這款遊戲最大的特色在於引入了一位原創女主角「山岸真由美」，並圍繞著她展開了一段與使徒緊密相關的原創劇情。
《新世紀福音戰士 2nd Impression》完整劇情故事
【核心原創角色】
山岸真由美（山岸マユミ）： 本作的原創女主角。戴著眼鏡、留著黑色長髮的文靜少女。性格內向、喜愛讀書，總是帶著一種想要逃避現實、不想給人添麻煩的消極感，與真嗣的性格在某些方面非常相似。
【主線劇本：呼喚福音的資格】
(EPISODE:X Never say die!)
1. 轉學生與不尋常的使徒
故事開始於真嗣平凡而稍顯吵鬧的日常（被明日香罵、被同學調侃）。某天，班上轉來了一位名為 山岸真由美 的少女。 真嗣在圖書館偶遇真由美，兩人因撞掉書本而相識。真嗣發現真由美總是不斷地道歉，彷彿這是一種防衛機制。兩人在交談中發現彼此都喜歡讀書，且性格相近，逐漸產生了共鳴。
與此同時，NERV 偵測到地下有微弱且斷續的使徒反應。不久後，使徒終於現身（外型為重疊圓盤狀的提燈型物體）。 真嗣駕駛初號機出擊。戰鬥中，他發現並未及時避難的真由美身處險境，奮不顧身地保護了她，並成功擊破了使徒。 然而，這次勝利來得太過容易，令美里和律子感到不安。
2. 地球防衛樂團
戰後，真由美的身體開始出現異狀（腹部劇痛、感覺體內有異物），但她選擇隱瞞。 學校即將舉辦文化發表會，東治和劍介強拉真嗣組成樂團，並堅持要找個女生當主唱。真嗣鼓起勇氣邀請真由美，她羞澀地答應了。在 NERV 職員青葉（被美里強迫來當吉他教練）的指導下，眾人度過了一段短暫的快樂時光。 但在夜裡，真由美卻被噩夢纏繞：她夢見過去遭受家庭暴力的陰影（暗示），以及封閉內心的自己。她覺得自己和真嗣很像，都害怕受傷而與人保持距離。
3. 無敵的使徒
文化祭當天，使徒再次來襲。 這次使徒展現了驚人的進化：它變成了物理攻擊無效的「虛像」狀態，初號機與貳號機的攻擊完全無法造成傷害。且使徒無視 EVA，逕直朝向真嗣的學校——也就是真由美所在的方向移動。 原來，之前的戰鬥只是佯攻。使徒利用初號機保護真由美的瞬間，將自己的**核心（Core）**轉移並寄生到了真由美的體內。現在戰場上的使徒只是個無敵的投影，真正的本體藏在少女身上。
4. 悲劇的決斷
真嗣被迫暫時撤退進行 LCL 濾心更換。此時，真由美出現在他面前。 深受體內怪物折磨的真由美哭喊著：「求求你！殺了我！怪物就在我身體裡！」 她厭惡這樣給人添麻煩的自己，更厭惡被怪物侵蝕的感覺。但真嗣溫柔地拒絕了：「如果死了，就連喜歡或討厭都感覺不到了啊。」並承諾一定會打倒使徒。
然而，為了不讓大家受傷，真由美做出了極端的決定。她爬上大樓屋頂，縱身跳下，試圖透過自殺來消滅體內的使徒核心。
5. 逆轉與結局
千鈞一髮之際，真嗣駕駛初號機接住了墜落的真由美。 「為什麼要這麼做！活下去啊！即使想逃避，只要活著，明天就一定會到來！」 真嗣的吶喊與真由美的自殺行為超出了使徒的預測。為了保護核心不因宿主死亡而毀滅，使徒被迫將核心從真由美體內分離出來。 就在核心現形的瞬間，雷達上的反應由二合一。失去了宿主庇護的使徒不再是無敵的。 真嗣把握機會，一舉擊破了實體化的核心，徹底消滅了使徒。
結局： 事件被 NERV 高層（源堂）掩蓋為演習。 真由美因為父親工作的關係再次轉學。在車站月台，真由美摘下眼鏡，對真嗣露出微笑。 她告訴真嗣，正因為他們如此相似，看到真嗣努力的樣子，讓她覺得自己或許也能變得堅強。 「還會再見面嗎？」 「只要活著，一定會的。」 列車駛離，留下了淡淡的希望。
【其他分支劇情概要】
遊戲根據玩家的選擇與好感度，會進入不同的章節（Episode）。
1. 明日香路線：各懷心思 (想い、それぞれの胸に)
劇情： 真嗣協助明日香準備文化祭（做甜點失敗）。
戰鬥： 使徒進化出銳利的「刃」。真嗣回想起做菜時關於「鈍刀」的對話，利用初號機的 AT 力場集中在手部，施展「空手奪白刃」並中和了使徒的利刃，成功獲勝。
結局： 明日香在班上大肆宣揚真嗣是為了愛她而戰，卻又強調自己心屬加持，讓真嗣被全班女生投以同情的眼光。
2. 零路線：靈魂的縫隙 (レイ、魂の隙間)
劇情： 真嗣選擇不去學校，而是留在 NERV 陪伴待命的零。透過一起吃飯、關心她的飲食，零逐漸對真嗣敞開心房。
戰鬥： 兩人聯手出擊，展現完美的配合擊敗使徒。
結局： 兩人再次在展望台吃飯，零的托盤上除了飲料，多拿了三明治，顯示她接受了真嗣「要多吃點」的建議。
3. 樂團路線：牽絆與證明 (絆と証)
劇情： 透過東治與劍介的樂團練習（關於音箱音量過大會燒壞的原理）。
戰鬥： 面對會吸收能量的使徒，真嗣利用朋友們的啟發，故意將初號機的所有能量一次性放出，撐爆了使徒的吸收上限而獲勝。
4. 真由美 IF 路線：悲境，開拓之時 (悲境、切り開いて)
差異： 使徒沒有寄生在真由美體內。
結局： 真由美在車站告別時的台詞變為：「似曾相識的兩個人只能當好朋友，沒辦法成為好戀人……如果我和碇君不要那麼像就好了。」帶有淡淡的失戀遺憾。
故事解析
「另一個真嗣」的鏡像： 原創角色山岸真由美被設計為「女版的碇真嗣」。她內向、道歉癖、逃避現實的特質，是一面鏡子，讓真嗣在幫助她的過程中，實際上也肯定了自我，完成了精神上的成長。
使徒的特殊性： 本作的使徒展現了極高的智慧，懂得利用人類心理（寄生在宿主體內）來讓 EVA 無法攻擊，這在當時的改編遊戲中是相當新穎的設定。
多樣化的校園生活： 相比原作的沉重，本作（特別是樂團練習部分）提供了較多青春校園的描寫，讓玩家能體驗到短暫的學園喜劇氛圍。
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