【序章：消失的魔法與殘留的禍根】
故事發生在《伊蘇 I & II》結束後的兩年。 亞特魯與多奇回到了艾斯塔里亞（前作舞台）。雖然魔王達姆已被消滅，魔法從世上消失，但曾被魔法治癒的少女莉莉亞卻突然病倒。醫生診斷這是因為魔法消失後，她體內殘留的古代魔法力量產生了排斥反應。 與此同時，亞特魯在酒館聽到占卜師的預言，並收到了一封來自遙遠之地**塞爾塞塔（Celceta）**的信，信中提到了拯救莉莉亞的方法以及新的危機。 為了尋求真相，亞特魯獨自前往塞爾塞塔。而莉莉亞為了不成為負擔，也為了追隨亞特魯，竟拖著病體偷偷搭上了另一艘船。
【第一部：樹海與闇之一族】
亞特魯抵達塞爾塞塔的樹海，結識了當地的反抗軍領袖卡娜（Karna）與擁有預知能力的少女麗莎（Leeza）。 他發現羅朗帝國正在與當地的**「闇之一族」合作，四處挖掘古代遺跡。 闇之一族的三幹部（格迪斯、巴咪、加吉斯）正在尋找傳說中的「太陽的假面」**。
可怕的陰謀 闇之一族的真正目的，並非單純的征服世界，而是復活「魔王達姆」與「黑珍珠」。 雖然黑珍珠在《伊蘇 II》結局被封印，但其本體意識依然存在。而封印的關鍵——塞爾塞塔的古代文明，與伊蘇的古代文明系出同源（都是有翼人文明）。
【第二部：莉莉亞的覺醒與艾爾迪爾的墮落】
莉莉亞抵達塞爾塞塔後，被闇之一族抓走。 原來，莉莉亞在《伊蘇 II》中曾飲用過「塞爾塞塔之花」調製的藥水，加上曾接觸過雙子女神，她的血液中流淌著復活魔王所需的「魔力因子」。 闇之一族打算將莉莉亞作為祭品，注入黑珍珠的力量。
另一方面，古代有翼人的倖存者**艾爾迪爾（Eldeel）**登場。 在 PCE 版中，艾爾迪爾是一位極其強大但精神不穩定的存在。他被闇之一族蠱惑，認為人類這種低等生物只會帶來戰爭，因此決定使用「太陽的假面」重啟黑珍珠，毀滅現有的人類文明，建立理想鄉。
【第三部：五忠臣與月之假面】
亞特魯在樹海中接受了古代塞爾塞塔賢王雷凡斯以及其麾下「五忠臣」靈魂的試煉。 雷凡斯告訴亞特魯，要對抗太陽假面的毀滅力量，必須找到**「月之假面」**。 亞特魯歷經險阻，終於獲得了月之假面，並穿上了傳說中的克雷利亞裝備（Cleria Set）。
此時，艾爾迪爾已經啟動了古代要塞**「黃金神殿」**，神殿浮上天空，黑珍珠的魔力開始以此為中心向全世界擴散，魔物再次大量湧現。
【終章：伊蘇的黎明】
亞特魯在多奇、卡娜與麗莎的協助下，攻入了天空中的黃金神殿。 他擊敗了闇之一族的幹部，並救出了被綁在祭壇上的莉莉亞。然而，儀式已經完成了一半，艾爾迪爾吸收了強大的魔力，化身為神一般的存在阻擋在亞特魯面前。
最終決戰 亞特魯與黑化的艾爾迪爾展開死鬥。 戰鬥中，亞特魯利用「月之假面」中和了艾爾迪爾身上的「太陽假面」力量。 艾爾迪爾恢復了短暫的清醒，意識到自己的錯誤，但黑珍珠的意識（魔王達姆）已經完全實體化，企圖吞噬一切。
這時，莉莉亞體內殘留的女神加護覺醒。在精神世界中，遠在艾斯塔里亞地底沈睡的**雙子女神（菲娜與蕾雅）**借由莉莉亞的身體顯靈。 女神的力量、五忠臣的靈魂、以及亞特魯的劍，三者合一。 亞特魯揮出了最後一擊，徹底粉碎了黑珍珠的核心。
【結局：真正的離別】
隨著黑珍珠的徹底毀滅，魔法這一次真正地、永遠地從這個世界上消失了。 這就是標題**「伊蘇的黎明」**的含義——告別古代魔法的黑夜，人類迎來了依靠自身力量生存的黎明。
艾爾迪爾：隨著古代文明的崩毀而逝去（或陷入永眠），有翼人的時代終結。
莉莉亞：因為魔法的消失，她體內的魔力排斥反應也隨之痊癒，變成了一個健康的普通女孩。但這也意味著，她再也無法聽到女神的聲音。
在結局動畫中，亞特魯在港口與眾人道別。 莉莉亞含著淚水，微笑著送別了她深愛的紅髮少年。她知道亞特魯屬於廣闊的世界，而不是某一個女孩。 亞特魯搭船離去，留下了恢復和平的塞爾塞塔，以及一段關於光與闇、過去與未來的傳說。
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