本作以極其獨特的「後設敘事（Meta-fiction）」手法著稱，模糊了遊戲角色、開發者與現實玩家之間的界線。故事描述一名少年在不知情的情況下，被「玩家」與神祕「教授」操縱，展開一場收集能源與反抗命運的旅程。
《數碼聯繫》完整劇情故事
【序幕：穿越螢幕的聯繫】
故事始於一場「聯繫」。一位自稱**「教授」的神祕男子，透過宇宙船的信號，成功與正在玩著 DS 的「玩家」取得了聯繫。教授請求玩家幫忙引導一名叫切里（Cherry）**的少年。
此時，在某個星球上，平凡少年切里正因為翹課在公園睡午覺。突然天空落下綠色寶石狀物質（元素），緊接著教授的宇宙船墜落。為了躲避追兵，切里被迫登上宇宙船，卻因受到恐怖組織「Mutestant」襲擊，宇宙船墜毀在一個無人島上。
【第一階段：元素的收集與神祕組織】
墜落後，宇宙船的動力源——**「元素（Elements）」**散落在世界各地。教授拜託「玩家」在不讓切里知道的情況下，操縱切里去收集這些元素。教授給了切里一台名為「MENU」的高科技通信機（即玩家的操作介面）。
在冒險過程中，切里遇到了一個名為**「Mutestant」的組織。他們由偶像少女薄荷（Mint）領導，成員包括現場指揮官拉斯塔**、工程師布魯和通訊員瑪莉亞。該組織聲稱元素是殺戮與破壞的象徵，目的是將元素從世界上「抹除」（其實是為了開發洗腦系統「Mu-Control」）。
【第二階段：環遊世界的冒險與黑幕】
切里在玩家的引導下，造訪了多個風格迥異的島嶼：
遺跡之島： 打敗了偽裝成考古學家的拉斯塔。
自然之島： 救出了被軍方當作實驗品的少女多莉，並阻止了薄荷將元素轉換為等離子能量。
沙漠之島： 在大金字塔中陷入混鎖空間，最終成功回收元素。
在此期間，切里始終以為自己是憑藉自由意志在戰鬥，卻不知道螢幕另一端的「玩家」正透過觸控筆決定他的每一項行動與生死。
【第三階段：崩潰的聯繫——後設的真相】
當元素快集齊時，切里來到「哈巴拉島」（影射秋葉原）。在這裡，通信機損壞，切里暫時脫離了玩家與教授的掌控。此時，切里第一次表現出自主意識，他衝上舞台質疑薄荷一行人，卻被對方輕易制服。
回到宇宙船後，切里的態度變得異常冷淡。他感覺到自己只是被教授當作工具，也被某種看不見的力量（玩家）監視著。最終，眾人在美麗的湖上古城展開決戰。切里在教授的寵物犬「喵喵」的捨身相助下，擊敗了騎著火龍的薄荷。
隨著最後一個元素被收回，教授啟動了宇宙船離開，卻將切里獨自拋棄在無人島的沙灘上。
【終局：玩家與角色的對決】
在無人島上，切里終於與「玩家」正面對話。他憤怒地咆哮： 「我受夠了！我一點都不強，強的只是你的技術吧！」 切里向玩家發起挑戰。玩家被迫透過觸控螢幕「毆打」切里。當切里被打倒後，他意氣消沉地扔掉通信機，感嘆自己的一生只是被人操縱的遊戲。
此時，宿敵薄荷現身。她並未趁人之危，反而溫柔地將疲憊的切里送回了真正的家。切里在自家門前與薄荷道別，薄荷留下了一句神祕的話：「下次見面時，希望你能借力量給我。」
【結局：教授的遺言】
如果你在通關後不關機，監視器會顯示教授孤獨的實驗室。教授會留下最後一段話給「玩家」： 「抱歉，我並非有意欺騙切里或是你。但我這類『被創造出的存在』無法違抗開發者。當你關掉電源時，我也在思考與生活。你以為切里只是個遊戲主角，但他也是活生生的靈魂。你曾對他表示過感謝嗎？ 我帶著你最初輸入的『夢想』與『喜歡的話』，要去尋找我自己內心的祕密了。再見。」
故事背景與設定解析
Mutestant 的真相： 這個組織最初是和平團體，認為元素會引發戰爭（R32 宇宙大戰）。創始人拉斯塔擁有龐大財力，他與薄荷企圖利用Mu-Control系統進行「精神統治」來強行實現世界和平。
後設敘事（Meta-fiction）： 遊戲將玩家（DS持有者）直接納入劇情。教授對玩家說話，而切里最後的反抗則象徵了「虛構角色對操縱者」的覺醒與無力感。
元素（Elements）： 這些能源石具有致命輻射，諷刺了核能或高科技能源。教授能徒手拿取元素，暗示他本身可能也是某種非人類的高等生命體。
悲傷的冒險： 儘管畫風可愛，但結局卻充滿了孤獨感。切里回到了現實，但他的
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