異魔 II：新人類的黃昏與夏娃的複製
序章：洛杉磯的異變與沙漠任務
【M.I.S.T. 的獵人】 曼哈頓封鎖事件（前作）已經過去了三年。 **艾雅·布雷亞（Aya Brea）**辭去了刑警職務，加入了 FBI 下屬的祕密組織 M.I.S.T.（Mitochondrion Investigation and Suppression Team）。她的任務是獵殺那些殘留的變異生物「NMC（Neo Mitochondrion Creature）」。 雖然她是人類，但體內特殊的線粒體讓她依然保持著年輕的外貌與超常的能力（PE），這也讓她始終帶著一份疏離感。
【阿克波利斯大樓事件】 9 月 4 日，洛杉磯的阿克波利斯大樓發生 NMC 襲擊事件。 艾雅與搭檔魯伯特前往調查，卻發現大樓內已經變成屠宰場，到處是 SWAT 的屍體。 在那裡，艾雅遇到了一種能夠擬態成人類的新型 NMC（Golems）。更令人不安的是，她在現場目擊了一個戴著面具、身手矯健的神祕男子（No.9）。 大樓最終被神祕男子引爆，艾雅與魯伯特勉強逃生。
【前往乾原（Dryfield）】 隔天，M.I.S.T. 接到報告，位於內華達沙漠的荒涼小鎮乾原（Dryfield）出現了 NMC。 儘管艾雅對被調離洛杉磯感到不滿，但在技術專家皮爾斯發現大樓事件與乾原的聯繫（NMC 身上的微晶片沾有沙漠特有的紅沙）後，她決定前往調查。
第一章：鬼鎮與私家偵探
【倖存者們】 乾原已經變成了鬼鎮，居民大多被馬型 NMC（Chaser）殺害。 艾雅在這裡遇到了兩位倖存者：
道格拉斯（Douglas）：一位頑固的廢車解體業者，帶著愛犬弗林特死守家園。
凱爾·麥迪根（Kyle Madigan）：一位自稱來自洛杉磯的私家偵探，正在調查附近的一座神祕地下掩體（Shelter）。
艾雅與凱爾雖然互相猜疑，但為了生存與調查，決定暫時合作。他們擊退了襲擊小鎮的巨大 NMC，並在廢礦坑中找到了通往地下掩體的入口。
第二章：地下掩體的真相
【新人類計畫（Neo-Ark）】 進入掩體後，艾雅發現這不僅僅是一個軍事設施，而是一個巨大的生化實驗室。 這裡進行著駭人聽聞的**「第二次幼態成熟計畫（Neo-Ark Project）」**。 科學家們試圖創造出能夠適應各種惡劣環境的「新人類（ANMC）」，以應對未來的資源枯竭。而創造這些怪物的關鍵，正是艾雅的基因。 這座設施，就是一個利用艾雅的 DNA 進行量產的工廠。
【神祕的少女】 在被稱為「香巴拉（Shambhala）」的人造生態區，艾雅發現了一個戴著頭盔的小女孩。 當頭盔被摘下時，艾雅驚呆了。女孩長得跟她小時候一模一樣。 女孩名叫伊芙（Eve）。她是利用前作事件中艾雅留下的細胞複製出來的克隆人（Clone）。 對於 ANMC 來說，伊芙是控制它們精神的「女王」。 就在艾雅試圖救出伊芙時，那個神祕的面具男 No.9 出現了。他搶走了伊芙，並透露了更可怕的真相：No.9 也是人造生物（Golem），他們的目的是引發叛亂，讓新人類統治世界。
第三章：覺醒的巨蛹與背叛
【總統的決斷】 艾雅逃出掩體，向總部求援。然而，M.I.S.T. 的高層似乎也捲入了這場陰謀，甚至向掩體洩漏了情報。 同時，美國政府為了掩蓋醜聞，決定動用衛星軌道雷射武器徹底摧毀乾原。 時間緊迫，艾雅在愛犬弗林特（或皮爾斯）的幫助下重返掩體，誓要救回伊芙。
【凱爾的真面目】 在掩體深處，艾雅目睹了一個巨大的、脈動著的**「巨蛹（Reactor）」**。那是孕育最終完全體 ANMC 的子宮，而伊芙正被獻祭給它。 No.9 站在巨蛹前，狂妄地宣稱新時代即將來臨。 這時，凱爾卻站在了 No.9 身邊。 「我是被派來監視妳的。」凱爾冷冷地說，並舉槍射擊了艾雅。 艾雅倒地。No.9 狂笑。 然而，這只是演技。 凱爾趁 No.9 不備，轉身將其擊倒。「抱歉，我是雙面間諜，我不打算變成怪物。」 但危機並未解除。巨蛹吸收了伊芙，開始覺醒。同時，天空中亮起了毀滅的光芒——衛星雷射即將發射。
終章：生命的延續
【完全體的誕生】 衛星雷射擊中了巨蛹，但這反而加速了它的孵化。 一個擁有天使般外表、卻充滿毀滅力量的**「完全體」**誕生了。 艾雅與這個由自己基因製造出的「孩子」展開了最後的死鬥。 憑藉著特殊的線粒體能力，艾雅擊敗了完全體。 然而，完全體的精神試圖吞噬艾雅，將她拖入了意識的深淵。在那裡，艾雅聽到了伊芙的呼喚。為了保護這個無辜的「妹妹（或女兒）」，艾雅燃燒了自己的生命之火，徹底消滅了完全體的意識。
【結局分歧：微笑的重逢】 (以下為真結局 True Ending 劇情) 戰鬥結束了。 官方宣稱這是一場意外，掩蓋了所有關於新人類計畫的真相。 M.I.S.T. 的腐敗高層被肅清。 皮爾斯與前田（前作角色）繼續研究線粒體，希望能造福人類。
在紐約的自然歷史博物館。 艾雅已經不再是獵人了。她牽著伊芙的手，像一對普通的姊妹（或母女）一樣參觀著展覽。 伊芙已經能夠控制自己的力量，并在普通學校快樂地生活。 「艾雅，快看！」伊芙指著窗外。 在那裡，一個熟悉的男人身影正靠在機車旁，對她們揮手。 那是凱爾。他遵守了約定，回來找她們了。 艾雅轉過身，臉上露出了久違的、發自內心的燦爛笑容。
—— Parasite Eve II End ——
【深度解析】
「人類」的定義 本作探討了進化的代價。ANMC 雖然擁有強大的適應力，卻失去了人性與理智，變成了醜陋的怪物。反而是身為克隆人的伊芙，在艾雅的關愛下展現出了最純真的人性。這諷刺了人類為了生存而拋棄人性的愚蠢。
艾雅的成長 如果說一代的艾雅是被捲入命運的受害者，二代的她則成為了命運的對抗者。她接受了自己的異質性，並選擇用這份力量去保護他人（伊芙）。結局中她放下武器回歸平凡，象徵著她終於與自己的身份和解。
生物恐怖的現實感 遊戲中對於基因改造、生化實驗以及政府陰謀的描寫，結合了當時流行的《X檔案》風格，營造出了一種「這可能發生在現實中」的恐怖感。乾原的荒涼與地下實驗室的高科技對比，更是強化了這種非日常的驚悚體驗。
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