一個早已去世的女兒真子，而真子長得與鷲崎瑪麗亞一模一樣。 安藤亂其實並沒有死，他一直潛伏在暗處調查。 他告訴真里亞一個驚人的推論：所謂的「M 計劃（Mermaid Plan）」，其實是人類複製計畫。 鷲崎瑪麗亞，正是綠川死去女兒真子的複製人（Clone）。
【被詛咒的基因】 亞門博士在研究儒艮時發現了一種特殊的荷爾蒙（M 荷爾蒙），能促進細胞分裂，甚至能讓體細胞核在卵子中正常發育——這就是複製人的關鍵。 然而，這項技術有缺陷。製造出的孩子會在 7 歲左右因器官急速老化而死亡。 名單上的孩子都死了，只有鷲崎瑪麗亞活到了 13 歲。這背後似乎隱藏著某種祕密。
第二章：真相的雙重面貌
故事在此出現重大分歧，玩家的選擇將決定對真相的理解（逃亡篇 vs 究明篇）。
【逃亡篇：悲劇的連鎖】
真里亞潛入希爾財團地下研究所，發現了這裡就是製造複製人的工廠。 綠川冴子被矇在鼓裡，她以為只是在治療女兒，卻不知道女兒是複製人。 二階堂現身，他是政府祕密組織的特務，意圖抹殺所有證據。 在混亂中，綠川為了保護瑪麗亞而死。真里亞啟動了研究所的自毀程式。 結局中，雖然真里亞等人逃出生天，但二階堂的陰謀並未完全揭露，瑪麗亞的命運也懸而未決。
【究明篇：血脈的羈絆】
這是揭開所有謎團的真結局路線。 真里亞深入調查，發現了亞門博士的祕密論文與二階堂的日記。 兩份文件的內容截然不同，但在 DNA 鑑定後，拼湊出了令人戰慄的真相：
1. 亞門與二階堂的關係 亞門博士並不是單純的受害者。他在 40 年前就開始了複製人研究。 二階堂巖，其實是亞門博士製造的第一個成功的複製人（或是使用了 M 荷爾蒙的孩子）。 DNA 鑑定顯示，亞門、二階堂、與鷲崎瑪麗亞之間有著 99% 的親子（或克隆）關係。
2. 二階堂的真意 二階堂並不是冷血殺手，而是一個孤獨的倖存者。 他知道複製人的缺陷（7 年週期死亡），他自己靠著高純度的 M 荷爾蒙才活了下來。 他一直在尋找同樣是「同類」的鷲崎瑪麗亞。 他殺死亞門博士，是為了阻止博士繼續製造悲劇的實驗品。 他尋找 M 荷爾蒙，不是為了製造軍隊，而是為了救瑪麗亞。瑪麗亞 14 歲生日在即（第二個 7 年週期），如果沒有荷爾蒙，她就會死。
終章：兄妹的告別
【地下研究所的決斷】 在即將崩塌的地下研究所，真里亞與二階堂對峙。 二階堂沒有反擊，他只懇求真里亞將 M 荷爾蒙交給綠川，去救瑪麗亞。 「那個孩子……是我的妹妹（同類）。」 二階堂啟動了最後的防壁，將真里亞等人送出地面，自己則選擇了與充滿罪惡的研究所一同毀滅。 「瑪麗亞……妳要活下去……」
【最後的生日】 根據玩家的行動，結局會有不同：
Bad End（永遠的沉睡）： 如果未能及時理解二階堂的真意，未能拿到 M 荷爾蒙。 10 個月後，瑪麗亞在 14 歲生日派對上，像睡美人一樣靜靜地死去了。基因的詛咒終究無法打破。
Good End（魂之叫喊）： 真里亞將 M 荷爾蒙交給了綠川。綠川與瑪麗亞的父親決定冒險為瑪麗亞進行治療。 雖然二階堂死了，但他留下的日記和信件，讓人們知道了他並非怪物，而是一個深愛著妹妹的孤獨哥哥。 瑪麗亞活了下來。雖然未來仍充滿未知，但至少打破了死亡的螺旋。
—— Maria 2: The End ——
【解析】
受胎告知的隱喻 標題「受胎告知」在宗教中指天使告知瑪麗亞懷孕。在本作中，它諷刺了「無性生殖（複製）」的科技神蹟，以及隨之而來的倫理災難。
善惡的反轉 遊戲前半段將亞門博士描繪成受害者、二階堂描繪成反派。後半段的反轉極具衝擊力：亞門是瘋狂科學家，二階堂則是為了拯救同類而揹負汙名的悲劇英雄。
與前作的聯繫 雖然故事獨立，但前作的關鍵地點（慈愛堂醫院、希望之丘教會）和人物（神田院長的過去）都有串場，構建了一個完整的「瑪麗亞宇宙」。特別是二階堂，他在前作只是個普通老刑警，本作卻成了核心人物（雖然設定上可能略有吃書或平行時空之嫌，但情感上是連貫的）。
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