本作是 SFC 平台上的最後一款《洛克人 X》系列作品。它首次引入了「傑洛（Zero）可操作」系統（雖然有限制），並將劇情的焦點從單純的戰鬥轉向了對「西格瑪病毒」本質的科學解析，以及一個關於虛假烏托邦的悲劇。
洛克人 X3：第三次感染與虛偽的烏托邦
序章：完美的疫苗
【多普拉博士的奇蹟】 距離第二次非正規化大戰已經過去了數個月。 這一次，和平似乎真的降臨了。 一位天才思考型機器人科學家——多普拉博士（Dr. Doppler），成功解析了導致機器人發狂的元兇。他將其命名為**「西格瑪病毒（Sigma Virus）」。 不僅如此，多普拉博士還開發出了能完全免疫該病毒的「疫苗」。 全世界歡欣鼓舞。接受了疫苗注射的思考型機器人們，聚集在多普拉博士建立的理想都市——「多普拉城（Doppler Town）」**，過著和諧共處的生活。 非正規機器人（Maverick）幾乎絕跡。艾克斯（X）和傑洛（Zero）甚至覺得，戰警的時代即將結束，真正的和平終於到來。
【崩壞的樂園】 然而，這只是暴風雨前的寧靜。 某一天，多普拉城的機器人們突然集體暴走。 諷刺的是，這些暴走者正是那些接受了「完美疫苗」的機器人。 而帶領這場叛亂的，竟然是被視為救世主的多普拉博士本人。 他向世界宣告建立新的秩序，並派出軍隊攻擊人類城市。 第 17 精銳部隊隊長艾克斯，與第 0 特殊部隊隊長傑洛，不得不再次披掛上陣。
第一章：來自地獄的復仇鬼
【復活的霸法】 在鎮壓各地叛亂的過程中，艾克斯遇到了一個不該存在的亡靈。 那是霸法（VAVA / Vile）。 那個曾經在《X1》中被擊敗、本該化為灰燼的瘋狂獵人。 多普拉博士利用先進的科學技術，將霸法的殘骸回收並修復，將其升級為**「霸法 MK-II」。 「艾克斯……我從地獄回來了！只為了聽你在我腳下慘叫的聲音！」 霸法駕駛著新型騎乘裝甲「棕熊（Brown Bear）」**，滿懷著對艾克斯的執著與憎恨，發起了瘋狂的攻擊。 但他再次敗給了成長後的艾克斯。這一次，他的仇恨之火被徹底熄滅。
【夢魘戰警】 除了霸法，多普拉博士還派出了兩名強大的殺手——瓦杰力亞（Bit）與曼達雷拉（Byte），合稱「夢魘戰警（Nightmare Police）」。 他們是專門為了抹殺艾克斯與傑洛而製造的。 在一場場死鬥中，艾克斯與傑洛證明瞭，即使是專門設計的殺手，也無法戰勝擁有堅定信念的戰士。
第二章：疫苗的真相
【潛入多普拉城】 擊潰了八大頭目與夢魘戰警後，艾克斯與傑洛攻入了多普拉城的核心實驗室。 在那裡，他們與多普拉博士展開了對決。 多普拉博士操縱著強大的戰鬥裝甲，但最終不敵兩位最強獵人的聯手。 被擊敗的多普拉博士跪倒在地，眼神中的狂氣突然消散，取而代之的是深深的悔恨。
【零號感染者】 「我……我都做了些什麼……」 恢復理智的多普拉博士揭露了殘酷的真相。 他在研究西格瑪病毒並製造疫苗的過程中，為了獲取最精確的數據，不慎將自己的電子腦暴露在病毒環境下。 他以為自己開發出了抗體，但實際上，狡猾的西格瑪病毒早已潛伏在他的體內，處於休眠狀態。 所謂的「疫苗」，其實是變種的西格瑪病毒。 多普拉博士不僅是受害者，還親手將病毒植入了所有信任他的機器人體內。 而真正的幕後黑手，正是潛伏在他意識深處的那個惡魔——西格瑪。
第三章：究極的戰鬥軀體
【凱撒・西格瑪】 多普拉博士告訴艾克斯，西格瑪已經利用他的技術，製造了一具史上最強的戰鬥軀體——「凱撒・西格瑪（Kaiser Sigma）」。 艾克斯深入地下機庫，面對了這具巨大的、如同戰神般的軀體。 西格瑪狂笑著： 「多普拉是個天才！這具身體擁有無盡的能量，我是無敵的！」 這是一場艱苦卓絕的戰鬥。艾克斯利用自己在旅途中獲得的黃金裝甲（Golden Armor），拼盡全力擊碎了凱撒・西格瑪的厚重裝甲，摧毀了他的核心。
【不滅的病毒】 然而，西格瑪並沒有死。 巨大的軀體爆炸後，一個猙獰的**病毒頭顱（西格瑪病毒本體）**浮現在空中。 「我說過，我是不滅的程式！」 這一次，西格瑪不打算逃走，他衝向了艾克斯。 「既然身體沒了，那我就奪取你的身體！艾克斯！你的身體將是我最強的容器！」 在狹窄的通道中，岩漿逼近，艾克斯被無形的病毒死死纏住，無法動彈。系統開始發出被入侵的警報。 絕體絕命。
終章：最後的抗體
【博士的贖罪】 就在艾克斯即將被完全侵蝕的瞬間。 一個身影擋在了艾克斯與西格瑪之間。 是重傷的多普拉博士。 他的手中拿著一個發光的程式裝置。 「西格瑪……既然這場災難因我而起，那就由我來結束！」 那並不是武器，而是多普拉博士在清醒後，用盡最後智慧編寫的**「真正的西格瑪抗體程式」**。 多普拉博士將裝置——連同自己的身體，化作純粹的數據流，衝向了西格瑪病毒。
【同歸於盡】 「不……不可能！我的數據……正在被中和……住手！多普拉！！」 西格瑪發出了恐懼的慘叫。 抗體程式像強酸一樣溶解了病毒的代碼。 多普拉博士回頭看了艾克斯最後一眼，那眼神中帶著解脫與歉意。 轟——！ 多普拉博士與西格瑪病毒一同捲入了巨大的爆炸中，徹底消散在空氣裡。
【未完的戰鬥】 艾克斯獨自逃出了崩塌的多普拉城。 懸崖上，傑洛已經在那裡等候（或者透過通訊聯絡）。 多普拉城化為廢墟。 雖然西格瑪再次被擊退，但這一次的代價是一位真心想要拯救世界的科學家的生命。 艾克斯握緊了拳頭。 只要西格瑪病毒還存在於這個世界上，只要還有機器人被感染，他的戰鬥就永遠不會結束。 為了不再讓多普拉這樣的悲劇重演，艾克斯再次堅定了守護的決心，奔向了下一個戰場。
—— Rockman X3 End ——
【深度解析】
「西格瑪病毒」概念的確立 《X3》是系列劇情的轉折點。在此之前，西格瑪只是一個強大的叛亂領袖。從本作開始，官方正式定義了「西格瑪病毒」的存在——這解釋了為什麼非正規化會像瘟疫一樣傳播，也讓西格瑪從一個實體反派昇華為一種「現象」或「概念」，極大增加了對抗的難度與絕望感。
傑洛的可操作化 雖然本作中傑洛的出場有限制（死一條命就永久退場），但這是傑洛首次成為可玩角色。他那強大的光束軍刀（Z-Saber）和高攻擊力，與艾克斯的遠端射擊形成了鮮明對比，為後續《X4》的雙主角線奠定了基礎。
多普拉博士的悲劇性 多普拉博士是一個典型的「善良的科學家被惡意利用」的悲劇角色。他真心想要和平，卻製造了最大的災難。他最後的自我犧牲（將自己變成抗體），是系列中少有的、反派陣營角色進行自我救贖的感人時刻，也諷刺了「絕對的正義/疫苗」可能隱藏著最大的危險。
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