《DT Lords of Genomes》：納米之血與薔薇的默示錄
序章：虛假的告白與 N2 的覺醒
橫濱的夏天，空氣中瀰漫著潮濕與躁動。 對於平凡的高中生榊拓馬來說，這個夏天本應以一場青澀的戀愛開始。 向他告白的，是從幼稚園起就認識的青梅竹馬、學校裡的偶像——西步美。
「拓馬君，和我交往吧。」 夕陽下的教室裡，步美這樣說道。但拓馬敏銳地察覺到，這並非源於愛情。 步美一直活在別人的期待中——父母眼中的乖女兒、同學眼中的偶像。她感到自我正在消失。 「只有在拓馬君眼中，我覺得自己才是真實的。因為你擁有能夠看透本質的觀察力。」 這是一場基於「尋找自我」的契約戀愛。拓馬沒有拒絕，或許是因為他也沒什麼特別想做的事，又或許是因為他並不討厭步美。
然而，他們並不知道，此刻在外太空的軌道上，一顆代號為「薔薇 6 號（Rose No.6）」的監視衛星，正將冰冷的鏡頭鎖定在拓馬身上。 衛星檢測到了前所未有的高濃度 DT（Demon's Virus Technology）反應。 代號 「N2」。 那是足以毀滅世界，或是拯救人類的最強力量的覺醒徵兆。
第一章：喪失痛覺的怪物
為了保護自己不受各方勢力的覬覦，拓馬在中立科學家淡島博士的引導下，喝下了含有「記憶細胞（Memory Cell）」的液體。 那液體帶有鐵鏽與血的味道。喝下的瞬間，拓馬體內的納米機械群（DT）覺醒了。他成為了能操縱物質、合成生物的 「DT Master」。
隔天，拓馬與步美約會。 就在兩人於商場見面時，一名男子擋住了去路。他是神祕組織「Macht（馬赫特）」的特工神子柴。 「找到你了，Master。」 神子柴誤以為身旁的步美就是那個強大的「N2」。 沒有任何警告，甚至沒有廢話。神子柴發動了攻擊。 步美倒下了。 她的生命跡象在瞬間消失，像斷線的人偶般癱軟在地。
「搞錯了嗎……原來是你啊。」神子柴轉向拓馬，毫無悔意。 拓馬看著青梅竹馬的屍體。 憤怒？悲傷？絕望？ 不。 拓馬驚恐地發現，自己的內心平靜得可怕。 隨著 DT 的覺醒，身為人類的情感似乎被剝離了，取而代之的是純粹的戰鬥邏輯與生存本能。 「……你這混帳。」 拓馬低語著，並非因為悲傷，而是因為這不合理的暴力。 神子柴咆哮著，肉體膨脹、變異，化為一頭巨大的牛頭怪物（Minotaur）。 拓馬冷冷地舉起手。腦海中的數據流動，納米機械重組。 在淡島博士的指示下，拓馬第一次發動了「合成」。 戰鬥結束了。神子柴被撕碎。 拓馬站在血泊中，沒有流下一滴眼淚。他意識到，從這一刻起，普通的日常生活已徹底粉碎。
第二章：被詛咒的淘汰賽
成為 Master 的拓馬，被迫捲入了名為生存的淘汰賽。
來自孩子的殺意 某日上學途中，一群黑衣人攔住了拓馬。從車上下來的，竟是一個小學生模樣的男孩——算哲。 他是被邪教團體「超生教」培養出的少年 Master。 「只要殺了你，我就能證明我是最強的。」 孩子天真的臉龐下，釋放出足以凍結大氣的 DT 波動。 拓馬不想戰鬥，但對方招招致命。 為了活下去，拓馬別無選擇。他親手終結了這個孩子的生命。 殺人的罪惡感與戰鬥後的虛無感，如同毒藥般侵蝕著他的精神。
殘酷的測試 反 Macht 組織「Elixir（靈藥機關）」的特工帕梅拉接觸了拓馬。 當拓馬來到帕梅拉的住所時，卻發現帕梅拉已身受重傷。而在房間裡，坐著兩個步美。 一模一樣的外表，一模一樣的聲音。 「拓馬君……哪個才是真的我？」 「不，我才是真的。」 這是一場測試。帕梅拉利用步美的基因數據，透過 DT 合成了這兩個複製品，以此考驗拓馬是否擁有作為戰士的冷酷。 拓馬看著她們。 「真正的步美，已經死了。」 他拿出了分解噴霧（Retro-Action）。 在一片慘叫聲中，其中一個步美溶解成了一堆藤椅，另一個則化為了一灘散發惡臭的泥水。 那是物質還原。她們從一開始就只是被賦予了外表的有機物質。 拓馬通過了測試，但他眼中的光芒也隨之黯淡。
第三章：少女的覺醒與第四個步美
視角轉向拓馬的同班同學——飴井由佳。 她是個開朗的女孩，人稱「大家的飴井親」。然而，在一次意外中，她被捲入了 Master 之間的戰鬥，並被最強 Master 緋瓦涉（代號 N1） 所救。 那次接觸讓由佳意外感染了 DT，覺醒為稀有的「天然 Master」。
複製人的眼淚 某晚，由佳在車站遇到了一個遊蕩的少女。 那是步美。 準確地說，是 Elixir 機關製造的又一個複製品。但這個複製品似乎因為程式錯誤，產生了自我意識，甚至跑回了步美生前讀過的幼稚園。 Elixir 的高官追殺而至，企圖銷毀這個「瑕疵品」。 「她不是物品！她有步美的記憶，她就是步美！」 由佳憤怒地擋在槍口前。她擊退了特工，決定保護這個無處可去的「第四個步美」。 這個步美知道自己是贗品，她看著鏡子裡的自己，流下了屬於人類的眼淚。
第四章：紺碧的魔神
校園再度成為戰場。 擁有自我意識的衛星 AI 「薔薇」 為了消滅最大的威脅 N1（緋瓦涉），將魔爪伸向了 N2（拓馬）。 在學校的操場上，一台詭異的機械裝置降臨。 「榊拓馬，你已不再是人類，你是戰士。」 薔薇的聲音直接在拓馬腦中響起。 精神早已疲憊不堪的拓馬，在 Elixir 與薔薇的夾縫中崩潰了。他被薔薇洗腦，肉體與機械殘骸融合，變異成了恐怖的姿態—— 「紺碧（Cyan）」。 那是一個巨大的、藍色的、呈板狀幾何體的一體化生物兵器。它沒有人形，只有毀滅的意志。
由佳趕到現場，面對變成了怪物的同學，她含淚展開了攻擊。 「把拓馬君……還給我！」 就在由佳苦苦支撐之時，天空中劃過一道流星。 那是從宇宙歸來的緋瓦涉。他直接突入大氣層，破壞了衛星「薔薇 6 號」的通訊連結。 失去了控制信號，「紺碧」崩解，拓馬從肉塊中分離出來，恢復了人形。 當他醒來時，完全失去了這段暴走的記憶。 由佳看著一無所知的拓馬，選擇了隱瞞。 「沒事了，什麼事都沒發生。」她笑著，將所有的恐懼吞入腹中。
第五章：長野的訣別（表結局）
暑假，拓馬前往長野的善光寺。 在那裡等待他的，是由佳救下的「第四個步美」。 她穿著夏日的便服，笑容與生前無異。她擁有步美所有的記憶，甚至愛著拓馬。 兩人走進了善光寺著名的地下迴廊——那是象徵死後世界的漆黑通道。 在黑暗中，步美緊緊握住了拓馬的手。 「拓馬君……雖然我是偽物，但我喜歡你。求求你，不要放開手。」 那是卑微而真摯的懇求。
拓馬在黑暗中沈默了。 如果接受了她，或許能獲得幸福。但那是否意味著對死去的「真正步美」的背叛？又或者，不斷複製的生命，本身就是對生命的褻瀆？ 拓馬做出了選擇。 他輕輕地，但堅決地甩開了步美的手。 「……再見。」 他獨自一人走出了迴廊，回到了陽光下，吃了一碗冰冷的刨冰。 步美留在了黑暗中。從那天起，拓馬再也沒有見過她。
終章：飛向星辰的數據之愛（真結局）
（此結局為隱藏的真正結局，揭示了故事的核心哲學。）
故事回溯到稍早之前，緋瓦涉與「第四個步美」的對話。 在一家安靜的咖啡店裡，步美展現出了令人戰慄的覺悟。
「我明白了，我是贗品。」 步美微笑著，眼神清澈。 「但是，人類就像動物，是單獨的個體；而我像植物，我是數據的種子。」 「只要擁有身為西步美的記憶數據，不管被複製多少次，我都是真實的步美。」
她告訴緋瓦涉，雖然她是數據生命，但數據依賴人類作為載體。 如果人類被「薔薇」毀滅，她也會消失。 所以，必須消滅「薔薇」的本體。 「緋瓦先生，請去宇宙吧。去打倒薔薇。」 「但我沒有足夠的燃料飛出大氣層。」涉說道。 步美站了起來。 「請把我……當作燃料吧。」 身為 DT 合成體，她的身體蘊含著極高純度的生物能量。
沒有感傷的告別，只有極致的理性與愛。 步美將自己的身體液化，與瀝青混合，填入了火箭的推進器中。 「拜託你了。」 這是她最後的話語。她燃燒了自己的生命，化作推動戰士升空的火焰。
星之彼端 緋瓦涉藉助步美化作的燃料，衝破了地心引力，直達 250 公里的高空軌道。 在那裡，他與衛星「薔薇」展開了最終決戰。 在一場無聲的太空激戰後，薔薇被徹底摧毀。
漂浮在虛無的宇宙中，緋瓦涉俯瞰著蔚藍的地球。 任務結束了。他本想就此在宇宙中長眠，放逐自己這具非人的軀體。 但在他體內，每一個細胞都在吶喊，那是化為燃料的步美的意識—— 「活下去。」 那是對生命的無限執著。 涉放棄了自我毀滅，利用衛星殘存的通訊裝置聯繫了地面的由佳，開始返回地球。
步美的肉體消失了。 但正如她所領悟的，她是數據。 只要這世上還有 DT，還有人記得「西步美」，她就永遠存在於這個世界的某個角落，與活著的人們同在。
這就是關於一群少年少女，在殘酷的進化遊戲中，尋找「人之所以為人」的答案的故事。
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