生化奇兵：海底的極樂城與奴隸的自由
序章：歡迎來到極樂城（Rapture）
【墜機】 1960 年。傑克（Jack）搭乘的飛機在橫跨大西洋時失事，墜毀在茫茫大海中。 作為唯一的倖存者，他在海面上發現了一座孤獨的燈塔。 走進燈塔，他搭乘潛水球沉入深海。 隨著深度增加，窗外的景象令他屏息——那是極樂城（Rapture）。一座由實業家**安德魯·萊恩（Andrew Ryan）**建造的海底烏托邦。這裡沒有國家的約束、沒有宗教的束縛，科學與藝術得以自由發展。
【崩壞的烏托邦】 然而，當傑克抵達時，這裡已是人間煉獄。 極樂城已經崩潰，街道上充滿了瘋狂的修 splicers（基因變異者），也就是過度使用基因改造物質「亞當（ADAM）」而喪失理智的居民。 傑克通過無線電聯繫上了一位名叫**阿特拉斯（Atlas）**的男子。阿特拉斯請求傑克幫忙拯救他的妻兒，並引導傑克在極樂城中求生。
第一章：亞當與小妹妹
【質體與基因】 為了生存，傑克被迫注射了**「質體（Plasmids）」，這是極樂城的科技結晶，能賦予人类超能力（如釋放閃電、念力）。但這也意味著他也開始改變自己的基因。 阿特拉斯警告傑克：「小心那些小妹妹（Little Sisters）**。」 那是些看起來天真無邪的小女孩，卻拿著巨大的針筒從屍體中抽取亞當。守護在她們身邊的，是身穿重型潛水裝、手持巨鑽的恐怖保鑣——大老爹（Big Daddy）。
【道德的抉擇】 傑克遇到了創造小妹妹的科學家坦納鮑姆（Tenenbaum）。她給了傑克一個選擇：
殺死小妹妹：這能獲得大量的亞當，讓自己變強。
拯救小妹妹：獲得較少的亞當，但能讓她們恢復成普通女孩。 阿特拉斯催促傑克為了生存不擇手段，而坦納鮑姆則請求傑克保留人性。這不僅是變強的途徑，更是對傑克靈魂的試煉。
第二章：萊恩的陰影與阿特拉斯的復仇
【瘋狂的藝術家】 為了前往阿特拉斯家人所在的潛水艇，傑克穿越了醫療區、漁港和充滿藝術氣息的「弗羅里克要塞」。在那裡，他被迫滿足瘋狂藝術家桑德·科恩的變態要求——殺死四個人並將他們的屍體拍照做成「藝術品」。
【潛水艇的毀滅】 當傑克終於抵達潛水艇停泊處時，安德魯·萊恩出手了。 萊恩引爆了潛水艇。阿特拉斯發出了絕望的慘叫，他的妻兒似乎都葬身火海。 憤怒的阿特拉斯發誓復仇，指引傑克前往萊恩的辦公室，終結這一切。
【森林與真相的碎片】 在穿越人造森林「阿卡迪亞」時，傑克得知萊恩為了控制極樂城，不惜釋放落葉劑殺死植物以控制氧氣供應。傑克在科學家朱莉的幫助下（她隨後被萊恩殺害），成功配製出「拉撒路藥劑」拯救了森林。
第三章：人會選擇，奴隸聽命
【父與子】 傑克終於來到了萊恩的辦公室。 然而，萊恩並沒有反抗。他平靜地在打高爾夫球，並揭露了驚人的真相。 「人會選擇，奴隸聽命（A man chooses, a slave obeys）。」 萊恩看著傑克，說出了一連串指令：「Would you kindly（能否請你）坐下？」「Would you kindly 站起來？」 傑克的身體不受控制地執行了每一個命令。 原來，傑克根本不是普通的墜機倖存者。他是萊恩的私生子，被裝入假記憶、植入控制代碼的人造人。 而阿特拉斯每一句看似禮貌的「Would you kindly（能否請你）...」，其實都是在對傑克下達無法抗拒的強制命令。 「現在，能否請你殺了我？」萊恩將球桿遞給傑克。 為了證明自己雖死仍是自由人，而傑克雖生卻是奴隸，萊恩選擇了死亡。 傑克在無法控制的情況下，用球桿將自己的生父活活打死。
【阿特拉斯的真面目】 萊恩死後，阿特拉斯露出了獠牙。 他根本不是什麼愛家好男人，他是極樂城的黑幫老大、萊恩的死對頭——法蘭克·方丹（Frank Fontaine）。 一切都是他的佈局：墜機是傑克被控制造成的，潛水艇裡的妻兒也是假的。他利用傑克除掉了萊恩，現在極樂城是他的了。 方丹啟動了自毀程序，試圖殺死已無利用價值的傑克。
第四章：打破枷鎖
【解藥】 在坦納鮑姆和小妹妹們的幫助下，傑克逃過一劫。 為了擺脫方丹的控制，傑克前往蘇崇博士的實驗室，找到了一種名為「Lot 192」的藥劑，解除了「Would you kindly」的心靈控制，但也導致他的質體能力一度失控。
【化身大老爹】 為了追殺躲在博物館深處的方丹，傑克必須通過只有小妹妹能打開的門。 為此，他必須將自己改造成大老爹。 穿上沉重的潛水服，改變聲音，甚至改變體味。傑克犧牲了人類的外表，只為了最後的決戰。
終章：極樂城的終局
【最終決戰】 傑克找到了方丹。此時的方丹已經給自己注射了大量的亞當，變成了一個巨大的怪物。 在一場激烈的戰鬥中，傑克雖然擊敗了方丹，但也精疲力盡地倒下。 方丹試圖反撲，這時，一群小妹妹出現了。 她們蜂擁而上，用無數的針筒刺向方丹，抽乾了他體內的亞當。方丹在絕望中死去。
【結局】 （根據玩家對小妹妹的選擇，結局分為兩種）
好結局（救贖）： 傑克拒絕了統治極樂城的誘惑。他帶著那些被他拯救的小妹妹們回到了地表世界。 在那裡，她們長大成人，結婚生子，過著平凡而幸福的生活。 多年後，當傑克年老即將離世時，這些曾被他視為女兒的女性們圍繞在他的病榻旁，握著他的手。 雖然他是被製造出来的工具，但在那一刻，他獲得了比任何基因改造都珍貴的東西——家。
壞結局（統治）： （如果玩家殘忍收割了小妹妹） 傑克在殺死方丹後，屈服於對力量的渴望。他控制了極樂城，成為了新的獨裁者。 隨後，一艘核潛艇來到墜機現場搜尋。傑克帶領著修 splicers 大軍浮出水面，奪取了潛艇的核彈。 極樂城的恐怖，將擴散到全世界。
—— BioShock End ——
【深度解析】
「Would you kindly」的後設意義 這句台詞是遊戲史上最震撼的反轉之一。它不僅解釋了劇情，更打破了第四面牆，嘲諷了玩家在遊戲中的「盲從」。玩家以為自己在玩遊戲、做任務，實際上只是像奴隸一樣在執行設計師（方丹）的指令。
極樂城的哲學 安德魯·萊恩代表了極端的客觀主義（Objectivism）。他相信個人的卓越不應受社會道德或利他主義的束縛。然而，極樂城的毀滅證明了，完全缺乏道德約束的社會最終會走向自我毀滅。
父子的悲劇 傑克與萊恩的關係充滿了希臘悲劇色彩。父親創造了兒子（間接），兒子卻被宿敵利用來殺死父親。萊恩最後的死亡，是他用生命維護自己哲學信念（自由意志）的最後抗爭。
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