【序章：實驗室的逃亡者】
故事開始於某個神秘研究所。 擁有超能力的主角（預設名為哈姆，Ham）自幼便被監禁在此，作為實驗對象。 某日，哈姆的愛犬佩斯慘遭研究員殺害。憤怒與悲傷激發了哈姆潛在的力量，他暴走摧毀了實驗室，殺死了博士，並成功逃脫。 為了尋找雙親與故鄉，哈姆踏上了旅程。途中，他收服了寵物刺蝟和名馬「馬一號」，並結識了新的夥伴。
【第一部：夥伴集結】
琳子（Rinko）：為了尋找被綁架的孩子而進入洞窟的少女。在與怪物的戰鬥中，她的姊姊為了保護她而犧牲。哈姆趕到後協助擊敗怪物，琳子為了替姊姊報仇並查明真相，決定與哈姆同行。
雷岩（Raigan）：為了救回被綁架的大小姐（黑道老大的女兒），這名相撲力士在地下鬥技場奮戰。哈姆協助他救出大小姐後，雷岩也加入了隊伍。
哈姆終於回到了故鄉，卻發現父母早已過世，只留下了關於一個名為**「伊迪亞（Idea）」的人的線索。為了尋找伊迪亞，哈姆與擁有通靈能力的靈媒師美琴（Mikoto）以及寵物狸貓一同前往美國。 途中船隻沉沒，眾人漂流至墨西哥，在那裡又結識了總是遭遇不幸的探險家宗方（Munakata）、怪盜加德（Jado）**以及寵物野豬。
【第二部：伊迪亞的陰謀】
眾人一邊與伊迪亞的手下戰鬥，一邊追查真相。 途中，美琴被惡靈附身。原來這個惡靈是伊迪亞手下的科學家**波博士（Dr. Po）**死去的兒子。 波博士誤以為人類殺了他兒子，因此協助伊迪亞製造生化病毒，企圖毀滅人類。 但在美琴（被附身狀態）的揭露下，真相大白：殺死博士兒子並引發病毒災難的，其實是伊迪亞的手下。 得知真相後，波博士改邪歸正，帶著寵物半魚人加入隊伍，並協助哈姆擊敗了那名手下。
眾人獲得潛水艇，收服了寵物北極熊，並在調解了「男村」與「女村」的紛爭後，收服了怪物湯姆湯姆（TomTom）（其實是波博士的孫子被改造後的模樣）。 接著，他們利用鑽頭戰車進入地底世界，解決了地底原住民的危機，並再次救了倒楣的宗方。
終於，哈姆一行人攻入了伊迪亞的南極基地，揭開了驚人的計畫： 伊迪亞原本是個充滿慈愛的人，但因對人類的殘暴與愚蠢感到絕望而發瘋。他計畫融化南極冰層，引發大洪水淹沒世界，只留下被選中的人建立理想國度。
【第三部：絕望的未來與真相】
在決戰前，眾人被捲入時空漩渦，來到了毀滅後的未來。 那裡是一片汪洋與廢墟，證實了伊迪亞計畫若成功執行後的慘況。眾人在未來收服了強大的寵物後，設法回到了現代。
回到現代時，大洪水計畫已經啟動，世界大半被淹沒。 哈姆前往伊迪亞建造的「理想之村」，在那裡發現了伊迪亞的日記。 日記揭露了衝擊性的事實：伊迪亞竟然是哈姆的親生母親！
【終章：母與子】
哈姆一行人闖入最後的方舟。通往核心的密碼，竟是哈姆的生日。 哈姆終於見到了伊迪亞，並試圖說服她停止計畫，告訴她自己就是她的兒子，以及未來世界的慘狀。 伊迪亞的內心在母愛與瘋狂之間劇烈拉扯。她一邊攻擊哈姆，一邊痛苦地請求哈姆殺了她。 最終，伊迪亞體內的**「瘋狂」**實體化，分離出來成為了最終魔王。
「瘋狂」抓住了虛弱的伊迪亞以及哈姆的生父——也就是探險家宗方（原來那個倒楣大叔就是爸爸！）。 在哈姆面前，「瘋狂」殘忍地殺害了兩人。 憤怒與悲痛讓哈姆覺醒了真正的力量，他與夥伴們聯手，徹底消滅了「瘋狂」，拯救了瀕臨毀滅的世界。
【結局：新的生命】
世界恢復了和平。
加德成為了孤兒院院長。
波博士與變回人形（或維持怪物型態但恢復理智）的孫子湯姆湯姆一起研究病毒解藥。
美琴回歸靈媒本業。
雷岩與救出的大小姐結婚。
至於主角哈姆，琳子邀請他一起生活，但哈姆表示想繼續踏上旅程，用超能力幫助更多人。 看著哈姆離去的背影，琳子終於忍不住追了上去，並投下了一顆震撼彈：
「我懷孕了！」
哈姆：「什、什麼時候發生的事啊～～～～～！？」 （這是本作最經典的結局台詞，暗示兩人在旅途中可能發生了什麼不可描述的事，或者是某種超能力受孕的玩笑？）
結局畫面顯示，兩人在十個月後迎來了新生命的誕生，過著幸福的日子。
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