【序章：被詛咒的島嶼】
時間點位於《伊蘇 V》與《伊蘇 VI》之間。21 歲的紅髮冒險家亞特魯·克里斯汀為了前往阿弗羅卡大陸，與搭檔多奇在豪華客船「隆巴爾迪亞號」上打工換取旅費。 船隻航行經過蓋提海（以地中海為原型）時，傳說中「一旦接近就無法生還」的無人島——**賽連島（Seiren Island）**出現在眼前。 突然，巨大的觸手襲擊了客船。儘管亞特魯奮力抵抗，船隻仍不幸沉沒，所有乘客落海失蹤。
【第一部：漂流村與古代種】
亞特魯漂流到賽連島的沙灘上，並陸續找到了貴族少女蘭可莎、漁夫薩哈德以及原本的船長巴爾巴羅斯。 這座島嶼異常危險，棲息著外界早已滅絕的古代生物（恐龍），被稱為**「古代種」**。 為了生存並逃離島嶼，船長提議建立據點。亞特魯負責探索島嶼並繪製地圖，同時尋找其他倖存者。隨著鐵匠、醫生、裁縫等倖存者加入，「漂流村」逐漸成形，多奇則負責村莊的防禦設施。
夢中的少女 在探索過程中，亞特魯開始做起奇怪的夢。夢中，他變成了一位名為**丹娜（Dana）**的藍髮少女。她生活在一個高度文明的古代王國「耶坦尼亞」，是被選中的「巨樹巫女」，擁有預知未來的能力。 亞特魯將夢境告訴伙伴，起初大家以為只是夢，但隨著夢境內容與島上的遺跡一一對應，眾人開始察覺這座島隱藏著超越常理的秘密。
【第二部：連環殺手與悲劇】
漂流村發生了名為「無名開膛手」的連環殺人未遂事件，船長巴爾巴羅斯遭到襲擊受傷。 隨後，原本囂張的貴族卡蘭在此事件引發的混亂中試圖獨自搭小船逃生，卻被海中的巨大觸手怪（歐開諾斯）殺死。 亞特魯調查後發現，真兇是混在倖存者中的醫生基爾戈，他是一個以殺人為樂的變態。 在追捕過程中，基爾戈被古代種捕食身亡，但巴爾巴羅斯船長因傷重不幸犧牲。臨終前，他將帶領大家逃離島嶼的重任託付給了亞特魯。
【第三部：跨越時空的聯繫】
為了尋找造船所需的材料與古代種的弱點，亞特魯一行人決定翻越島中央的高山「鋼盔岩」。 途中，他們遇到了在島上獨自生存的野性少女莉柯塔，以及她的養父、也是先前漂流至此的探險家塔納托斯。 透過塔納托斯的情報與莉柯塔的引路，眾人得知島嶼北部有著古代耶坦尼亞王國的遺跡。
過去改變未來 在遺跡前，道路崩塌無法通行。亞特魯觸摸了路邊的水晶石，意識再次回到過去的丹娜身上。 夢中的丹娜已經意識到「未來的亞特魯」正在觀看她，甚至能感知到未來王都的毀滅。為了幫助未來的亞特魯，丹娜在過去種下了「緋色之樹」的樹苗。 亞特魯醒來後，發現眼前憑空出現了一棵巨大的樹木，填補了斷路。過去的行為改變了現在的地形——兩個時空產生了干涉。
【第四部：甦醒的巫女】
亞特魯終於來到了島嶼北部的巨大遺跡「始源大樹」之下。在那裡，他發現了被樹木包覆、沉睡了無數歲月的丹娜本人。 丹娜甦醒了，雖然失去了部分記憶，但她加入了亞特魯的隊伍。 透過神祕運送伕胡麥爾帶來的「船隻設計圖」（實際上是塔納托斯多年前寫下的求救信），以及丹娜提供的古代知識，眾人終於找到了擊敗海怪歐開諾斯的方法。 在全體漂流者的合作下，亞特魯擊殺了歐開諾斯，掃除了出航的最大障礙。
【第五部：隕涕日（Lacrimosa）的真相】
隨著丹娜記憶的恢復，殘酷的真相逐漸揭曉。 耶坦尼亞王國並非自然滅亡，而是被**「隕涕日（Lacrimosa）」所毀滅。 所謂「隕涕日」，是這個世界的管理系統「始源大樹」為了促進生物進化所執行的「選擇與淘汰」**機制。每當一个物種繁榮到頂點，大樹就會引發天災（如冰河期、洪水、流星雨）將其滅絕，並選擇適應的新物種。 耶坦尼亞人遭遇的是「流星雨」。 丹娜作為巫女，曾拼命試圖拯救王國，但這被視為違抗天意。 最終，耶坦尼亞滅亡。丹娜被「進化護法（Wardens）」選中，雖然能獲得永生，但代價是必須旁觀未來的物種滅絕。 丹娜拒絕了這個命運，她將自己封印在樹中長眠，只為了在下一次「隕涕日」到來時，幫助未來的人類（亞特魯）打破這個輪迴。
絕望的重演 現在，輪到「人類」被淘汰了。 「進化護法」們出現在亞特魯面前，宣告這一代的「隕涕日」即將開始，本次的災難是「古代世界的回歸」——世界將被古代種淹沒。 更諷刺的是，亞特魯被選為這一代人類的「進化護法」，他被賦予了見證人類滅亡的職責。
【終章：對抗神的夢境】
亞特魯與丹娜拒絕接受滅亡。他們決定挑戰這個世界的理法。 眾人進入了始源大樹內部的「見證之丘」，通過了歷代進化護法（過去被滅絕物種的代表）的試煉，證明了人類擁有生存的意志與資格。 在最深處，他們擊敗了執行隕涕日的系統中樞——「進化之理」。
世界的崩壞與重構 雖然擊敗了系統，但這卻導致世界開始崩塌。 原來，整個世界、包含賽連島與隕涕日，都只是**大地女神瑪雅（Maia）的一場「夢」。 擊敗系統導致女神從夢中「醒來」，這意味著夢境（世界）的消失。 在世界即將化為虛無之際，丹娜做出了選擇。 她利用自己身為巫女與進化護法所擁有的全部「理力」（魔力），犧牲了自己的「存在」，強行介入了女神的意識。 丹娜以此為代價，讓女神重新入夢，並「重構」**了一個沒有隕涕日的新世界。
【結局：再見了，女神】
遺忘與追尋 世界重置了。亞特魯醒來時，發現自己仍在漂流村，大家正快樂地準備出航。 但是，沒有人記得丹娜，也沒有人記得隕涕日。在新的歷史中，這一切從未發生過。 只有亞特魯，憑藉著冒險家的直覺與殘存的羈絆，感到巨大的違和感。 他和夥伴們不由自主地來到島嶼北部。那裡沒有大樹，也沒有遺跡。 此時，村裡的鸚鵡帕羅突然發光，變身為大地女神瑪雅。 女神告訴眾人，雖然世界重構了，但為了回應亞特魯的執念，她允許他們找回「失去的記憶」。 恢復記憶的眾人痛哭流涕，他們不想忘記那位犧牲自己的藍髮少女。
最後的重逢（真結局） 女神打開了通往「始源深淵」的門。亞特魯等人擊敗了根源的意志，終於見到了丹娜。 丹娜因為犧牲了存在，已經升格為**「進化女神」**（概念般的存在），管理著新的理法。她雖然無法再以人類身份存在，但她將永遠守護著世界。 「亞特魯，謝謝你最後找到了我。」 「雖然有些捨不得，但真的要說再見了。」 在光芒中，亞特魯與丹娜擁抱告別。
尾聲 一週後，修復完畢的船隻載著漂流者們離開了賽連島。 雖然心中有著淡淡的哀傷，但大家都帶著從丹娜那裡獲得的勇氣，邁向各自的未來。 亞特魯站在甲板上，望著漸行漸遠的島嶼。 他在後來的冒險日誌《蓋提海航行記》序文中寫道： 「即便身處極限，仍能抱持意志與尊嚴的姿態是如此美麗。我希望能成為那樣的存在，直到數十年後的現在，我對『她』的敬畏之情仍未止息。」
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