《Quiz DNA 的叛亂》完整劇情故事
【序章：迫降異星】 西元 2092 年，基因操作工程因發展過快而在全球被禁止。一群失去研究場所的科學家們， secretly 移居到了距離地球 18 光年的「伊巴星（Planet Eva）」，在那裡重啟了禁忌的實驗。 主角乘坐的星際運輸船在返航途中意外被伊巴星的重力捕獲。主角雖搭乘探測艙緊急逃生，但艙內的電腦因衝擊受損，變成了必須答對問題才能啟動攻擊程式的「猜謎機器」。主角在對這個星球一無所知的情況下，被迫降落在未知的土地上。
【第一章：原生雨林】 主角在叢林中遭遇了奇異生物的襲擊（戰鬥方式為限時問答）。在擊退怪物後，主角發現了一處被封鎖的設施，救出了一名被監禁的研究員。 研究員透露，他們已在此進行了七年的基因研究。然而，以村岡博士為首的部分激進派發起了內亂，監禁了反對派，並製造出兇殘的生物兵器。研究員交給主角「能量膠囊（Energy Capsule）」，請求主角前往沙漠的通訊站向地球求救，並表示自己願意回地球接受制裁。
【第二章：灼熱黃沙】 主角抵達沙漠，遭遇了村岡博士的瘋狂助手及其克隆生物的阻撓。雖然擊敗了助手，但通訊站已被破壞。主角修復了通訊機，卻因電力中斷無法發送訊號。 在前往發電站的途中，主角遇到了村岡博士的女兒幸惠。幸惠表示父親性情大變，揚言要對將他們父女驅逐至此的地球復仇，並隨後失蹤。幸惠懇求主角阻止父親的瘋狂計畫。
【第三章：悲傷的預感（濕地帶）】 主角得知村岡博士在北方的凍土帶發現了某種強大的古代遺跡，並試圖利用高壓電進行實驗，這也是導致停電的原因。為了阻止博士，主角必須破壞發電站，這意味著將切斷與地球的聯繫。 在發電站，主角再次擊敗了助手的強化克隆體，隨後面對了已經將自己改造成「絕對生物」的村岡博士。就在雙方僵持不下，主角即將給予致命一擊時，幸惠衝出來為父親擋下了攻擊。 身受致命傷的幸惠在臨終前微笑著感謝父親的陪伴，並請求父親變回原本溫柔的樣子。幸惠死後，村岡博士悲痛欲絕，終於恢復了理智。他悔恨交加，將女兒的遺體託付給主角，並告知在北方凍土帶有一艘古代文明遺留的宇宙船，已被他修復可飛往地球。博士請求主角將幸惠帶回地球安葬，隨後傷重身亡。
【終章：決戰與歸鄉（埋藏的文明）】 遵循博士的遺願，主角前往凍土帶尋找宇宙船。那裡已無人類氣息，只有異形生物橫行。在宇宙船前，已經將自己改造成怪物的助手再次現身，試圖阻止主角離開，誓言要讓地球付出代價。 經過一番激烈的智力與火力的對決，主角終於消滅了助手。助手死前留下了不祥的預言：「就算打倒了我，地球也必定……逃吧……留下這星球上無數的克隆體……」 最終，主角駕駛著伊巴星古代文明的宇宙船，載著幸惠的遺體，踏上了返回太陽系第三行星——地球的歸途。至於其他研究員的命運，則留下了未解的懸念。
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