本作被許多愛好者譽為系列的「最高傑作」。它不僅在戰鬥系統上極致成熟（引入了導航個人化系統），更在劇情上將「WWW 的終結」、「佛魯迪的身世」以及「光家的三代恩怨」完美收束，帶來了系列中最為感人至深的結局。
洛克人 EXE 3：傳說的終結
第一章：崩壞的日常與神祕的「原型」
【WWW 的亡靈】 距離福音會（Gospel）事件結束後的數個月，熱鬥與洛克人享受著平靜的校園生活，並參加了網路對戰大賽「N1 大獎賽」。 然而，詭異的事件接連發生：學校出現神祕入侵者、動物園的野獸集體衝出籠子、醫院的醫療設備暴走危及病患性命。 所有線索都指向了那個曾經被毀滅的組織——WWW（世界三）。 威利博士（Dr. Wily）回來了。這一次，他的目標不是簡單的軍事政變，而是網路世界的根源。
【被詛咒的起源】 在為了拯救患有心臟病的好友**守（Mamoru）而奔波的過程中，熱鬥接觸到了網路歷史的黑暗面。 威利博士試圖解凍一個名為「原型（Proto）」**的禁忌程式。 那是舊時代的互聯網原型，是所有網路技術的始祖。但因為它具備了無法控制的自我生存本能，會吞噬一切連結的設備，而被視為失敗作封印在黑暗網路的最深處。 如今，WWW 試圖喚醒這個吞噬世界的怪物。
第二章：孤獨的黑影——佛魯迪
【造物主與被造物】 為了尋找重新封印原型的程式「基加凍結（Giga Freeze）」，熱鬥深入了 WWW 的秘密基地。 在那裡，一位神祕的科學家現身了——柯薩克博士（Dr. Cossack）。 同時出現的，還有那個最強的獨立領航員——佛魯迪（Forte）。 真相在此揭開：佛魯迪正是柯薩克博士創造的。 多年前，佛魯迪因為系統錯誤被人類誤判為威脅，下達了刪除命令。 他不甘心。他在網路的深淵中掙扎，靠著吞噬病毒和錯誤數據（Bug）活了下來，並進化出了可怕的力量。 他憎恨人類，憎恨背叛他的造物主。 「我不需要人類，我只需要力量。」 佛魯迪將前來贖罪的柯薩克博士打成重傷，隨後聽從威利的召喚離去——因為威利承諾給他「真正的力量」。
第三章：脈衝傳輸——跨越次元的兄弟
【最後的手段】 熱鬥一行人殺入了 WWW 的島嶼基地。 在最深處，威利博士已經啟動了原型的最終解凍程序。 熱鬥試圖阻止，但現場沒有任何插孔可以讓洛克人「傳輸（Plug-in）」進去。 那是物理隔絕的網路空間。 擺在熱鬥面前的，是一台舊時代的實驗裝置——「脈衝傳輸系統（Pulse Transmission System）」。 這是一種將人類的精神數據化，直接送入網路世界的危險技術。 為了阻止威利，也為了守護世界，熱鬥毅然坐上了椅子。 「洛克人，我要去你那裡了。」
【兄弟的相會】 光芒閃過，熱鬥睜開眼。 他站在一片流動的數據空間中。而在他面前，站著那個藍色的身影。 洛克人。 這是他們第一次，不是透過螢幕，而是面對面地站在一起。 身為雙胞胎兄弟的靈魂，在這一刻真正地並肩而立。 「熱鬥君……！」 「走吧，哥哥。我們一起去。」
第四章：被吞噬的傲慢
【最強的末路】 在原型的核心，威利博士誘惑佛魯迪破壞了最後的保護程式。 「只要打破這個，原型的力量就是你的了！」 佛魯迪照做了。他渴望證明自己是最強的。 然而，就在保護解除的瞬間，原本靜止的「原型」突然像巨大的阿米巴原蟲一樣蠕動起來。 它沒有賦予佛魯迪力量，而是張開了混沌的大口。 「什麼……！？」 在佛魯迪驚愕的瞬間，他被原型一口吞噬。 對於「原型」這個擁有原始本能的怪物來說，最強的領航員不過是一頓豐盛的晚餐。 威利博士的狂笑聲中，原型本體——一個巨大的、畸形的泥漿狀怪物，從地底升起。
【決戰】 熱鬥與洛克人並肩作戰。 在這場甚至無法分清現實與虛擬的死鬥中，兄弟倆合力擊潰了暴走的原型。 怪物的核心崩壞，威利的野心再次化為泡影。
終章：名為「洛克人」的奇蹟
【祖父的聲音】 原型崩潰了，但網路空間也開始坍塌。 原型的殘骸像沼澤一樣，試圖將熱鬥、洛克人以及威利一同吞沒。 就在這時，一道溫暖的光芒出現了。 那是**光正（Hikari Tadashi）**博士——熱鬥與彩斗（洛克人）的祖父，也是「原型」的開發者。 他將自己的人格數據留在了原型內部，就是為了這一天。 祖父的數據指引著他們逃生。 但是，能量不夠了。 過度的戰鬥消耗了洛克人太多的數據。如果不做點什麼，熱鬥的精神將會永遠被困在這裡，隨原型一同消滅。
【最後的同步】 洛克人看著身邊的熱鬥，露出了一個悲傷但溫柔的微笑。 「熱鬥君，你一定要回去。」 洛克人燃燒了自己剩餘的所有數據與能量，轉化為推動力，將熱鬥推出了崩潰的邊緣。 「洛克人！洛克人！！！」 熱鬥的呼喊聲在數據流中漸漸遠去。 洛克人的身影，隨著崩塌的「原型」電路，一同消失在黑暗的深淵中。
【沒有他在的早晨】 熱鬥在現實中醒來。 WWW 基地毀滅了，威利被捕了，世界和平了。 但是，PET（終端機）是空的。 無論怎麼呼喚，那個熟悉的聲音再也沒有回應。 升上六年級的熱鬥，過著行屍走肉般的日子。他拯救了世界，卻失去了半身。
某個夜晚，父親光祐一朗來到熱鬥的床邊。 「熱鬥，我知道你很難過。但是，我們在原型的殘骸中，發現了一個奇蹟。」 原型雖然吞噬萬物，但它的核心深處有一個特殊的「保存區域」。 在那裡，光正博士的數據拼死保護下，殘留了一小塊數據碎片。 那是洛克人的核心數據。
【重逢】 第二天早晨。 熱鬥顫抖著手，啟動了新配發的 PET。 載入條緩緩移動，最終亮起。 螢幕上，那個藍色的領航員睜開了眼睛，彷彿剛睡醒一般，露出了一如既往的笑容。 「早安，熱鬥君！」 熱鬥的淚水奪眶而出。 這不只是程式的修復，這是跨越了三代科學家的執念，跨越了生與死，最終找回的羈絆。 傳說結束了，但他們的日常，才正要開始。
—— Battle Network Rockman EXE 3 End ——
【深度解析】
「原型」的象徵意義 最終 BOSS「原型（Proto/Alpha）」象徵著科技失控的恐懼。它是網路的始祖，卻也是吞噬一切的混沌。這暗示了科技如果沒有良知（光正博士/洛克人）的引導，最終只會迴歸野蠻。
佛魯迪的悲劇美學 佛魯迪在本作中的形象極其飽滿。他追求力量是為了不再受傷，但他最終被力量（原型）吞噬。他是一個拒絕依賴他人、拒絕羈絆的極端例子，與熱鬥和洛克人那種「因為羈絆而強大」形成了鮮明的鏡像對比。
系列的分水嶺 《EXE 3》的結局原本是作為系列的完結篇設計的（洛克人犧牲）。雖然後來因為人氣太高出了續作，但 3 代結尾那種「失去後的空虛」以及「失而復得的感動」，在情感渲染上達到了系列的最高點。
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