本作的世界觀設定極其特殊，發生在一個名為「球內世界」的結構中。世界的核心是「中央代碼（Central Code）」，每隔數萬年會進行一次名為「輪迴（Reborn）」的重組，屆時所有生命都會毀滅。為了逃避毀滅，人類建造了「方舟」在核心附近沉睡，卻因事故紛紛墜落，導致倖存者變異為擁有超凡力量卻無法生育的「進化種（Warhead, WH）」。
《神界年代：指揮官》：交織的四重奏
【第一篇：基因（Gene）——覺醒的救世主】
主角基因與姐姐阿莉絲乘坐的方舟墜落，基因在混亂中被神祕男子哈維爾改造為 WH 以延續生命，但姐姐卻被帶走。基因在神祕智能終端「帕克」與同伴基爾羅伊、米姆的協助下，為了尋找姐姐而踏遍荒野。
在旅途中，基因得知了殘酷的真相：他的父親艾爾文博士（方舟計畫負責人）為了阻止世界毀滅，將自己進化成了巨大的生體設施「阿爾費卡島」，企圖透過「重新編碼（Recode）」來干涉中央代碼。
基因最後在阿爾費卡大戰中救回姐姐，並承擔了發射編碼的重任。編碼成功後，父親與戰友基爾羅伊犧牲，世界暫時避開了毀滅。基因為了剷除剩餘的威脅並尋找徹底解決輪迴的方法，獨自踏上漫長的孤高旅程，被後世稱為「救世主」。
【第二篇：傑拉德（Gerald）——黑之群的榮譽與反轉】
傑拉德是武裝組織「黑之群」的小隊長，表面上效忠於領袖蘇利文，但他內心深處其實懷著對方舟失敗的絕望。 驚人的反轉： 故事揭曉，在數十年前，一名瀕死的 WH 戰士遇見了蘇利文博士。兩人在交換記憶代碼時，蘇利文博士竟產生錯覺，認為自己是該名戰士「傑拉德」，而原本的傑拉德則順勢奪取了博士的身分，成為了現在的領袖蘇利文。
真正的傑拉德（現在的蘇利文）建立組織是為了實踐「共享記憶」的理想，而蘇利文博士（現在的傑拉德）則在戰鬥中找回了自我。最後，傑拉德（博士）擊敗了蘇利文（偽物），兩人在理解中達成和解，共同見證了世界被重新編碼的瞬間。傑拉德最後帶著同伴離開組織，尋找自由。
【第三篇：費歐娜（Fiona）——白之群的傀儡與覺醒】
費歐娜是一名女戰士，她曾狂信「白之群」的領袖吉妮薇亞，認為對方是拯救世界的女神。但在親眼目睹吉妮薇亞毫不猶豫地犧牲戰友當盾牌，並在私自吸收戰友記憶後，她發現自己的「救命恩情記憶」竟然是吉妮薇亞批量複製給部下的「偽造代碼」。
費歐娜崩潰後決定背叛組織，加入中立組織「守望者（Keepers）」。她在最後的決戰中親手擊殺了企圖成神的吉妮薇亞，粉碎了白之群的野心。戰後，她與曾經的隊長阿格阿爾一同啟程，致力於守護那些被戰爭波及的平民。
【第四篇：海茲（Haze）——守望者的最後傳承】
海茲是守望者的老兵，他的任務是回收強大的變異個體「阿修」的代碼。阿修是哈維爾的弟弟，他因為憎恨兄長，在 6 萬年前竄改了方舟設定，導致沉睡者無法甦醒，自己則變異為毀滅性的怪物「狄卡利翁（Duocalion）」。
海茲在保護阿莉絲（生身人類）的過程中，逐漸明白守望者的真諦：WH 雖然強大但已失去未來（無法生育），他們存在的唯一價值，就是保護像阿莉絲這樣具備生育能力的「原始人類」，並將 WH 的記憶與意志傳承下去。 最終，海茲與阿修同歸於盡。他將所有收集到的、關於那些消失戰士們的珍貴記憶（代碼），全部託付給了阿莉絲。
故事背景與世界觀細節充實
WH 的悲哀： 進化種雖然擁有長達數百年的壽命與代碼操作能力，但其基因結構與「寇德（Coded，喪失理智的怪物）」無異。他們是人類進化史上的一個「錯誤分支」，無法繁衍後代，只能透過吸收他人的代碼來延續意志。
阿修（Ash）與 6 萬年的孤獨： 最終反派阿修之所以極端偏激，是因為他在毀滅後的世界孤獨徘徊了 6 萬年。他見證了無數次無效的輪迴，最終決定毀滅所有 WH，讓世界回歸塵土。
結局的餘韻：
基因： 雖然成了英雄，但在續作（手機版故事）中，他因力量失控而被「Lost R」吸收，結局令人唏噓。
阿莉絲： 身為極少數存活的純人類，她帶著海茲託付的記憶生活下去。她身上流淌的代碼，象徵著那些無法在未來生存的 WH 們最後的一線光芒。
傑拉德與費歐娜： 他們代表了在崩壞體制中找回個體價值的戰士，最終都選擇了遠離權力中心，回歸荒野。
這場發生在球內世界的追逐劇，最終以「重新編碼」延續了世界的壽命，並透過「記憶的傳承」解決了生命無法延續的遺憾，是一部充滿科幻浪漫與悲劇色彩的宏大敘事。
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