本作分為兩個版本：Xbox 360 版《尼爾：型態》（NieR Gestalt）主角是父親，PS3 版《尼爾：人工生命》（NieR Replicant）主角是哥哥。兩者劇情核心相同，僅主角與悠娜的關係（父女/兄妹）及部分台詞有所差異。
尼爾：靈魂的容器與虛偽的樂園
序章：新宿的夏雪與黑之書
西元 2053 年，東京新宿。 原本繁華的都市已成廢墟，天空飄著詭異的黑色與白色的雪。 一名男子（尼爾）手持鐵管，守護著身患絕症的幼女悠娜（Yonah）。 無數黑色的怪物（魔物）襲來。為了保護女兒，走投無路的尼爾與一本散發著邪氣的書——**「黑之書」**簽訂了契約，獲得了強大的魔力擊退了怪物。 然而，悠娜身上的黑色紋路（黑文病）卻依然在擴散。 「爸爸……」 在絕望的廢墟中，這對父女的命運被凍結在時光裡。
第一章：千年後的村莊與白之書
1300 多年後的未來。 世界回歸到了類似中世紀的田園風光。 尼爾與悠娜生活在一個安詳的村莊裡。悠娜依然患有「黑文病」，身體虛弱。 某日，悠娜為了尋找傳說中能治病的「月之淚」花朵而失蹤。 尼爾前往被禁止進入的「石之神殿」，在那裡，他遇到了一本會說話、性格傲嬌的書——「白之書（Grimoire Weiss）」。 白之書雖然失去了記憶，但擁有強大的魔法。 村莊的管理者、雙胞胎姊妹**迪瓦拉（Devola）與波波拉（Popola）**告訴尼爾：古老的傳說中，只要白之書收集齊所有的「被封印的話語」，就能擊敗散播災厄的黑之書，治好黑文病。
為了悠娜，尼爾踏上了旅程。 他結識了兩位同伴：
凱寧（Kainé）：一位被魔物附身、穿著暴露且滿口髒話的雙性人戰士。她為了向魔物復仇而活。
艾米爾（Emil）：住在洋館中的少年，擁有看見什麼就會將其石化的詛咒之眼。
隨著封印話語的收集，災難卻降臨了。 巨大的魔物襲擊了村莊。一隻強大的**「魔王」出現，帶著黑之書**，強行擄走了悠娜。 尼爾拼死反抗，卻無能為力。白之書與黑之書似乎是一對，但此刻卻站在了對立面。
第二章：五年後的真相與格式塔計畫
【時光流逝】 五年過去了。尼爾從一介村民變成了身經百戰的戰士，為了尋找魔王的線索而獵殺魔物。 艾米爾為了獲得力量，犧牲了自己的身體，變成了一個只有骷髏頭與披風的詭異模樣。 終於，他們找到了魔王城堡的鑰匙。
【殘酷的真相】 在魔王城中，一直引導尼爾的雙胞胎——迪瓦拉與波波拉阻擋在他們面前。 她們揭露了這個世界的真相：
魔物（Shades）：其實是人類為了躲避 1300 年前的絕症（白鹽化症候群），將靈魂抽離肉體後形成的**「格式塔（Gestalt / 靈魂體）」**。
人類（Replicant）：尼爾、悠娜以及所有村民，其實都是為了讓靈魂日後回歸而製造的**「複製人（Replicant / 容器）」**。
格式塔計畫：雙胞胎是負責管理這項計畫的機器人。
魔王的身分：魔王正是 1300 年前在新宿的那位「尼爾」的靈魂（格式塔）。他是唯一能保持自我意識並提供魔素穩定所有靈魂的「原種（Original Gestalt）」。
尼爾（複製人）產生了自我意識，這是不在計畫內的。 為了奪回悠娜（複製人），尼爾殺死了守護人類遺產的雙胞胎。艾米爾為了保護大家，選擇了自爆犧牲。
第三章：靈魂與容器的悲歌
尼爾終於站在了魔王面前。 在那裡，悠娜（複製人）正沈睡著，魔王（靈魂尼爾）守護在旁。 魔王的目的只有一個：將悠娜的靈魂（新宿悠娜）放入這個健康的複製人身體裡，讓她復活。
激戰中，悠娜醒了。 但說話的不是複製人悠娜，而是附身其中的格式塔悠娜。 她走到魔王面前，溫柔地說： 「爸爸，夠了。聽到了嗎？這個身體裡的女孩在哭泣。我不能奪走她的身體。」 格式塔悠娜主動離開了身體，走向陽光。魔物在陽光下會消散。 「不——！！」魔王發出了絕望的嘶吼。 他等待了千年，忍受了無盡的孤獨，只為了這一刻，卻迎來了女兒的自我犧牲。
失去理智的魔王瘋狂攻擊尼爾。 尼爾為了奪回自己的悠娜，揮劍斬殺了魔王——也就是斬殺了人類靈魂的最後希望。
魔王倒下。白之書也在戰鬥中耗盡魔力消散。 悠娜（複製人）醒來了。「爸爸……？」 尼爾抱著失而復得的女兒，淚流滿面。 這是一個只有複製人存活、人類靈魂註定滅亡的「Happy End」。
多重結局的解析
【A 結局：虛假的團圓】 尼爾與悠娜回到了村莊，過著平靜的日子。但這只是暴風雨前的寧靜，因為隨著魔王（原種）的死亡，所有的魔物（人類靈魂）都將不可避免地崩壞，複製人也將因「黑文病（靈魂崩壞的對映）」而滅亡。人類註定滅絕。
【B 結局：魔王的眼淚】 從魔物的視角重述故事。 玩家會發現，那些被尼爾殺死的「魔物」，其實都是有感情、有家庭、試圖守護彼此的人類靈魂。 魔王在虛無的空間中，看著女兒的靈魂消散。最後，他與女兒的靈魂重逢，雖然沒有了身體，但他們終於永遠在一起了。 「謝謝你，一直陪著我……」
【C 結局：凱寧的解脫】 魔王死後，凱寧體內的魔物失控。她請求尼爾殺死自己。 尼爾如果不願動手，凱寧將徹底魔化。 若尼爾親手殺死凱寧，兩人在最後一吻中告別。凱寧解脫了痛苦，留下了尼爾獨自一人。
【D 結局：存在的抹消】 為了拯救即將魔化的凱寧，尼爾選擇了終極的代價： 「用我的存在，換回她的生命。」 這不僅是死亡，而是從歷史與記憶中徹底消失。 系統會強制刪除玩家所有的存檔資料。 世界重置。凱寧活了下來，悠娜也沒事。 但沒有人記得「尼爾」這個人。 凱寧看著手中的月之淚，感覺心中缺了一塊，眼淚止不住地流下來。 「我好像……忘記了什麼非常重要的人……」
—— NieR Gestalt/Replicant End ——
【深度解析】
正義的相對性 尼爾為了救女兒/妹妹，殺光了無數魔物。但在 B 結局揭示，他其實是這世界上最大的屠夫，殺死了無數試圖活下去的人類靈魂。這也呼應了系列名言：「從來沒有人是為了做壞事而戰鬥的。」
存檔刪除的震撼 D 結局的「刪檔」機制是遊戲史上最震撼的後設敘事之一。玩家犧牲的不只是角色的生命，而是自己在遊戲中投入的所有時間與努力（存檔）。這種「打破第四面牆」的犧牲感，讓這份愛顯得無比沈重且真實。
與《誓血龍騎士》的連結 本作的世界觀建立在《誓血龍騎士》（Drag-on Dragoon）E 結局之後。當初從異世界穿越到新宿的紅龍與母天使，帶來了「白鹽化症候群」的魔素，導致了人類必須執行「格式塔計畫」。這是一個建立在絕望之上的絕望故事。
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