本作是《鍊金術士》系列的第九作，以「學園生活」為主題。除了鍊金調合，還加入了選修課程、學期評鑑等校園元素。故事圍繞著一位失去記憶的少年維因，以及他身邊一群充滿個性的夥伴們展開，並最終揭開他身世的驚人祕密。
瑪那鍊金術：被創造的少年與學園的羈絆
序章：黑貓與少年
【入學之日】 少年維因·奧雷歐爾斯（Vayne Aureolus），一直與他的黑貓薩爾法（Sulpher）在深山中過著與世隔絕的生活。 他沒有過去的記憶，也不懂人情世故。直到某天，阿爾維斯學園的教師澤普爾來訪，邀請他入學。 帶著對鍊金術的一絲好奇與對父親的模糊記憶，維因踏入了這所鍊金術士的搖籃。
【古納爾的「魔掌」】 入學第一天，維因遇到了開朗的少女菲蘿（Philo）。 兩人正在參觀校園時，卻被一名高年級學長古納爾（Gunnar）強行拉走。 古納爾是學園有名的麻煩製造者，因為原本的夥伴都畢業了，為了保住鍊金工房（Atelier）的使用權，他強行「招募」了維因、菲蘿，以及同樣是一年級的獸人少女妮可（Nikki）。 就這樣，一群性格迥異的夥伴——弱氣的維因、愛加怪東西的菲蘿、熱血豬突猛進的妮可、豪快不羈的古納爾，組成了這間工房的新成員。
第一部：學園的日常與夥伴
【新成員的加入】 隨著時間推移，工房變得越來越熱鬧。
羅克西斯（Roxis）：名門出身的轉學生，總是視維因為眼中釘，卻在一次次事件中被捲入並最終加入。
帕梅拉（Pamela）：住在圖書館的幽靈少女，喜歡惡作劇，是學園的偶像。
安娜（Anna）：年僅 12 歲的天才劍術少女，性格認真過頭，經常因為誤會而引發騷動。
穆佩（Muppy）：外星人（自稱留學生），駕駛著壺型載具，企圖利用鍊金術修好宇宙飛船。
【成長的軌跡】 眾人一起經歷了各種校園事件：期末考、武鬥大會、學園祭、甚至還有對抗總是找碴的「三流反派二人組」托尼與雷內。 維因在這些日常中逐漸感受到了友情的溫暖。但他身上總是會發生不可思議的事情——被燒燬的樹木神祕復原、擊退連教師都畏懼的「大翼龍」……每當維因強烈「祈願」時，奇蹟就會發生。
【父親的影子】 維因逐漸得知，自己的父親名為西奧弗拉斯圖斯（Theofratus），是曾經震驚學園的天才鍊金術士。 然而，對於父親的具體事蹟，大部分教師都諱莫如深，尤其是那位嚴厲的女教師伊佐爾德（Isolde），總是對維因投以複雜的目光。
第二部：崩壞的序曲
【薩爾法的衰弱】 二年級結束之際，一直陪伴維因的黑貓薩爾法突然病倒。 即使使用了伊佐爾德提供的特效藥，薩爾法的生命力依然在不斷流失。 伊佐爾德冷冷地宣告：「這隻貓已經到了壽命的盡頭。」 眾人不願放棄，前往龍之墓場尋找傳說中的生命力，但徒勞無功。 就在薩爾法即將斷氣之時，維因心中爆發出強烈的願望：「不要死！不要丟下我一個人！」 奇蹟再次發生。 強烈的光芒從維因體內湧出，注入薩爾法體內。死去的黑貓竟然復活了。 目睹這一切的伊佐爾德，眼神變得決絕：「看來，還是不行……」
【殘酷的真相】 三年級的某日，伊佐爾德將維因和夥伴們叫到了圖書館的最深處。 她揭露了令人戰慄的真相： 「維因，你並不是人類。你是西奧弗拉斯圖斯製造的『人造瑪那（Mana）』。」 真正的契約關係是反過來的——不是維因與瑪那（薩爾法）契約，而是黑貓薩爾法與身為瑪那的維因契約。 西奧弗拉斯圖斯晚年因無法拯救一名少女而陷入瘋狂與自責，他為了自殺（或者說為了實現某種願望），創造了擁有**「實現願望之力」**的維因。 維因的力量太過強大且危險。如果他希望某人復活，那個人就會復活；如果他希望某人死，那個人就會死。 為了證明這一點，伊佐爾德當場「殺死」了一名夥伴（實際上是瀕死），並誘導維因許願將其復活。 「你的力量會扭曲世界的真理。既然薩爾法的死都無法讓你消失，那我只能親手消滅你。」 伊佐爾德化身為強大的鍊金術士襲來。 眾人擊退了伊佐爾德，但維因的心已經崩潰了。 「原來……我只是一個怪物嗎？」
第三部：最後的抉擇
【被隔離的學園】 真相大白後，維因陷入了自我厭惡。 「如果我會傷害大家，那我不如消失好了……但我又不想一個人……」 這份矛盾的願望（想消失 + 想和大家在一起）再度觸發了他的力量。 第二天，整個學園被巨大的結界封鎖，與外界徹底隔絕。 這是維因無意識中創造的「封閉世界」。
【另一個維因】 為了打破結界，維因與夥伴們進入了結界的核心。 在那裡，他們面對的是**「另一個維因」**——那是維因力量與願望的具象化。 「你不是希望這樣嗎？永遠和大家在一起，在這個封閉的世界裡。」 維因看著身邊的夥伴。 古納爾、菲蘿、妮可、羅克西斯、安娜、帕梅拉、穆佩……他們沒有因為維因是人造瑪那而排斥他，反而為了救他一同闖入險境。 「不……我錯了。」 維因終於正視了自己的內心。 「即使我是被創造出來的，即使我的力量很危險……但我依然想以『維因』的身分，和大家一起活在真實的世界裡！」
終章：結局的分歧
結局 A：Bad End（孤獨的消滅）
如果維因與夥伴的羈絆不夠深（未達成任何角色的個人結局條件）： 維因雖然打倒了「另一個自己」，但他依然深陷自責。 「我的存在本身就是錯誤。」 為了徹底消除這股力量，維因選擇了與結界一同毀滅。 他將夥伴們送出了結界。 在崩塌的空間裡，薩爾法靜靜地走到力竭的維因身邊。 「抱歉啊，薩爾法……最後還是連累了你。」 一人一貓，在光芒中消逝。學園恢復了平靜，但那個少年的身影永遠消失了。
結局 B：Good End（未來的鍊金術士）
如果維因與某位夥伴建立了深厚的羈絆（達成條件）： 在最後的戰鬥後，維因為了斬斷力量的暴走，決定捨棄「瑪那之力」，變回普通人。 這是一場豪賭。但在夥伴的呼喚下，他成功了。 學園恢復正常。維因失去了所有的特殊能力，甚至連薩爾法也變回了一隻普通的黑貓。 但他活下來了。 畢業典禮那天，維因向伊佐爾德道謝。 「雖然失去了力量，但我終於能作為一個普通的人類活下去了。」 伊佐爾德看著這個繼承了西奧弗拉斯圖斯罪孽與希望的孩子，露出了釋然的微笑。
角色個人結局（Good End 後日談）
菲蘿 (Philo)： 揭露了她其實是當年西奧弗拉斯圖斯未能完全治癒的少女（被奪走了壽命）。維因發誓要用鍊金術治好她。結局中，維因成為了她的專屬醫生，兩人過著溫馨的養病生活。
妮可 (Nikki)： 妮可為了尋找丈夫而來，最後愛上了維因。結局中兩人結婚，生了一大堆孩子（至少四個），過著熱鬧喧囂的家庭生活。
古納爾 (Gunnar)： 古納爾覺得世界太無聊，決定成立「惡之組織」征服世界（其實是為了讓維因當正義味方）。結局中維因真的跑去討伐已經征服半個世界的古納爾魔王，展開宿命對決。
羅克西斯 (Roxis)： 兩人成為了一輩子的勁敵。結局中兩人互相切磋鍊金術與戰鬥，約定要一直戰鬥到其中一方徹底認輸為止。
安娜 (Anna)： 安娜決定同時追求劍術與鍊金術的極致。結局中她找維因決鬥，結果用上了炸彈和塗毒的劍，完全把「武士道」拋在腦後，讓維因哭笑不得。
帕梅拉 (Pamela)： 維因承諾要帶帕梅拉離開學園。結局中兩人正在旅行，帕梅拉因為是幽靈常常嚇跑路人，維因雖然無奈但依然寵溺地陪著她。
穆佩 (Muppy)： 維因幫助穆佩修好了飛船，並擊退了企圖篡位的弟弟。結局中穆佩回母星當了國王，並邀請維因當「王后」（是的，王后），維因陷入了巨大的貞操危機。
—— Mana Khemia: All Endings Complete ——
【解析】
「瑪那鍊金術」的獨特性 本作最大的爆點在於主角的身分反轉——一直以為薩爾法是瑪那，結果主角才是瑪那。這個設定呼應了鍊金術中「人造人（Homunculus）」的經典命題，也讓劇情從單純的校園喜劇昇華為對生命意義的探討。
西奧弗拉斯圖斯的罪與罰 維因的父親（創造者）是一個悲劇人物。他為了救人反而奪走了人的壽命（菲蘿），因此陷入自我懲罰的循環。維因的存在既是他贖罪的工具，也是他最後的希望。
古納爾的真面目 古納爾在本作中看似是個搞笑的破壞狂，但在續作《瑪那鍊金術 2》中，他成為了令人聞風喪膽的魔鬼教頭。這暗示了他在本作結局（特別是他的個人線）之後，真的獲得了強大的力量與地位，是系列中隱藏的強者。
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