本作被許多玩家譽為《Zero》系列的劇情巔峰。它不僅揭開了傑洛（Zero）身世的最終謎團，還引入了系列最邪惡的反派——拜爾博士，將「靈魂與肉體」、「真物與贗品」的哲學探討推向了高潮。
洛克人 Zero 3：赤紅的真偽與終焉的審判
序章：來自宇宙的災厄
【墜落的禁忌】 距離艾爾畢斯引發的「黑暗精靈」事件（Zero 2）已經過去了兩個月。 雖然世界暫時恢復了平靜，但雪兒（Ciel）的新能源系統尚未完全普及。 某日，一顆巨大的物體從天而降，墜毀在雪原深處。 那是一艘來自百年前「妖精戰爭」時代的古老宇宙飛船。反抗軍探測到了與黑暗精靈極其相似的強大能量反應。 傑洛（Zero）奉命前往調查。 在飛船內部，他看到了一幕令人震驚的景象：新阿卡迪亞的四天王（賢將哈爾普伊亞、鬥將法布尼爾、妖將蕾薇亞丹）正在圍攻一個巨大的白色思考型機器人。 但他們完全處於下風。 那個白色巨人名為奧米加（Omega）。他一言不發，卻散發著令人窒息的壓迫感。
【惡魔的歸來】 就在傑洛準備介入時，一個令人毛骨悚然的笑聲響起。 從陰影中走出了一個漂浮的老人——拜爾博士（Dr. Weil）。 他是百年前引發妖精戰爭、將世界推向毀滅邊緣而被放逐到宇宙的瘋狂科學家。 而在他身邊，站著那個本該死去的複製艾克斯（Copy X）。拜爾修復了他，並給予了他說話口吃（暗示修復不完全）但更強大的力量。 拜爾看著傑洛，露出了一抹充滿諷刺的笑容： 「嘻嘻嘻……傑洛，憑你那副身體，究竟能做到什麼程度呢？」 留下這句意味深長的話，拜爾帶著奧米加與複製艾克斯離去。
第一章：地獄的開幕
【新阿卡迪亞的政變】 拜爾的回歸徹底改變了局勢。 復活的複製艾克斯對拜爾言聽計從，將反抗軍的全權處理交給了拜爾，甚至剝奪了四天王的指揮權，將其降級。 拜爾帶來了自己的親衛隊「拜爾八判官（Weil's Numbers）」，開始對反抗軍進行殘酷的掃蕩。 傑洛為了保護同伴，不得不再次投身戰場。
【名為「正義」的屠殺】 拜爾的目標是尋找潛伏的黑暗精靈。 為了將其逼出，他制定了一個喪心病狂的計畫：向人類居住區發射攜帶病毒的導彈。 「只要有人類的恐懼和慘叫，黑暗精靈就會被吸引過來。」 賢將哈爾普伊亞無法容忍這種踐踏人類生命的行為，他違抗命令，試圖阻止導彈。 但他失敗了。 導彈擊中城市，無數無辜的人類喪生。在絕望的廢墟中，黑暗精靈現身了，並被奧米加吸收。 試圖反抗奧米加的哈爾普伊亞被一擊重創，像破布一樣被扔了出去。 傑洛救回了重傷的哈爾普伊亞。這位曾經高傲的守護者，在病床上流下了悔恨的淚水： 「這就是……我們一直守護的『正義』嗎？」
第二章：偽王的末路
【再次對決】 為了阻止拜爾的瘋狂，傑洛再次攻入新阿卡迪亞。 在最深處，他面對了複製艾克斯 MK-II。 複製艾克斯依然沉浸在自己是「完美英雄」的幻想中：「只要聽拜爾老師的話，我就能帶來真正的和平！」 傑洛冷冷地看著他：「你只是一個被操縱的傀儡。」 激戰之後，複製艾克斯再次敗北。 他不甘心地試圖變身，大喊著：「拜爾老師！給我更多的力量！」 然而，拜爾在他體內安裝的不是強化程式，而是自爆裝置。 「廢物利用到此為止了。」 隨著拜爾冷酷的聲音，複製艾克斯在驚恐中爆炸，粉身碎骨。 這一次，他連一句遺言都沒能留下。
【獨裁者的誕生】 拜爾利用複製艾克斯的死，向全世界廣播： 「看啊！野蠻的反抗軍殺害了我們的英雄艾克斯！從今以後，由我拜爾來統治世界，消滅這些恐怖分子！」 拜爾順理成章地成為了新阿卡迪亞的獨裁者。 同時，融合了黑暗精靈的奧米加完成了最終進化。 金色的光芒籠罩大地，全世界的思考型機器人（包括反抗軍成員）都被奧米加的訊號強行控制，變成了拜爾的奴隸。
第三章：真紅的真相
【本體與靈魂】 在這絕望的時刻，**真正的艾克斯（電子精靈）**用盡最後的力量張開了防護罩，暫時遮蔽了奧米加的控制訊號。 「傑洛……去吧……去『新阿卡迪亞的地下（Sub-Arcadia）』……那裡是百年前我們封印奧米加的地方，也是一切開始的地方。」 傑洛衝入地下遺跡，擊敗了奧米加的巨大裝甲形態。 隨著外殼的崩落，煙塵散去。 從奧米加的殘骸中，走出了一個身影。 紅色的裝甲，金色的長髮，手持綠色的光劍。 那看起來……和傑洛一模一樣。 不，不僅僅是像。那個身體散發出的氣息，那種絕對的力量感，是傑洛一直覺得自己「缺失」的部分。
【拜爾的宣判】 拜爾的狂笑聲響徹大廳： 「讓我來告訴你真相吧！你眼前這個奧米加，才是真正的傑洛！」 「百年前，為了能夠承受強大的力量並封印病毒，政府將你的靈魂（程式）移出，放入了一個複製品的身體裡——也就是現在的你！」 「而你原本那具擁有無敵力量的絕對破壞神之軀，被我改造成了奧米加！」 「你只是一個佔據了複製身體的冒牌貨！而奧米加才是擁有最強肉體的真貨！」
這就是《Zero 3》最震撼的真相。 玩家操作了三代的主角，竟然是一個「贗品」。 真正的傑洛身體（奧米加）揮舞著光劍衝了過來。那是傑洛熟悉的招式，但威力是原本的數倍。
終章：我就是我（I am Zero）
【靈魂的咆哮】 傑洛被「真正的自己」打得節節敗退。裝甲碎裂，機能下降。 「去死吧！偽物！」拜爾嘲笑著。 這時，四天王（哈爾普伊亞、法布尼爾、蕾薇亞丹）拖著重傷的身體趕到了。 他們擋住了奧米加的攻擊。 「是不是真貨並不重要！」哈爾普伊亞喊道，「重要的是你的靈魂！你的行動！」 真正的艾克斯也出現在傑洛身邊： 「傑洛，身體只是一個容器。心在哪裡，真正的你就在哪裡！」 傑洛站了起來。 沒錯，這一百年來，用這具「複製身體」戰鬥的記憶，保護雪兒的記憶，與同伴並肩作戰的記憶——這一切都不是假的。 「身體是假的……那又如何？」 傑洛的光劍燃燒起前所未有的光芒。 「我的靈魂……就在這裡！」
【決斷的一擊】 傑洛衝向了奧米加——衝向了自己曾經的身體。 沒有猶豫，沒有留戀。 兩道光劍交錯。 奧米加（原創傑洛）在劇烈的爆炸中崩潰。 傑洛親手斬斷了自己的過去，摧毀了自己最強的肉體。
【尾聲】 隨著奧米加的毀滅，黑暗精靈身上的詛咒解除了。 她變回了溫柔的**「母親精靈（Mother Elf）」**，帶著艾克斯的靈魂，向著天空飛去。 艾克斯的聲音最後一次傳來： 「拜爾還活著……我的力量已經耗盡了，不能再留在這個世界了……傑洛，剩下的就交給你了。」 「再見了……摯友。」 光芒消散。 傑洛獨自站在廢墟中。 雪兒通訊傳來，帶著哭腔：「傑洛……你沒事吧？」 傑洛回應道：「啊，結束了。」 雪兒：「你是……真正的傑洛……對吧？」 傑洛沉默了片刻，望著自己的雙手。 「我是傑洛（I am Zero）。」 「僅此而已。」
他不再需要身體來證明身份。他的劍，他的信念，定義了他作為傳說英雄的存在。
—— Rockman Zero 3 End ——
【深度解析】
身份認同的哲學（忒修斯之船） 本作探討了經典的哲學命題：如果一個人的靈魂換到了另一個身體裡，而原本的身體有了新的意識，哪一個才是「真貨」？拜爾認為肉體代表真實，而傑洛用行動證明瞭「靈魂與記憶」才是定義自我的關鍵。
系列最黑暗的一章 拜爾博士的登場讓遊戲氛圍變得極度壓抑。他對人類的無差別攻擊、對部下的殘忍（複製艾克斯自爆）、以及對傑洛身世的玩弄，讓他成為洛克人系列中最令人作嘔也最印象深刻的反派。
四天王的結局 在官方設定集（和廣播劇）中，四天王在掩護傑洛對抗奧米加的爆炸中全數犧牲（雖然遊戲內表現得比較含蓄）。這悲壯的落幕，標誌著新阿卡迪亞舊時代的終結，為《Zero 4》中傑洛孤身一人的最終決戰鋪平了道路。
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