第一部：未開惑星埃克斯佩爾（Expel）的相遇
序章：光之勇者的降臨（克勞德視點）
故事始於前作主角羅尼基斯的兒子——克勞德・C・肯尼（Claude C. Kenny）。身為銀河聯邦軍少尉的他，與父親一同前往米洛基尼亞行星進行調查。 因年輕氣盛，他不顧父親的警告，觸摸了一個神祕裝置，結果被強行傳送到了一個未知的星球。 克勞德醒來時身處一片森林中，正好目擊了一名少女被魔物襲擊。他拔出配備的相位槍（Phase Gun）擊倒了魔物。這道光芒，在少女眼中宛如傳說中的「光之劍」。
序章：命運的邂逅（蕾娜視點）
少女名為蕾娜・蘭福德（Rena Lanford），居住在邊境的阿利亞村。她生性善良，卻擁有莫名的治癒能力，且對自己的身世抱有疑問（她是被撿來的孩子）。 當克勞德用光之劍救了她時，她深信克勞德就是傳說中拯救世界的「光之勇者」。
索爾西里的災厄
克勞德隱瞞了自己的外星人身分，與蕾娜一同踏上旅程。一方面是為了調查名為「索爾西里（Sorcery Globe）」的巨大隕石墜落後引發的異變（魔物橫行、地形改變），另一方面是為了尋找蕾娜的親生父母。 旅途中，他們解決了阿利亞村村長之子阿倫被魔石附身並綁架蕾娜的事件，並結識了許多夥伴（如紋章術師席力內、劍士迪亞斯、阿修頓等，視玩家選擇而定）。
最終，眾人抵達了隕石墜落的中心——艾爾大陸。在那裡，他們遇到了自稱**「神之十賢者」的強大敵人。 十賢者展現了壓倒性的力量，並透露他們的目的是利用這顆隕石的能量，將整個埃克斯佩爾星吸引並撞向某個地方。 就在眾人無力反抗之際，巨大的引力將埃克斯佩爾星吞噬。在星球毀滅的瞬間，克勞德等人被傳送到了一個名為「恩納吉・內德（Energy Nede）」**的人工行星。
第二部：恩納吉・內德的決戰
異次元的試煉
眾人在恩納吉・內德甦醒，震驚地得知故鄉埃克斯佩爾已經因為撞擊到內德的防護罩而消滅了。 內德的市長向他們解釋，十賢者原本是被封印在那個隕石中的罪犯，現在他們企圖利用內德的設施來達成毀滅宇宙的目的。 為了獲得對抗十賢者的力量，克勞德一行人必須通過四個場地（力、愛、知、勇）的試煉。
七億年的真相
試煉結束後，眾人挑戰十賢者卻再次慘敗。市長指出他們的武器太過落後，必須前往已被廢棄的**「紋章兵器研究所」**尋找古代技術。 在研究所中，蕾娜的身世之謎終於揭曉：
蕾娜的真實身分： 她並非埃克斯佩爾人，而是 7 億年前 內德人的後裔。
穿越時空： 當年研究所發生事故，蕾娜的母親為了保住女兒的性命，將她放入時空膠囊傳送到了 7 億年後的埃克斯佩爾星。
十賢者的真面目： 他們並非生物，而是 7 億年前由內德科學家蘭斯博士製造的**「對犯罪者用處刑兵器」**（或說是為了終結內德內戰而製造的究極生體兵器）。
暴走的原因： 蘭斯博士在女兒被敵對勢力殺害後發狂，將十賢者的最高指令改寫為**「毀滅全宇宙」**。隨後十賢者暴走，內德人付出了慘痛代價才將其封印在隕石中，並流放到宇宙深處（即埃克斯佩爾星）。
最終決戰：毀滅紋章
獲得了能對抗十賢者的「反物質武器（或稱紋章兵器）」後，克勞德等人展開反攻，逐一擊破了十賢者。 最後，他們攻入了十賢者的據點「菲納爾（Fienal）」，面對首領加百列（Gabriel，或稱加百列・塞萊斯塔）。 雖然擊敗了加百列，但他啟動了足以毀滅全宇宙的「崩壞紋章」。
為了阻止宇宙毀滅，眾人必須在崩壞紋章發動的極短時間內，利用恩納吉・內德的防護罩將這股能量封閉在內部引爆。這意味著內德將會毀滅。 在最後一刻，眾人啟動了空間轉移，將那股能量轉化為「時空修復」的力量。
終章：新的旅程
奇蹟與歸還
恩納吉・內德在一片光芒中消滅了。 當克勞德與蕾娜再次睜開眼睛時，他們發現自己站在熟悉的土地上——埃克斯佩爾星。 原來，利用崩壞紋章的能量逆轉了時空，被毀滅的埃克斯佩爾星得以重生（時間回溯到了被毀滅之前，但眾人保留了記憶）。
結局（多重結局）
根據玩家在遊戲中培養的「感情度（PA系統）」，結局會有數十種變化：
通常結局： 克勞德因任務結束必須返回地球，與蕾娜淚別。多年後，克勞德再次回到埃克斯佩爾與蕾娜重逢。
完美結局： 克勞德選擇留在埃克斯佩爾（或蕾娜加入聯邦軍），兩人結婚，過著幸福的日子。
其他角色結局： 各個夥伴也有各自的歸宿，有的成為國王，有的繼續冒險。
這場跨越星海與億萬年時光的冒險，最終證明了即使是被設計用來毀滅的命運，也能被勇氣與愛所改變。
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