過去曾發生連續殺人事件，且事件已解決的悲報島。解決了該事件的金田一又一次被召喚到這個地方。
乘船前往那裡的有金田一耕助的孫子——高中生金田一一，以及他的青梅竹馬美雪。還有尋找祖先寶藏的天才少年克里斯（Chris）、刑警劍持，以及記者五木（いつき）。
事實上，在前一次的事件中，被認為已遭活埋死亡的罪犯岩田依然存活。他被警方逮捕後逃脫，目前潛伏在島上的某處。劍持是為了逮捕他而一同前往的。
該島現在由資產家葉月光定所有。光定曾是該島的擁有者，但在上次事件發生時曾轉手。然而這次他又買回了該島，並計劃將此地改建為觀光地。
但由於島上居民的居住權、以及據說仍被埋藏的財寶所有權等問題產生糾紛，因此他委託金田一前來調查。
目前在島上的人有：雙腳裝有義肢、生活在輪椅上的葉月光定。前來迎接、推動悲報島開發的社長木暮條一郎。木暮的部下遠藤信。在與館邸有段距離的地方居住、為尋找財寶而來的神主竹内燈妙。館內有年輕的女僕，也是光定情婦的栗原真奈美。協助館內事務的老婦人相田米（ヨネ）。受委託來進行遺跡調查的女大學生東堂小百合。光定的專屬女醫，同時也是情婦的三村翔子。以及葉月光定的女兒，葉月真由良（マユラ）。葉月真由良身穿巫女服，在島上建造了臨時神宮，每日進行祈禱。她反對將島嶼開發為觀光地。
順帶一提，岩田很快就在洞窟中被發現。他因被崩塌波及的衝擊而精神失常，被劍持監禁在雜物小屋裡。
館內的牆壁上用紅字寫著自稱山童的使者留下的三首歌謠。
在館內眾人一同用餐後，金田一開始在館內四處走動，聽取人們的談話。他得知女僕真奈美和女醫翔子都與光定有肉體關係。翔子更是利用這層關係企圖獲取資產。據說當館內響起**《女武神的騎行》（ワルキューレの騎行）時，就是光定與女性（真奈美或翔子其中之一）發生關係的時候。記者五木則在調查葉月的陰暗面，這點從他房間裡偷聽到的錄音帶中可得知。此外，三村翔子也被發現是個在來此之前就曾蠱惑多名男子騙取錢財**的女人。
金田一結束了館內的調查，向相田米詢問關於山童的事。
剛問完，館內屋頂時鐘塔上的大鐘響了。相田米說鐘應該是被鎖住不讓它響的。
震驚的眾人走出房間，一個球狀物體從鐘塔上穿破玻璃，墜落下來。
那是已死的木暮條一郎的頭顱。玻璃的碎裂聲和美雪的尖叫聲引來了館內的所有人。金田一和劍持衝上鐘塔，因為犯人可能還在上面。然而鐘塔的門是關著的。
他們破門而入，裡面只有木暮條一郎頸部以下的身體。相田米害怕地說這與山童的第一首歌謠內容相符。
金田一開始調查房間內部。時鐘塔的鑰匙在木暮條一郎的口袋裡。他在房間內發現了一塊字跡磨損的時鐘塔門牌。
門的鎖是門閂式的，機制是在壓住門閂的狀態下鎖上鑰匙，必須放開壓住的力量才能真正鎖住。金田一推理犯人是將門牌作為卡榫來鎖上門，然後在鎖上鑰匙後將門牌抽走。門牌上的磨損就是那時留下的。
在幾乎所有住戶都沒有不在場證明的情況下，眾人互相猜疑爭吵，被劍持制止。而翔子之前從條一郎那裡得到的島嶼權利相關誓約書，在眾人面前撕毀，表示已經沒有意義。雖然金田一此刻仍不知道犯人是誰，但他發誓一定會將其揭發。「賭上我爺爺的名聲！」
在爭吵時，真奈美不小心說漏嘴，透露館內還有其他住戶。在劍持的要求下，光定等人極不情願地帶路。
圖書館裡有一個輸入數字的機關，輸入數字後，圖書館裡出現了隱藏的門。
隱藏門後面幽禁著光定的女兒，真由良的雙胞胎妹妹——葉月真雪（マユキ）。真雪雖然是成年人，但因某種精神創傷而行為退化成幼兒。光定也不知道原因。
第二天，金田一探索島嶼。在小小的臨時神宮裡，真由良正在為死去的木暮條一郎點燃一根蠟燭祈禱。
回到館內後是午餐。由於有人死亡，大家臉色蒼白，都避免一同用餐。
金田一回到自己的房間，發現真由良留下了約定時間的信件，說有事想找他商量。
他走出房間時，《女武神的騎行》又響了起來。看來這是光定與有肉體關係的女性在一起時會響起的音樂。
在約定的時間，金田一前往入江（小灣）附近與真由良交談。
真由良說她收到了金田一的信，說有事想和她談。金田一很困惑，因為發出約會邀請的其實是自己。
真由良說間歇泉噴發的時間快到了，金田一也聞到了臭雞蛋的氣味。
金田一回過頭，葉月光定的屍體被間歇泉噴了出來。真由良看到這一幕，震驚得昏厥過去。
劍持等人趕來。金田一從現場狀況判斷，葉月光定是從懸崖上方被推落到這個地方的。金田一明白，這是一起完全按照山童第二首歌謠進行的殺人案。
金田一調查了光定的房間。《女武神的騎行》是用定時器設定的。他在房間深處叫醒了半裸倒地的栗原真奈美。
金田一召集了所有人進行討論。相田米害怕是詛咒，而三村翔子則堅稱一定是有人殺的。
詢問穿好衣服的栗原真奈美，她回答說被叫去後與光定喝了點葡萄酒就感到睏倦。安眠藥的可能性很高。
三村翔子說葉月光定在發生性行為時才會放音樂，所以真奈美在音樂響起的九點應該是醒著的。
但金田一調查發現，《女武神的騎行》可以定時播放。他推理出是有人將熟睡的光定推落懸崖，而所有人的不在場證明都不完美。
金田一詢問了所有人的不在場證明，推斷在正好九點左右有一段時間大廳是空無一人的，犯人就是在那段時間內搬運並殺害了光定。
記者五木回答說，雖然時間不確定，但他當時在房間外聽到了類似音樂盒的聲音。
克里斯透露東堂小百合戴的項鍊就是音樂盒。
小百合坦白她曾向光定提出遺跡調查的要求，期間發生了爭執。當時她不小心掉落了項鍊。她回答說，她趁著沒人時溜進房間撿回項鍊然後離開，時間大約是九點前，當時確實沒人在場。
這意味著葉月光定在九點前就已經被殺，如果這是真的，那麼部分人的不在場證明就成立了。金田一表示，目前還沒有決定性的證據來鎖定犯人。
五木詢問，開發社長木暮條一郎和島嶼擁有者葉月光定都死了，這座島該怎麼辦。
翔子和信便透露，他們從光定那裡收到了以防萬一的遺囑。遺囑內容是：葉月光定死後，所有遺產由長男繼承，這是葉月光定真正的遺囑。
然而，相田米說長男正樹（マサキ）在十二年前就失蹤了。但三村翔子說她找到了正樹。一個臉上纏著繃帶的男人被叫了進來。
三村翔子說，正樹因為臉部受傷，不願見人，所以她一直將他藏在房間裡。三村翔子還說，三天前葉月光定也承認他是長男。米和真由良憤怒地說這是謊言。正樹正準備簽署遺囑。
葉月真由良憤怒地說這是詐騙遺產，甚至拔出了刀。翔子和信則表示他們是證人。
劍持制伏了真由良，並宣布暫時解散。翔子命令真奈美讓正樹住進房間。
眾人暫時解散，劍持煩惱情況變得複雜。五木似乎知道些什麼，一邊說著一邊離開。
金田一調查館邸。他見到葉月真由良，她對冒充她哥哥的人勃然大怒。
他來到葉月真雪的房間，聽到相田米喃喃說著：繼承這個家的人不是正樹，而是真雪。
他來到五木的房間，五木不在。他與在門口的小百合進行了第二次闖入，聽了房間裡的錄音帶。內容是：葉月家實際上是三胞胎，原本有個長男正樹。十二年前，光定打算與一個帶女兒的女性再婚。那對母女當時造訪了這個島。正是在那個時期，正樹失蹤了。光定擔心醜聞，隱藏了正樹的存在，並將真由良和真雪說成雙胞胎。再婚的事告吹，母女離開了島嶼。葉月真雪從那天起精神就病了。
東堂小百合突然說想和正樹談談。金田一和小百合一同去見正樹。
三村翔子和正樹都在房間裡，東堂小百合問他為什麼十二年前會失蹤。
自稱正樹的少年說，當時他和父親相處不睦，為了逃跑，他拜託了當時來島的那對母女，偷偷登船離開了島嶼。但那個母親對葉月光定懷恨在心，為了報復而虐待了正樹。臉上的繃帶也是因為那時燒傷留下的傷痕。
然而，聽到這話的小百合發怒了。因為當時一同前來的那對母女中的女兒，就是小百合本人。小百合說她當時和正樹一起玩，但有一天正樹突然消失了。小百合斷言眼前的男人是冒充正樹的假貨。
這次輪到翔子反駁，問這話有何證據。她對小百合說，遺跡調查是謊言，你的目的只是想偷取遺產吧。
金田一帶著受到打擊的小百合離開了房間。然後兩人分開，金田一也回到了自己的房間。
第二天早上。金田一和劍持、美雪、克里斯決定去找正樹談談。
他們聽到翔子和正樹正在爭吵。冒充正樹的男人不滿意遺產分配的份額。爭吵中，正樹說有繼承遺產的誓約書，但他大喊包裡的誓約書被偷了。
在門外聽到這一切的金田一等人開始在館內尋找誓約書。金田一在館後發現了誓約書，以及冒充正樹的佐藤治的駕照。
為了奪取葉月光定的遺產，三村翔子、木暮條一郎，以及冒充正樹的佐藤治簽訂了誓約書，三人是同謀是確定的。金田一和劍持一同前往正樹的房間準備逮捕他。但房間裡沒人。信回答說正樹逃跑了，翔子正在追他。
金田一回到房間。東堂小百合邀請他一同乘船。（好感度高時發生）在船上，東堂小百合訴說著十二年前的回憶。這時，他們看到栗原真奈美在遠處奔跑。看到這一幕，東堂小百合彷彿突然想起了什麼，回去了。
金田一回到房間，利用現有情報、刻在兩個鳥居上的文字，以及從竹内燈妙家偷來的備忘錄，調查秘寶的所在地。金田一從內容中解讀出寶藏會在月食時出現。他在圖書室查到月食是在明天晚上。
金田一去尋找真由良，但房間裡沒人。他發現了一張十二年前或更早的照片。照片上有兩個男孩和一個女孩。
他在館外遇到了葉月真由良。真由良說她並不喜歡父親，並表示自己作為巫女，願意將一生奉獻給這個島。
葉月真由良為死者祈禱。祭壇上立著三根蠟燭。
金田一根據第三個鳥居上的文字，推理出島上山童雕像的位置，並認為按順序查看可能會發現什麼。他進一步發現島上的雕像正在比劃手語，並在圖書室的書上查閱。按順序連接手語文字，讀出**「くちそらにちかし」（口空近）**。
他走出門外，看到東堂小百合和栗原真奈美在懸崖邊爭吵。然後小百合將真奈美推下懸崖。
金田一他們趕回館內。三村翔子診斷後，栗原真奈美只是失去意識，並無大礙。劍持和金田一詢問小百合。東堂小百合說栗原真奈美讓她對某件事保持沉默。小百合不知道是什麼事。她說栗原真奈美興奮地衝過來襲擊她，在甩開時真奈美不小心掉下了懸崖。
正在談話時，葉月真由良來到了房間。她說發現了一具從未見過的人的屍體。
一個倒在小艇上的男人，胸口插著刀，已經死亡。金田一和克里斯進行調查。確認死者是冒充正樹的男人，佐藤治。他們為了以防萬一，檢查了附近上鎖的小艇小屋，沒有任何發現。
眾人回到館內。死者是假正樹佐藤治。發生了什麼事？克里斯首先開始推理。
殺害木暮條一郎和葉月光定的是佐藤治。他一直躲藏著，所以沒有不在場證明。他冒充正樹，為獲取遺產而進行了殺人事件。在識破身份後，他試圖乘船逃跑，但在途中放棄，用刀自殺。
接著金田一開始推理。前半部分與克里斯相同，佐藤治與三村翔子和木暮條一郎合謀，企圖奪取遺產。但佐藤治不是自殺，而是被某人殺害。證據是左手有傷口，這是在被刺時抓住刀子所致。而且握刀的手是右手，而佐藤治在簽遺囑時使用的是左手。金田一推理是他殺。他詢問了所有人的不在場證明。
他還提到，這裡的海流很奇怪，屍體會在六點左右漂到小灣附近。金田一回答說，目前仍無法斷定犯人。
第二天，牆壁的紅字又新增了第四首山童的歌謠。相田米大喊不吉利。
金田一探索島嶼，在小艇小屋裡發現了隱形眼鏡。他來到劍持的房間，在佐藤治的行李中發現了隱形眼鏡盒。
他來到五木的房間。床上有把鑰匙，他用它打開了抽屜的鎖。裡面有一台錄音帶播放器，錄音內容是關於他對先前事件的調查。錄音提到：《女武神的騎行》響起之後，隔了一段時間才響起音樂盒的聲音。
五木回來了。他稱讚金田一不愧是偵探，並原諒了他闖入房間的行為。
他來到葉月真雪的房間，看到相田米正在安慰情緒激動的真雪。美雪說，也許哥哥正樹回來她就會恢復。
眾人集合吃晚餐。栗原真奈美也恢復了意識，作為女僕準備餐點。有幾個人說要在房間裡用餐。金田一和劍持說，今晚是月食，或許財寶會顯現。
過了一會兒，露天浴池傳來栗原真奈美的尖叫聲。金田一等人趕到。栗原真奈美顫抖著指著溫泉，三村翔子渾身是血，浮在水面上。旁邊有注射器和染血的手術刀。附近還倒著昏迷的葉月真由良。
三人都保住了性命，但三村翔子的左臂被手術刀割傷。昏迷的葉月真由良被送回房間睡覺。
聚集在大廳的眾人開始討論不在場證明。除了在露天浴池的三人以外，其他人的不在場證明都成立，因此事件發生在三個人中的其中一人身上。
三村翔子作證說，她在洗澡時被葉月真由良從後面用手術刀割傷。栗原真奈美則作證說，她去洗澡時，兩人就已經倒下了。
這時，相田米大發雷霆，說她在打掃時在三村翔子的房間裡發現了三張結婚申請書。翔子是為了財產，企圖與葉月光定、佐藤治在文件上進行結婚。但結婚申請書有三張。第三張是為誰準備的？
金田一推理，她是為與葉月真雪結婚而準備的。事實上，真雪不是女性，而是男扮女裝的男性。因為正樹不在，真雪應該繼承遺產，但由於精神有問題無法繼承，所以光定將他關起來並讓他男扮女裝。
金田一將嫌疑人鎖定在三村翔子、葉月真由良、栗原真奈美三人。這三位女性如果以財產為目的，都有犯案動機，因為她們都了解島的內幕。
接著金田一開始思考事件。從五木的錄音機得知，音樂盒的聲音是在《女武神的騎行》之後響起。從在小艇小屋發現隱形眼鏡，推測犯案現場是小艇小屋。海流與此無關。
山童的第四首歌謠被加上去，是為了增加見立て殺人的數量。因為第四起事件不在犯人的原定計劃內。
而金田一想起了最大的證據——蠟燭。
「謎團全部解開了！」
第一起事件，木暮條一郎的謀殺。製造密室是為了驗證他召喚來的金田一的推理能力。
而歌謠有三首，是為了從一開始就製造三起殺人案。殺害木暮條一郎和葉月光定，然後將罪名推給假正樹——佐藤治，並偽裝成自殺。
真兇本想讓金田一進行這個推理，但金田一卻說佐藤治不是自殺。
因此，原定計劃外的第四起事件發生了。本來應該在三起事件結束，所以第四首歌謠是事後加上的。然而，這次事件犯人卻犯下了將嫌疑範圍縮小到三個人的錯誤。
根據至今的事件，金田一斷定葉月真由良就是犯人。
即使栗原真奈美和三村翔子是犯人，遺產也會歸葉月真雪所有，因此不會只發生三起殺人案。如果她們不殺死葉月真雪，就無法得到財產。因此，這兩個人沒有動機。
但葉月真由良在葉月光定被殺時有不在場證明。然而，可以從犯案時間的差異來判斷。
東堂小百合做了偽證。從五木的錄音帶中得知，音樂盒的聲音是在《女武神的騎行》響起一段時間後才響起的。東堂小百合證言葉月光定在九點前不在場是謊言。她實際去詢問的時間是九點過後。
東堂小百合袒護著真由良。葉月真由良才是山童。劍持命令相田米去叫真由良。
東堂小百合一言不發。金田一告訴她，在發現佐藤治死亡之前，真由良就點了第三根送死者的蠟燭。
相田米過來報告葉月真由良和葉月真雪都不在房間。
在騷動中，大家也發現東堂小百合不見了。眾人斷定她們去了財寶的所在地。他們根據**「くちそらにちかし」這句話，前往島上最高**的預定建設地。
金田一等人來到那個地方。那裡有東堂小百合，以及葉月真由良和真雪。
附近開了一個大洞，洞底閃爍著光芒。金田一問葉月真由良，她是不是為了財寶而來。
但葉月真由良說財寶根本無所謂，並回答說這裡有比財寶更重要的東西。
仔細一看，洞穴裡大量的金塊之上，躺著十二年前失蹤的——正樹的屍體。
正樹、真由良、真雪三兄妹感情很好，總是在島上一起玩。
然而，葉月光定從島外帶來了一對母女。那個女兒就是東堂小百合。葉月正樹和東堂小百合變得親近，這讓葉月真由良很不高興。
正樹告訴小百合一個連父親都不知道的、只有三人才偶然發現的秘密：月食時財寶會在這裡出現。
東堂小百合那天晚上沒有來。真由良看到正樹去看財寶時，責怪他告訴了小百合這個秘密。在隨後的爭吵中，真由良差點掉進洞裡，但正樹保護了她，自己卻掉到金塊上死亡。
屍體就這樣在月食結束時，與財寶一同被機關封印了起來。
葉月真由良從那天起臥病數日，葉月真雪則因精神衝擊而幼兒退行。葉月光定在島上搜遍了也找不到正樹。
葉月光定為了忘卻這件事而賣掉了這個島，但後來又買回，並決定將這裡開發為觀光地。
葉月真由良為了讓哥哥正樹的遺體安息，在這裡建造了神社，並打算以巫女的身份終老一生。她殺害了企圖觀光地化的木暮條一郎和葉月光定，並將罪名推給了事先知道會冒充哥哥的佐藤治，然後殺死了他。
葉月真由良原本打算和真雪一起跳洞自殺。如果玩家無法確定這個地點，就會發生這種情況。
但東堂小百合阻止了她。金田一說，東堂小百合是她們同父異母的姐姐。東堂小百合和光定爭吵的並非是遺跡調查。而且小百合目睹了真由良殺害光定。作為有血緣關係的姐姐，她選擇了袒護。
葉月真雪結結巴巴地笑著叫了一聲「姐姐」（お姉ちゃん），東堂小百合哭著抱住了真雪。
但葉月真由良說，自己已經殺了三個人，已被鮮血玷污。真由良想一個人跳進洞裡，但真雪抓住了她的衣服，搖了搖頭。葉月真由良抱住了真雪，哭了出來。
隨著月食結束，金塊和上面的正樹屍體，不知被何種機關隱藏，沉入洞底。
金田一等人乘船離開了島嶼。劍持說岩田逃跑了。之後警方將會搜索島嶼。
五木將他寫的關於葉月家的文件扔進了海裡。金田一說，從此悲報島上應該不會再有悲傷的消息傳來了。
（好感度高時）東堂小百合寄來了信件，說明了島上的情況。三村翔子和遠藤信已經離開了島嶼。竹內燈妙還在等待下一次月食，希望能得到財寶。但他每天仍在神社為死者祈禱。東堂小百合休學，在島上等待葉月真雪和真由良歸來。
此外，（如果救了葉月真由良），還會收到來自監獄的信。信中說她正在贖罪，現在認為父親也用他自己的方式思念著正樹。信的最後是感謝之詞。
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