【序章：消失的足球】
聖潔之路（Holy Road）大賽結束後，松風天馬回到雷門中學，卻發現足球部竟然消失了，所有人都失去了對足球的記憶。 一名來自未來的刺客阿爾法出現，企圖從天馬身上抹消足球的存在。 就在天馬陷入危機時，來自未來的少年菲（Fei）與外型像泰迪熊的機器人汪達巴現身相助。 利用未來科技「極限合體（Mixi Max）」，菲與天馬擊退了阿爾法。
真相 菲解釋，未來的世界被一群擁有超能力的「次世代之子（Second Stage Children，SSC）」所支配。 為了阻止 SSC 的誕生，未來的決策機構**「埃爾多拉多（El Dorado）」**判定足球是激發 SSC 覺醒的原因，因此派遣特務部隊「奧米加協議（Protocol Omega）」穿越時空，企圖將足球從歷史上消滅。 為了守護足球，天馬與菲展開了穿越時空的冒險。
【第一部：足球禁止令與被封印的圓堂】
為了恢復雷門眾人的記憶，天馬等人回到過去。雖然在劍城優一（劍城京介的哥哥，來自另一個時間線）的幫助下擊敗了奧米加協議 1.0，但歷史卻被改寫成了「足球禁止令」實施的世界。 為了對抗更強的奧米加協議 2.0，雷門在戰鬥中慘敗，圓堂守監督為了保護隊員，被封印在「時空之石（Chrono Stone）」中。
為了拯救圓堂，眾人前往未來尋找據說是圓堂大介（圓堂的爺爺）留下的**「霸者之聖典」**。 在未來，他們見到了尚未去世的大介。然而，大介也遭到了襲擊，但他憑藉強大的精神力，並未完全被封印，而是變成了一顆會說話的時空之石。
大介告訴眾人，要打倒埃爾多拉多並拯救足球，必須集齊聖典中記載的**「時空最強十一人」**的力量。 也就是穿越各個時代，尋找歷史上的偉人，獲取他們的氣場（Aura）進行極限合體。
【第二部：集結！時空最強十一人】
雷門踏上了時空之旅，依序獲得了以下偉人的力量：
織田信長（神童）：在日本戰國時代，協助信長對抗敵人。
聖女貞德（霧野）：在英法百年戰爭時期，喚醒貞德的勇氣。
諸葛孔明（太陽/白龍）：在三國時代，原本是要找劉備，結果孔明主動將力量給了前鋒。
劉備（信助）：同樣在三國時代，信助展現了守護大家的決心。
坂本龍馬（錦）：在幕末時代，雖是個胖子但卻是個男子漢。
沖田總司（劍城）：同樣在幕末，劍城與病弱的天才劍士產生共鳴。
托普之父（托普）：在恐龍時代，原始少年托普與翼龍父親合體。
恐龍畢古（菲）：同樣在恐龍時代，菲與恐龍幼崽成為朋友。
主宰之龍（黃名子）：在亞瑟王的故事書世界中，與守護巨龍合體。
亞瑟王（天馬）：天馬在故事書世界中，領悟了領導者的資質，拔出了石中劍。
在此過程中，一名神秘少女菜花黃名子突然加入了隊伍，雖然來路不明，但她開朗的性格很快融入了大家。此外，SSC 的凶暴罪犯**札納克（Zanark）**也多次阻撓，卻在戰鬥中被雷門的熱血感化，最終加入並獲得了第 11 的力量（暴風）。
【第三部：諸神黃昏（Ragnarok）】
集齊力量後，眾人被傳送到未來。 在那裡，埃爾多拉多的總部已遭 SSC 毀滅。埃爾多拉多的首領請求天馬等人協助，因為如果不阻止 SSC，人類將被支配。 SSC 的首領SARU（薩魯·艾凡）現身，他長得與天馬極為相似。他向雷門發起了賭上未來的足球大賽——「諸神黃昏」。
比賽過程
第一戰：雷門與埃爾多拉多混編隊 VS 札納克率領的 SSC 隊伍。 比賽中，SARU 使用超能力喚醒了菲的記憶。原來菲也是 SSC 的一員，是被派去臥底的。菲背叛並進了烏龍球，雷門慘敗。札納克因不滿 SARU 的卑鄙手段而離隊。
第二戰：雷門混編隊 VS 奧米加協議混編隊。 神童利用指揮能力統合了隊伍，贏得勝利。
第三戰：天馬率領的時空最強十一人 VS 菲率領的隊伍。 面對昔日夥伴菲，天馬陷入苦戰。此時，黃名子揭露了驚人真相：她是菲的母親。她是從過去穿越過來的，而在未來的歷史中，她在生下菲後就會死去。 在父母（支援者 X 與黃名子）的愛與天馬的呼喚下，菲終於醒悟，回到了雷門這邊。比賽以平手收場。
由於戰績是一勝一敗一平，雙方決定進行最終決戰。
【終章：最後的決戰】
圓堂守從封印中解放，回歸擔任監督。 時空最強十一人 VS The Lagoon（SARU 的隊伍） 雖然 SARU 展現了壓倒性的力量，但天馬集結了全隊與時空最強十一人的力量，施展出**「最強十一人波動」**。 SARU 對這股團結的力量感到恐懼，但也因此意識到自己並非孤獨，他也擁有夥伴。 最終，天馬隊獲勝。天馬與 SARU 握手言和，SARU 答應讓所有 SSC 接受治療，放棄超能力以換取普通人的壽命與生活。
【結局：各自的歸處】
離別的時刻到來。 菲與黃名子告別。儘管知道黃名子回到過去後，生下自己就會死亡，但黃名子笑著說：「能見到長大後的菲真是太好了。」 菲雖然沒有喊出「媽媽」，但他已然釋懷，並決定開創新的未來。
天馬回到了現代，一切恢復正常。 雖然這場跨越時空的冒險如同一場夢，但他結識了無數的朋友。 在最後，天馬與穿越時空而來的菲等人，再次來到了獲得明日之星大賽冠軍後的圓堂守面前（初代結局的時間點）。 天馬笑著對圓堂說： 「來踢足球吧！！」
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