本作是系列的第四部作品，將戰場從 PS1 移至 PS2，敘事規模擴大至全球，並首次引入了玩家自創角色（代號：Cobra）。故事揭露了比前三作黑幕更深層的國際陰謀，以及系列反派「魔女」瑪拉·阿拉莫夫的最終結局。
《虹吸戰士：奧米加病毒》完整劇情故事
【序幕：新體制的成立與新型威脅】
在粉碎了國務卿哈登的陰謀後，蓋布瑞·洛根（Gabe Logan）受命擔任重組後的秘密機構 IPCA 的總監。為了應對全球化的生化威脅，他招募了各領域專家：
伊瑪尼（Imani）： 頭腦聰慧的技術與情報分析官。
史東曼（Stoneman）： 經驗豐富的前海豹部隊狙擊手。
艾爾莎·韋森格（Elsa）： 曾參與開發病毒的天才研究員，在被利安拯救後轉投 IPCA。
玩家（Cobra）： 剛通過培訓的新人幹員，代表 IPCA 奔走全球戰場。
此時，惡夢般的虹吸戰士病毒被改良為更致命的**「奧米加株（Omega Strain）」，由車臣武裝份子伊萬科夫**在黑市大量販售。然而，真正的幕後金主是世界第三大富豪——米海·尼克雷斯庫，他才是當年操縱哈登的終極黑幕。
【第一階段：全球アウトブレイク（疫情爆發）】
IPCA 團隊在多地展開行動：
密西根州： 阻止了法國無政府主義組織 ALA 奪取病毒，並救出了感染病毒、生命垂危的穆嘉里博士。
白俄羅斯與義大利： 調查感染病毒的肉牛來源，對抗車臣組織 CDP。行動中 IPCA 飛行員阿里瑪被擄走。
中亞： 利安潛入吉爾吉斯，阻止了當地軍閥將奧米加株轉賣給北韓特工，並處決了所有關係人。
【第二階段：摩薩德的介入與血清的真相】
蓋布瑞尋求以色列情報局（Mossad）的佐哈爾協助。佐哈爾雖然與 IPCA 合作暗殺了葉門獨裁者，卻以病毒容器威脅蓋布瑞，要求 IPCA 幫他竊取非法武器交易證據。史東曼隨後趕到，以強硬手段換回病毒，確保團隊撤離。
同時，眾人發現化名為尼古拉的考夫曼教授（法康公司前主任，艾爾莎的導師）其實詐死。他在尼克雷斯庫的資金支持下，從沈船中回收病毒並合成了治癒奧米加株必備的血清。IPCA 攻破其研究室奪取血清，艾爾莎隨後在「不經意間」導致被捕的教授猝死，其動機令蓋布瑞感到不安。
【第三階段：東京之死與緬甸空難】
瑪拉·阿拉莫夫再度現身，她先一步到達東京，強迫協助研發病毒的村川產業 CEO 自殺。隨後，載著北韓特工與 IPCA 幹員伊瑪尼的民航機在緬甸森林墜毀。 調查顯示，儘管官方聲稱為天候意外，但實際是瑪拉收買緬甸軍方擊落飛機。伊瑪尼壯烈犧牲，IPCA 團隊在雨林中回收了她的遺體。
【真相大白：大富豪的權力遊戲】
蓋布瑞意識到尼克雷斯庫才是核心。這位遊走於聯合國與歐盟、名聲如聖人般的富豪，企圖利用病毒與血清玩一場「自導自演（自燃自滅）」的暴利遊戲。 尼克雷斯庫為了謀取最大利益，背棄了同盟瑪拉，允許車臣份子對莫斯科發動攻擊。憤怒的瑪拉（身為俄羅斯人）選擇背叛尼克雷斯庫，她與蓋布瑞達成協議：以提供伊萬科夫與核彈的座標，換取罪名赦免。
IPCA 團隊突襲車臣基地，史東曼救回了受虐的阿里瑪，蓋布瑞則親手在叢林中擊斃了伊萬科夫，成功解除了核武危機。
【終局：黑幕的殞落與魔女的末日】
尼克雷斯庫的結局： IPCA 並未直接暗殺這位權傾一時的富豪，而是透過計算機病毒清空了他銀行的非法帳戶。尼克雷斯庫最終死於那群憤怒的犯罪債主手中。
內鬼的清算： 蓋布瑞向總統提交證據，逮捕了被尼克雷斯庫收買的白宮法律顧問バーチム。此人正是當初協助瑪拉逃離關塔那摩監獄的幫兇。
艾爾莎的背離： 艾爾莎承認她殺了導師並與尼克雷斯庫有過私情，她暗示自己有更高遠的「改變世界」的命運，隨後從 IPCA 失蹤。
【結局：最後的處決（Last Mission）】
危機結束後，蓋布瑞寫了一封信給瑪拉。他在信中感謝瑪拉的協助，但隨即附上了她擊落客機、害死 291 人的證據複印件。蓋布瑞寫道：「這代價太高昂了，我想妳能理解。」
蓋布瑞簽署了「DPE（離散人員消除）」命令，派遣史東曼前往法國執行最後的暗殺任務。 在法國南部的一處陽台上，正在與艾爾莎相擁依偎的瑪拉·阿拉莫夫，被遠處史東曼的狙擊槍一槍奪命。
史東曼（無線電）： 「我想，瑪拉雖然是惡魔的化身，但最後那一刻，她看起來也像普通人一樣有心靈啊。」 泰瑞莎（無線電）： 「那是冰冷的心。警察快到了，快撤離。」 史東曼： 「晚安，寶貝（Good night, sweetheart）。」
故事背景與核心深度解析
主角的退居幕後： 蓋布瑞在本作中不再是前線唯一戰神，而是轉型為冷酷的決策者。他最後決定處決瑪拉，象徵著他從單純的「戰士」轉變為能為國家利益做出艱難決定的「局長」。
瑪拉與艾爾莎的關係： 結尾揭露瑪拉與艾爾莎竟是同性愛侶，這讓這兩位系列最聰明的反派多了一層人性色彩，也讓艾爾莎殺死教授的行為有了「為愛人復仇」與「個人野心」的雙重解釋。
奧米加株（The Omega Strain）： 代表了病毒研究的最終形態，它的消除標誌著虹吸戰士系列最初病毒主線的終結。
悲劇的代價： 雖然 IPCA 贏得了戰爭，但損失了伊瑪尼，且艾爾莎這個不穩定因素依然游離在外。
這是一部充滿悲劇色彩與硬派政治博弈的作品，最終以系列最具魅力反派瑪拉的死亡，為這段長達四部的病毒史詩畫下了血色的句點。
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