異魔：線粒體的叛亂與覺醒的夏娃
序章：聖誕夜的慘劇
【Day 1：共鳴】 1997 年 12 月 24 日，紐約。 新進刑警艾雅·布雷亞（Aya Brea）與男伴來到卡內基音樂廳欣賞歌劇。舞台上，新銳歌劇女伶梅莉莎·皮爾斯（Melissa Pearce）正準備獨唱。 就在梅莉莎的歌聲響起的瞬間，異變發生了。 舞台上的演員、觀眾席上的人們，突然一個接一個地自體燃燒（Human Combustion）。慘叫聲此起彼落，劇院瞬間化為煉獄。 然而，唯獨艾雅安然無恙。不僅沒有燒傷，她甚至感覺到體內有一股力量在與梅莉莎共鳴。 梅莉莎已經不再是人類。她自稱「線粒體夏娃（Eve）」，向艾雅發動攻擊後逃入了地下水道。 「線粒體的解放之日已經到來。」 艾雅追擊而去，雖然未能捕獲伊芙，卻意識到自己與這場災難有著某種深層的聯繫。
第一章：線粒體的陰謀
【Day 2：融合】 隔天，艾雅與搭檔丹尼爾（Daniel）展開調查。他們找到了專門研究線粒體的克蘭普博士（Dr. Klamp）。博士雖然知情，卻語帶保留。 隨後，中央公園發生了異變。原定取消的音樂會卻吸引了無數像被催眠般的觀眾。伊芙再次現身，將這些觀眾融化成膠狀物，吸收進自己的體內。 「從今夜起，我們線粒體將支配細胞核！」 艾雅試圖阻止，卻因力量不足而敗退。
【Day 3：淘汰】 一位來自日本的科學家前田邦彥加入了調查。他在日本曾經歷過類似的線粒體事件（即小說版劇情），為了阻止災難重演而來到紐約。 通過分析，前田發現艾雅體內的線粒體與伊芙不同。伊芙的線粒體反叛並試圖控制宿主，而艾雅的線粒體則進化為保護宿主，賦予了她超常的能力。 此時，紐約市警局遭到伊芙襲擊，丹尼爾的兒子班（Ben）雖然倖存，但丹尼爾的前妻卻慘遭毒手，化為了膠狀怪物。
第二章：過去的真相
【Day 4：受胎】 伊芙襲擊了一家醫院，奪走了精子庫中的存貨。她的目的是孕育**「完全體」——一個擁有強大肉體與線粒體力量的終極生物。 艾雅在醫院中看到了幻影，那是她死去的雙胞胎姊姊瑪雅（Maya）**。 隨著記憶復甦，真相大白： 多年前，艾雅與瑪雅遭遇車禍，瑪雅不幸身亡。 當時，瑪雅的腎臟被移植給了同樣患病的梅莉莎，而瑪雅的角膜被移植給了艾雅。 瑪雅體內的變異線粒體，就是最初的「夏娃」。 這些線粒體隨著器官移植，分別潛伏在梅莉莎與艾雅體內。梅莉莎因為長期服用免疫抑制劑，導致線粒體失控並奪取了身體，成為了現在的伊芙；而艾雅體內的線粒體則與她共生進化。
【Day 5：解放】 在博物館，艾雅發現了克蘭普博士的瘋狂計畫。 博士一直在培養瑪雅的肝細胞（也就是原始夏娃），並協助伊芙製造完全體。 伊芙已經懷孕了。在博物館的戰鬥中，克蘭普博士自焚身亡，而伊芙被無數膠狀怪物保護著，轉移到了海上的自由女神像（或周邊區域）。 軍方介入，決定動用大規模殺傷武器，但這反而可能促進線粒體的進化。艾雅決定親自出馬。
第三章：完全體的誕生與毀滅
【Day 6：進化】 艾雅在自由女神像附近與伊芙展開決戰。 經過激烈的死鬥，伊芙（梅莉莎的肉體）終於崩潰，化為一灘液體。 然而，從那灘液體中，誕生了一個嬰兒——「完全體」。 這個嬰兒以驚人的速度成長、進化，變成了一個擁有天使般翅膀的巨大怪物。常規武器對它無效。 前田將特製的彈藥（注入了艾雅的細胞）交給艾雅。因為艾雅的細胞具有逆向進化的特性，能與完全體產生排斥。 艾雅利用這最後的武器擊敗了完全體，但它仍試圖再生。 為了徹底消滅它，艾雅引爆了海上的巡洋艦，將完全體捲入巨大的爆炸中。
【尾聲】 事件結束後，艾雅、丹尼爾與前田在卡內基音樂廳觀看歌劇。 當舞台上的女主角開始演唱時，艾雅的眼神突然變得銳利，瞳孔發出詭異的光芒。 隨後，丹尼爾、前田，甚至全場觀眾的眼睛都開始發光。 「全人類的線粒體都覺醒了嗎？」 這個結局暗示著，線粒體的威脅或許永遠潛伏在人類體內。
真結局：克萊斯勒大廈的夢魘
(二週目限定劇情) 在二週目遊戲中，艾雅可以挑戰高達 77 層的「克萊斯勒大廈」。 在頂樓，她見到了真正的幕後黑手——原始夏娃（Original Eve）。 那是克蘭普博士利用瑪雅的肝細胞培養出來的純種線粒體生物，它擁有瑪雅的外貌與部分意識。 「梅莉莎只是實驗品，我才是真正的女王。」 艾雅被迫與擁有姊姊面容的怪物戰鬥。擊敗原始夏娃後，瑪雅的意識短暫甦醒，試圖壓制體內的線粒體。 然而，就在這時，艾雅體內的線粒體產生了共鳴。 「最強的線粒體將支配一切。」 原始夏娃雖然消失了，但它的力量試圖轉移到戰勝者——也就是艾雅身上。艾雅面臨被反噬的危機。 就在千鈞一髮之際，艾雅體內屬於瑪雅的細胞（角膜）發揮了作用，瑪雅的靈魂保護了妹妹，徹底消滅了伊芙的意識。
【真正的結局】 隨著伊芙意識的消滅，艾雅體內的超能力也隨之消失（或被封印）。 她變回了一個普通的女性。 「回家吧，瑪雅。」 艾雅在心中對姊姊說道。這一次，噩夢終於真正結束了。
—— Parasite Eve End ——
【深度解析】
線粒體夏娃假說 遊戲的靈感來自於科學假說「線粒體夏娃」，即所有現代人類的線粒體DNA都可追溯至一位共同的女性祖先。遊戲將此概念科幻恐怖化，設想如果線粒體擁有自我意識並試圖取代細胞核（人類），會發生什麼事。
姊妹的對比 艾雅與伊芙（梅莉莎/瑪雅）是一體兩面的存在。同樣接受了瑪雅的器官，梅莉莎因為藥物壓制而導致線粒體叛變，艾雅則因為自然共存而獲得了保護。這象徵了人類與自然（或體內微觀世界）之間「對抗」與「共生」的兩種可能性。
電影式敘事 本作在 PS1 時代以其精美的 CG 動畫、流暢的過場與現實紐約的場景還原（如卡內基音樂廳、中央公園、克萊斯勒大廈），營造出了極強的沈浸感，宛如一部互動式的科幻災難電影。
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