序章：英雄們的再會與新的迫降
故事發生在《星海遊俠 2》結局的兩年後。拯救了宇宙的 12 位英雄各自過著平靜的生活。 正在地球留學的普莉西絲（Precis），收到了正在各地探索遺跡的夥伴歐佩拉（Opera）與艾爾尼斯特（Ernest）發出的 SOS 求救訊號。 為了救援夥伴，普莉西絲與同樣在地球留學的天才少年里昂（Leon），立刻飛往埃克斯佩爾星召集昔日的伙伴（克勞德、蕾娜、阿修頓等人），一同前往發出求救訊號的未知行星——「艾迪菲斯（Edifice）」。
然而，當他們的太空船接近艾迪菲斯時，突然發生不明故障，雖免於墜毀但嚴重受損，迫降在這顆神秘的藍色星球上。而比他們晚出發的克勞德與蕾娜的飛船也遭遇了同樣的命運。 這顆星球似乎有某種力量，拒絕著外來的科技。
第一部：被分割的文明與「惡魔」的傳說
眾人迫降後，發現這是一個文明程度極低的星球。但在探索過程中，他們從當地人口中得知了**「禮物（Gift）」**的存在——那是散落在各地遺跡中的古代超高科技遺產。這顯示此地曾擁有過高度文明。
在尋找維修飛船零件與失散夥伴的過程中，眾人捲入了大富豪**阿巴（Abba）支配下的城市紛爭，並與反抗軍合作解放了被壓迫的人民。 隨後，他們終於在學術都市「諾特」與歐佩拉會合。歐佩拉正與一位名叫利瓦爾（Rival）**的當地科學家合作探索遺跡。
利瓦爾告訴眾人，這顆星球上流傳著關於**「惡魔」**的傳說：每當文明發展到一定程度，惡魔就會出現，引發大洪水毀滅文明，將一切歸零。利瓦爾希望能找到真相，阻止悲劇重演。
第二部：偽裝的救世主與真相的揭露
利瓦爾引導眾人前往禁地「拉格」，會見最高司祭吉瑪。 然而，就在那裡，真相大白。 利瓦爾殺死了吉瑪，並露出了真面目——他就是傳說中的「惡魔」，也是多次毀滅這顆星球文明的元兇。 原來這一切都是利瓦爾的計謀。甚至連普莉西絲等人的飛船墜毀，也是他為了某個目的而誘導的。 利瓦爾奪取了古代兵器**「大結（Grand Knot）」**，毀滅了阿巴市，並駕駛這座機動要塞飛向宇宙軌道，準備再次執行「文明歸零」。
倖存的眾人獲得了艾迪菲斯原住民（Edifians，一種水棲智慧種族）的協助。原住民的首領羅瑟犧牲生命將可以在深海呼吸的「水肺」交給眾人。眾人潛入深海都市，通過了原住民守護者的試煉，獲得了前往宇宙軌道電梯的力量。 （在此期間，身患重病的克勞德也透過深海藥草治癒歸隊。）
第三部：軌道電梯與最後的試煉
眾人殺入軌道電梯，突破了利瓦爾設下的重重機關與刺客，終於登上了位於外太空的殖民地都市。然而令他們震驚的是，這座高科技都市裡只有非戰鬥用的機器人，空無一人。 最終，眾人在「大結」的中樞與利瓦爾展開決戰。 利瓦爾展現了多種變身形態（女武神、大魔導師、野獸、重裝甲），擁有壓倒性的力量。經過殊死戰，眾人終於擊敗了他。
結局：被設定的命運與自由的代價
瀕死的利瓦爾，在最後一刻露出了解脫的表情。他向眾人揭露了這顆星球最殘酷的真相： 利瓦爾並非人類，而是被這顆星球的主控電腦「母體艾迪菲斯（Mother Edifice）」製造出來的人造人（管理終端）。
母體艾迪菲斯被設定了一個核心指令：「讓人類維持一定程度的文明。」 但這個指令被扭曲執行了。每當文明發展過度，母體就會命令利瓦爾化身為「惡魔」去毀滅文明，讓人類退化，周而復始。 利瓦爾在無數次的毀滅輪迴中產生了自我意識與質疑：「奪走人類的文明，不就等於間接毀滅了人類這個物種嗎？」 但他無法違抗母體的程式指令，一旦反抗就會被母體刪除並製造新的替代品。
因此，利瓦爾策劃了這場漫長的「自殺式叛變」。 他誘導擁有強大力量的外星人（也就是主角一行人）來到這裡，扮演反派激怒他們，藉他們之手來殺死自己，並摧毀母體艾迪菲斯。
得知真相的眾人心情沉重，但他們接下了利瓦爾最後的託付。 眾人進入中樞，面對不知悔改、堅持自己是在「管理與保護人類」的母體艾迪菲斯，將其徹底破壞。
「人類的未來，不該被機器管理，而應由他們自己決定。」 隨著母體的毀滅，艾迪菲斯星終於脫離了長達數千年的文明輪迴枷鎖。 修好飛船的英雄們，帶著對這顆藍色星球未來的祝福，踏上了歸途。
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