洛克人 EXE 3：傳承的終焉與數據的奇蹟
序章：日常背後的暗流與 N1 大賽
【WWW 的復活】 Gospel 事件結束後的數個月，秋原町恢復了平靜。光熱斗升上了小學高年級，日子在與夥伴的對戰和學校生活中度過。 然而，怪事接連發生：學校出現神祕入侵者、動物園的野獸因晶片失控而暴走、新型家電導致熱斗的老師與青梅竹馬櫻井梅兒陷入生命危險。 這一切的背後，都指向了那個曾經被毀滅的邪惡組織——WWW（World Three）。威利博士並沒有死，他捲土重來，正在蒐集被稱為「四面代碼（Tetra Codes）」的神祕程式。
【N1 大賽與神祕少年】 為了鍛鍊自己，熱斗參加了決定世界最強網路對戰員的「N1 大賽」。 在比賽與冒險的過程中，他遇到了一位名叫**守（Mamoru）的少年。守患有嚴重的先天性心臟病（這讓熱斗想起了自己死去的哥哥彩斗），長期住院。 為了拯救因醫院電腦被 WWW 劫持而命危的守，熱斗與洛克人拼死戰鬥。 同時，一位神祕的科學家柯薩克博士（Dr. Cossack）**在暗中行動，他似乎背負著沉重的過去。
第一章：被遺忘的惡魔「原型（Proto）」
【網路的起源】 隨著與 WWW 的交鋒升級，威利博士的真正目的終於浮出水面。他要解放被封印的網路起源——「原型（Proto / Alpha）」。 原型是早期的網際網路實驗體。雖然它擁有無限的連結能力，但它產生了自我意識與生存本能，開始吞噬一切連接的設備與數據。為了人類的安全，它被封印在網路的最深處。 威利博士解凍了原型，打算利用這股失控的力量讓現代網路社會崩潰，進而毀滅世界。
【最強的孤獨者：佛魯迪】 在追查過程中，熱斗遇到了真正的佛魯迪（Forte / Bass）（二代登場的是複製品）。 佛魯迪曾是柯薩克博士開發的究極自動領航員。但在過去的一次網路事故中，人類為了保全系統，決定將其「刪除」。 佛魯迪在毀滅的邊緣倖存下來，他吸收了無數數據碎片，自我進化，卻也因此對人類抱持著絕對的憎恨。 「我不需要操作者，我就是最強的。」 佛魯迪擊倒了試圖贖罪的創造者柯薩克博士，並選擇與威利博士合作，只為了獲得更強大的力量向人類復仇。
第二章：跨越次元的相遇
【脈衝傳輸系統】 為了阻止原型完全覺醒，熱斗與夥伴們攻入了 WWW 的祕密基地。 在最深處，威利博士啟動了原型的最終解凍程序。為了精確操控，威利使用了一種名為**「脈衝傳輸系統（Pulse Transmission System）」**的禁忌科技，將自己的精神數據化，直接潛入了網路世界。
【兄弟的見面】 現實世界已經沒有插孔可以讓洛克人進入核心區域了。 看著剩餘的一台脈衝傳輸裝置，熱斗做出了決斷。 「我也要去！我要去洛克人的世界！」 不顧危險，熱斗啟動了裝置。他的意識被數據化，傳送到了網路空間。 在一片充滿脈衝光流的奇異空間中，熱斗睜開眼。站在他面前的，是那個一直生活在螢幕裡的藍色身影。 「洛克人……不，哥哥。」 「熱斗……」 這是雙胞胎兄弟——光熱斗與光彩斗，自出生以來（以及彩斗死後轉化為數據以來），第一次面對面的、真正的「相遇」。 沒有隔著螢幕，沒有數據的隔閡。兄弟倆並肩站立，為了守護彼此的世界而戰。
第三章：叛逆者的末路與原型的覺醒
【被吞噬的自尊】 在網路深處，威利博士、佛魯迪與守護原型的防衛程式對峙。 威利博士蠱惑佛魯迪：「只要破壞那個防衛程式，原型的力量就是你的了。」 渴望力量的佛魯迪發出了全力一擊，粉碎了最後的封印。 然而，這是一個陷阱。 解封的原型瞬間化作巨大的凝膠狀怪物。它沒有賦予佛魯迪力量，而是張開巨口，一口吞噬了這位最強的獨立領航員。 佛魯迪在驚愕中消失，他到最後都只是被威利利用的棋子。
【最終決戰】 原型（Proto）完全覺醒。它是一團巨大的、混沌的、吞噬一切的數據集合體。 熱斗與洛克人聯手挑戰這個網路的始祖。 在激烈的戰鬥中，兩人展現了完美的同步（Full Synchro）。熱斗的戰術指揮與洛克人的射擊融為一體，最終核心被擊碎，原型開始崩潰。
終章：最後的再見
【祖父的遺志】 雖然擊敗了原型，但崩壞的網路空間開始塌陷。熱斗、洛克人以及威利博士都被困在了數據亂流中，即將被吞噬。 就在這時，一道溫暖的光芒出現。 一位老者的數據影像緩緩走來。他是光正（Dr. Hikari Tadashi）——熱斗與彩斗的祖父，也是「原型」的開發者。 多年前，他預見了原型的失控，在將其封印的同時，也留下了自己的一部分人格數據，以防萬一。 光正博士斥責了威利的瘋狂，並指引孫子們逃離崩壞的區域。
【無法回頭的犧牲】 出口就在眼前，但能量亂流太強，兩人的數據量過大，無法同時通過。 洛克人的身體已經殘破不堪。他看著熱斗，露出了一個悲傷但溫柔的微笑。 「熱斗，快走。」 洛克人將自己剩餘的所有能量，全部灌注給了熱斗的數據體，將弟弟推向了出口。 「哥哥！不要！！」 在熱斗撕心裂肺的呼喊聲中，洛克人的身影隨著崩塌的原型數據一同墜入深淵，消失在黑暗中。
【尾聲：奇蹟】 熱斗回到了現實世界。 WWW 基地毀滅，威利博士被捕。世界得救了。 但是，PET 裡是空的。洛克人不在了。 幾個月過去了，熱斗升上了六年級。他依然隨身帶著那個空的 PET，雖然表現得開朗，但內心的空洞無人能填補。
某天晚上，身為科學家的父親光祐一朗回家，神情激動。 「熱斗，我們在整理原型的殘骸數據時，發現了一個奇蹟。」 在原型的核心深處，有一塊被光正博士特別設計的「特殊保存區域」。在最後一刻，洛克人的數據被轉移到了那裡，並在幾個月的解析中被奇蹟般地重組了。
父親將新的 PET 交給熱斗。 熱斗顫抖著接過，按下啟動鍵。 螢幕亮起，那個熟悉的聲音傳來： 「早安，熱斗！」
熱斗再也忍耐不住，淚水奪眶而出。 這一次，他不會再放手了。
—— Battle Network Rockman.EXE 3 End ——
【深度解析】
「原型」與「佛魯迪」的對比 原型是網路的始祖，是被人類製造後因恐懼而封印的「怪物」；佛魯迪是為了保護網路而生，卻被人類背叛而成為「惡魔」。兩者都是人類科技發展下的犧牲品與陰暗面，這讓本作的反派具有濃厚的悲劇色彩。
柯薩克與威利的對立 柯薩克代表了對科技造物的「責任與贖罪」，而威利代表了「利用與毀滅」。這兩種態度在對待人工智慧（領航員）的態度上形成了鮮明對比，也深化了遊戲的主題：科技本身無罪，關鍵在於人心。
系列的分水嶺 EXE 3 被認為是系列劇情的最高潮。它不僅讓主角兄弟完成了實體與數據的跨越性見面，更通過「死亡與重生」的橋段，將兩人的羈絆昇華到了頂點。此後的作品（4-6代）雖然延續了設定，但在情感衝擊力上，3 代的結局始終是粉絲心中的神話。
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