—— 虛數的夢魘與永劫回歸的序曲
「人類為了生存，是否必須捨棄人性？當神（Gnosis）拒絕人類時，我們該往何處去？」
【序章：太古的遺產 (A.D. 20XX)】
故事始於西元 20XX 年的地球（後世稱為 Lost Jerusalem）。在肯亞的圖爾卡納湖畔，一支考古探險隊發掘出了一塊散發著金色光芒的神秘巨石碑——「Zohar（索哈爾）」。 這塊石碑並非單純的文物，它是連接高次元能量的增幅器，也是全宇宙力量的根源。就在發掘的瞬間，Zohar 啟動，並未對此做好準備的人類尚未知曉，這道光芒將決定未來數千年的命運。
【第一章：格諾西斯的威脅與 KOS-MOS 的覺醒】
時間：T.C. 4767 年（距今約 4000 年後） 人類早已拋棄了地球，生活在廣闊的宇宙中，建立了「星團聯邦」。然而，人類正面臨一個無法解釋的恐怖威脅——「Gnosis（格諾西斯）」。 Gnosis 是來自「虛數領域（Imaginary Number Domain）」的怪物，它們如同幽靈般存在，物理攻擊無法觸及它們，但它們卻能攻擊人類。被 Gnosis 接觸到的人類會發生「白化」現象，瞬間變成鹽柱般碎裂，或是轉化為 Gnosis 的一部分。
地點：韋克達企業巡洋艦「沃克林德號 (Woglinde)」 韋克達（Vector）第一開發局的主任卯月紫苑（Shion Uzuki），正在艦上進行對抗 Gnosis 的人型戰鬥兵器——KOS-MOS 的虛擬實境測試。紫苑對 KOS-MOS 抱有特殊的感情，不只視其為兵器，更像是已故戀人凱文留下的遺產。
沃克林德號受命回收一個 Zohar 模擬體（Emulator）。然而，Zohar 的波動引來了大量的 Gnosis 襲擊。 艦上的軍隊毫無招架之力，聯邦軍中尉維吉爾雖然奮勇作戰，但常規武器對位於虛數領域的敵人無效。 在絕望之際，KOS-MOS 自行啟動了。 她張開了**「希爾伯特效應（Hilbert Effect）」**，強行將 Gnosis 從虛數領域拉入實數領域（現實世界），使物理攻擊變得有效。KOS-MOS 展現了壓倒性的戰鬥力，但在戰鬥中，為了殲滅敵人，她計算出最優解是「連同被抓住的維吉爾中尉一起射穿」。 「妳這傢伙……！」維吉爾在驚愕與憤怒中死去。 KOS-MOS 冷冷地回應紫苑的指責：「這只是根據任務優先度所做的判斷。」
【第二章：命運的交錯與亡靈的船】
地點：客貨兩用船「埃爾莎號 (Elsa)」 倖存的紫苑、KOS-MOS 以及維吉爾的副官切連科夫，被路過的「埃爾莎號」救起。這艘船的船長馬修雖然看似粗魯，卻擁有一群身懷絕技的船員，其中最神秘的是一位銀髮少年——卡歐斯（chaos）。卡歐斯擁有不可思議的能力，只需輕觸 Gnosis 即可將其消滅。
地點：小行星普雷羅馬 (Pleroma) 同時，為了奪回被反聯邦組織「U-TIC 機關」搶走的關鍵數據「Y 資料」，聯邦特務——改造人**Ziggurat 8（基奇）**潛入了敵方基地。 他成功救出了擁有「Y 資料」的百式觀測用生化人（Realian）——MOMO。MOMO 是已故天才科學家若阿希姆·米茲拉希的女兒（複製品），個性純真善良。兩人在逃亡過程中被埃爾莎號接收，與紫苑一行人匯合。
悲劇的轉化： 在航行中，一直表現焦慮的切連科夫中尉突然發狂。原來他過去曾是人體實驗的受害者，精神已被侵蝕。在接觸到 Zohar 的波動後，他的拒絕與恐懼具象化，最終在眾人面前轉化為一隻巨大的 Gnosis（Gargoyle）。 這一幕揭示了 Gnosis 的恐怖真相：它們並非外星人，而是拒絕與他人接觸、封閉內心的人類靈魂的末路。 紫苑等人被迫殺死了變成怪物的切連科夫。
【第三章：庫凱基金會與過去的陰影】
埃爾莎號抵達了擁有獨立武裝的組織「庫凱基金會」。這裡由蓋南·庫凱與其義弟（實際上是基因複製兄弟）Jr.（魯貝多） 領導。Jr. 外表看似 12 歲的少年，實際上已經 26 歲，因為基因改造而永遠停止生長。
U-TIC 機關的陰謀： U-TIC 機關的總帥瑪格利斯為了奪回 MOMO，誣陷庫凱基金會毀滅了沃克林德號，聯邦艦隊包圍了基金會。為了證明清白，紫苑、Jr. 與 MOMO 等人決定潛入 KOS-MOS 的深層記憶庫（Encephalon），尋找沃克林德號事件的真實紀錄。
虛擬世界：舊米爾奇亞 (Old Miltia) 在 KOS-MOS 的記憶深處，場景變成了 14 年前毀滅的星球「舊米爾奇亞」。 在這裡，每個人都面對了自己的夢魘：
Jr. 的罪： 他與蓋南、以及瘋狂的**阿爾貝多（Albedo）**都是為了對抗高次元波動存在「U-DO」而製造的生物兵器（U.R.T.V.）。當年 Jr. 因恐懼切斷了精神連結，導致其他兄弟被 U-DO 汙染暴走，這成為阿爾貝多瘋狂的根源。
紫苑的痛： 她目睹了幼年的自己發現父母被殺害的場景，以及一位名為費布羅妮亞的生化人為了保護她而犧牲。
少女的引導： 一位身穿白衣的神秘少女幻影——**涅非订（Nephilim）**不斷指引著他們。
【第四章：瘋狂的阿爾貝多與天之車】
洗清嫌疑後，危機並未解除。Jr. 的宿敵，擁有不死之身的瘋狂男子——阿爾貝多現身了。 阿爾貝多綁架了 MOMO，將她帶入了自己的精神領域設施**「妮菲訂之歌聲 (Song of Nephilim)」**。他的目的是抽取 MOMO 腦內的 Y 資料，以開啟通往舊米爾奇亞的道路。
對峙： Jr. 衝入設施解救 MOMO。阿爾貝多展現了他扭曲的愛與恨：「為什麼當時要切斷連結？為什麼要拋棄我？既然我無法死亡，那我就要拉著整個世界陪葬！」 阿爾貝多成功解鎖了 Y 資料，召喚出了古代的巨大兵器——「天之車 (Proto Merkabah)」。這是一座足以毀滅星系的巨大要塞。
天之車的威脅： 阿爾貝多啟動天之車，瘋狂地吸收周圍的 Gnosis 作為能源，將砲口對準了擁有數十億人口的「第二米爾奇亞」。他企圖重演 14 年前的毀滅。
【終章：意志的力量】
為了阻止天之車墜落，紫苑一行人與埃爾莎號突入要塞內部。 經過激烈的戰鬥，雖然擊退了阿爾貝多（他似乎故意放水，達成了某種目的後便笑著離去），並破壞了動力爐，但天之車受引力牽引，開始向第二米爾奇亞墜落。
KOS-MOS 的抉擇： 要讓埃爾莎號脫離天之車的引力並炸毀要塞，必須有人留下來手動操作分離程序。 KOS-MOS 毫不猶豫地選擇留下：「我的任務是保護紫苑與第二米爾奇亞。」 紫苑哭喊著不願離去。就在最後一秒，KOS-MOS 完成操作，並跳向正在脫離的埃爾莎號。
最後的奇蹟： 然而，進入大氣層的高溫即將燒毀受損的埃爾莎號。 此時，一直隱藏實力的卡歐斯站了出來。他看著 KOS-MOS，那雙藍色的電子眼中似乎閃爍著某種古老的靈魂（瑪利亞的意識）。 KOS-MOS 展開護盾：「請把你的痛楚交給我。」 卡歐斯的手臂發出聖潔的光芒。六片巨大的光之翼從埃爾莎號兩側展開，如同天使般包裹著船體，奇蹟似地突破了大氣層的燃燒，安全降落在第二米爾奇亞的海面上。
【結局與伏筆：永劫回歸的陰影】
夕陽下，紫苑迎接歸來的 KOS-MOS。 「任務完成，紫苑。」KOS-MOS 的聲音依舊機械，但似乎多了一絲溫度。
然而，鏡頭轉向遙遠的黑暗深處。 韋克達企業的 CEO，也是這一切的幕後操盤手——威廉 (Wilhelm)，正坐在他的辦公室裡。 他手中把玩著名為「秩序羅盤」的神器，身邊站著帶著紅色面具的神秘人（紅之證言者）。 威廉看著這一切，淡淡地說道： 「這一切都是為了『永劫回歸』……劇本正在順利進行。」
故事未完待續： Zohar 的真相、KOS-MOS 體內沉睡的靈魂、卡歐斯的真實身分（Yeshua）、以及宇宙崩壞（Gnosis 現象）的真正原因，都將在後續的章節中逐步揭曉。首部曲在此落下帷幕，卻也開啟了人類對抗神與命運的壯闊旅程。
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