本作的故事發生在《惡靈古堡 2》的前一天和後一天（9 月 28 日至 10 月 1 日），主角是前作倖存者吉兒·華倫泰。遊戲最大的特色是那隻會不斷追蹤玩家、嘴裡唸著「S.T.A.R.S.」的恐怖生化兵器「追跡者（Nemesis）」。
惡靈古堡 3：拉昆市的終焉與追跡者的陰影
序章：病毒爆發與最後的機會
【9月28日】 洋館事件後兩個月。吉兒·華倫泰（Jill Valentine）留在了拉昆市，試圖調查保護傘公司（Umbrella）的罪證。然而，一切都太遲了。 T 病毒已經通過老鼠和水源滲透了整個城市。曾經繁華的街道變成了喪屍橫行的地獄。警力崩潰，城市被封鎖，市民陷入絕望的瘋狂。 吉兒衝出她燃燒的公寓，這是她逃離這座被詛咒城市的最後機會。
【S.T.A.R.S. 的末日】 吉兒前往拉昆市警察局（R.P.D.）尋求出路。 在警局門口，她遇到了前隊友布拉德（Brad）。布拉德驚恐萬分，彷彿被什麼東西追趕著。 就在這時，一個巨大的身影從天而降。 那是一個身穿黑色皮衣、手持火箭筒的生化兵器——追跡者（Nemesis）。 它是保護傘派來專門獵殺 S.T.A.R.S. 倖存者的「復仇女神」。 在吉兒面前，追跡者的觸手無情地刺穿了布拉德的頭顱。 「S.T.A.R.S.……」它發出低沉而恐怖的嘶吼，轉向了吉兒。 吉兒逃進了警局，但她知道，這場獵殺才剛剛開始。
第一章：不可靠的盟友與時鐘塔的鐘聲
【U.B.C.S. 部隊】 為了尋找逃生路線，吉兒在市內探索。她遇到了一群全副武裝的士兵——保護傘生物災害對策部隊（U.B.C.S.）。 雖然他們隸屬於保護傘，但這些傭兵大部分只是不知情的棋子，同樣被困在這裡等死。 吉兒結識了年輕熱血的傭兵卡洛斯（Carlos）。他告訴吉兒，救援直升機將在市中心的聖米歇爾鐘塔降落，只要敲響鐘聲就能獲救。 吉兒決定暫時與他們合作，啟動路面電車前往鐘塔。
【鐘聲與墜落】 在電車上，追跡者再次襲擊。U.B.C.S. 的隊長米海爾（Mikhail）為了保護眾人，引爆手榴彈與追跡者同歸於盡（暫時擊退）。 電車失控撞進了鐘塔庭院。 吉兒與卡洛斯在鐘塔內解開機關，終於敲響了那沈重的鐘聲。 救援直升機出現了。希望就在眼前。 然而，一顆火箭彈粉碎了這一切。追跡者摧毀了直升機，並用帶有高濃度 T 病毒的觸手刺傷了吉兒。 吉兒倒下了，病毒迅速侵蝕她的身體。 卡洛斯將她藏在鐘塔的小禮拜堂，承諾一定會找到解藥。
第二章：醫院的疫苗與內鬼的陰謀
【卡洛斯的奔走】 時間來到 10月1日（此時《惡靈古堡 2》的里昂與克蕾兒已經逃離）。 卡洛斯前往附近的拉昆市醫院。那裡其實是保護傘的一個祕密據點。 他在地下實驗室成功合成了解毒疫苗，並在醫院爆炸前逃離。 回到鐘塔，他為吉兒注射了疫苗。吉兒奇蹟般地甦醒，病毒被壓制住了。
【監視員尼可來】 吉兒繼續尋找逃生之路，來到了拉昆公園。 她發現了另一個 U.B.C.S. 隊員**尼可來（Nicholai）**的真面目。他不僅僅是傭兵，更是保護傘派來的「監視員」。他的任務是收集生化兵器的實戰數據，並殺死其他知情者（包括同僚）以獨佔報酬。 尼可來冷酷地嘲笑吉兒的掙扎，並在隨後的混亂中駕駛直升機逃走（或被追跡者殺死，視分歧而定）。
第三章：廢棄工廠的決戰
【核彈倒數】 吉兒與卡洛斯在廢棄工廠會合。 此時傳來了絕望的消息：美國政府決定對拉昆市執行**「滅菌作戰」**——發射核導彈將城市徹底抹平。 距離導彈抵達只剩下最後一點時間。 他們必須找到工廠內的最後一架直升機。
【追跡者的終結】 在廢棄物處理場，陰魂不散的追跡者再次出現。 此時的它已經失去了人形，吞噬了其他暴君的殘骸，變異成了一個巨大的、噁心的肉塊怪物。 吉兒啟動了工廠內的防禦武器——磁軌砲（Rail Gun）。 在卡洛斯的掩護下，吉兒操作磁軌砲，對準了追跡者。 巨大的能量光束貫穿了怪物，將其炸成碎片。 但頑強的追跡者只剩下上半身，依然試圖爬向吉兒。 吉兒撿起一把左輪手槍（或散彈槍），對著這個糾纏她幾天幾夜的噩夢，說出了最後的台詞： 「你這該死的怪物，給我下地獄去吧！（You want S.T.A.R.S.? I'll give you S.T.A.R.S.!）」 最後一槍，終結了追跡者。
終章：拉昆市的毀滅
【逃離】 吉兒與卡洛斯登上了直升機（駕駛員可能是巴瑞，視結局分歧而定），全速飛離拉昆市。 就在他們飛越城市邊緣時，黎明的天空中劃過一道白光。 核導彈擊中了市中心。 巨大的蘑菇雲升起，衝擊波橫掃了一切。 那座曾經擁有十萬人口的拉昆市，在瞬間化為了地圖上的一個坑洞。所有的證據、所有的罪惡、所有的喪屍，都隨著這座城市灰飛煙滅。
【誓言】 吉兒看著窗外燃燒的廢墟，眼中沒有淚水，只有燃燒的怒火。 這不是結束。 「保護傘……我絕不會放過你們。」 隨著直升機消失在天際，拉昆市的故事落幕了，但對抗生化恐怖的漫長戰爭，才剛剛開始。
—— Biohazard 3: Last Escape End ——
【深度解析】
恐懼的具象化：追跡者 與前兩作那種「未知」的恐懼不同，本作的恐懼來自於「已知且不可阻擋」。追跡者能開門、能使用武器、速度極快，這種無處可逃的壓迫感是本作的核心體驗。
時間線的交錯 吉兒在鐘塔昏迷的那段時間（9/28~10/1），正是里昂與克蕾兒在《惡靈古堡 2》中活躍的時間。這種時間線的交錯讓整個拉昆市事件的敘事變得更加立體和完整。
拉昆市的結局 核爆結局是一個震撼的句點。它宣告了傳統「洋館式」封閉恐懼的結束，同時也意味著生化危機將從「單一地點的事故」升級為「全球性的威脅」。這為後續系列作的世界觀擴張奠定了基礎。
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