【一、 序章：惡夢的實驗島】
1. 虛假的度假 女大學生藤堂晴香（主角）與大學社團的朋友們，受晴香的繼母、同時也是某研究機構負責人的藤堂奈津子邀請，來到了一座偏遠的孤島度假別墅。 同行者包括：晴香的好友葉山弘司（冷靜可靠）、國府千尋（行動派）、後輩水瀨優（智囊）、柏木翔子（普通人），以及島上的居民櫻井真子與宮內姬乃。
2. 慘劇爆發 到達別墅後不久，一名陌生男子突然在廚房發狂，頭部裂開鑽出半魚人般的怪物（生物兵器），千尋慘遭襲擊。 晴香在逃跑途中也被襲擊，被迫使用護身用的匕首應戰。 此時，組織傳來通訊，揭露了絕望的真相：
晴香的身分：她其實是組織派來的「觀察者（Monitor）」，任務是觀察小型兵器對平民的影響。
背叛的代價：晴香原本打算暗中背叛組織，但組織早就知情。
疫苗的真相：眾人上島前注射的所謂「疫苗」，實際上是寄生體的「核」。
時限：如果不限時內在島上找到「抗體」，所有被注射者都會被寄生體侵蝕，變成怪物。
晴香在途中撿到一台 PDA，裡面留有一名反叛研究員的訊息，指引她尋找隱藏的數據與抗體。為了活下去，也為了贖罪救助朋友們，晴香展開了行動。
【二、 命運的分歧點】
遊戲的劇情走向取決於關鍵角色櫻井真子的生死。
路線 A：下水道路線（真子死亡）
若玩家未能及時救助真子，她會死亡。
生存者們在大學生白河大輔（其實是敵對組織的特工）帶領下躲進山中小屋。
晴香被驅逐：小屋中發現了沒銷毀的研究資料，晴香的「觀察者」身分曝光，被憤怒的眾人趕出小屋。
晴香只能獨自在充滿怪物的下水道與島嶼暗處求生。
路線 B：洋館路線（真子生存）
若晴香成功救下真子，眾人會以洋館為據點。
雖然身分後來也會曝光，但因為救了真子與姬乃，獲得了部分同伴的信任，能夠進入研究設施的核心區域。
【三、 下水道路線（絕望篇）】
此路線基本上沒有好結局，充滿了誤解與死亡。
1. ED4 & ED6：時間耗盡 晴香未能及時找到抗體或研究設施。
ED4：晴香在絕望中變成了怪物。
ED6：晴香在弘司的屍體上找到抗體，僥倖存活，但真相被組織掩蓋，過著提心弔膽的日子。
2. ED7：活在陰影下的人 晴香進入研究設施，發現朋友們全被槍殺。
兇手：另一名觀察者，混混松山那雄宏。他為了生存開始獵殺其他人。
奈津子的清洗：奈津子殺了松山，並炸毀了設施與數據。她欣賞晴香的能力，邀請晴香一起逃亡但被拒絕。
結局：白河大輔介入，奈津子逃亡。晴香作為證人被白河的組織保護，雖活下來但背負著沈重的罪惡感。
3. ED9：寄生 Joker（最獵奇結局） 松山那雄宏發狂，將變異成怪物的姬乃射殺，並用獵槍打斷了晴香的雙臂，逼問抗體密碼。
崩潰：目睹慘狀的翔子精神崩潰，撿起沒子彈的槍瘋狂扣動扳機，殺死了松山。
結局：晴香因失血與感染開始變異。為了不傷害翔子，變成怪物的晴香保有人性，獨自逃向深山，成為了永遠徘徊的怪物。
4. ED11：使命的代價（Hard 模式限定） 晴香與另一名觀察者茂木冴子（真子與姬乃的朋友）相遇。
冴子戰鬥力低但擅長情報。兩人合作潛入設施，但抗體只剩一份。
冴子為了搶奪抗體引開怪物，身體被踩爛。臨死前，她將抗體和數據託付給晴香。
結局：晴香與冴子的義父（留 PDA 的研究員）取得聯繫。後來利用數據製作了不完全的血清，晴香、姬乃、冴子雖然都活了下來，但因抗體被稀釋或感染過久，三人都留下了嚴重的身體後遺症，在病榻上度過餘生。
【四、 洋館路線（真相篇）】
此路線揭露了真正的黑幕與人性的考驗。
1. 觀察者的生存遊戲 晴香進入研究設施，發現松山將姬乃扔進水槽餵食怪物。 擊敗怪物後，松山道出真相：這場實驗不只是測試兵器，更是**「觀察者的篩選實驗」**。 組織將多名觀察者（晴香、松山、以及隱藏的弘司）投入島上，讓他們互相殘殺競爭，存活下來的「優秀棋子」才能獲得抗體。 此時，奈津子出現射殺了松山，並給了晴香抗體。
2. 弘司的背叛 晴香解毒後與眾人會合，準備搭船逃生。 然而，一直信賴的好友葉山弘司突然拿出火箭筒對準眾人。 真相：弘司也是觀察者。 他一直隱藏身分，冷靜地評估局勢。此時他認為投靠奈津子才是生存之道。 奈津子現身，表示她要帶著最強的生物兵器**「Mother」**叛逃到其他國家，需要晴香和弘司作為部下。
3. 分歧結局
ED10：生還，然後……（強行突破）
晴香拒絕服從，與奈津子決裂。
弘司見狀，計算出奈津子勝算不高，於是反水背叛奈津子，協助晴香。
眾人擊敗巨型怪物「提亞馬特」，逃離島嶼。但奈津子帶著「Mother」逃走，留下了無窮後患。晴香決定加入白河的組織，追殺奈津子贖罪。
ED8：束縛與犧牲（Normal 模式）
晴香屈服於奈津子。弘司試圖偷襲奈津子，卻被奈津子算計，掉入陷阱餵食給了「Mother」。
晴香失去盟友，只能絕望地成為奈津子的傀儡，結局淒慘。
ED12：自由（Hard 模式 / True End）
關鍵變數：在弘司即將中陷阱時，冴子現身阻止了他。
最終決戰：奈津子啟動自爆裝置並逃亡。晴香追擊至洞窟深處。
松山復活：死掉的松山變異成怪物擋路，被晴香擊敗。
Mother 之戰：奈津子試圖帶著「Mother」的核心逃走，但被松山殘黨或意外阻撓，核心掉落，最終兵器「Mother」暴走。
晴香與弘司、冴子聯手，經過四階段的死鬥，終於徹底消滅了「Mother」。
大結局：
眾人在自爆前搭船逃離。白河大輔率領部隊接收了他們。
因為白河的組織公開了真相，邪惡組織被瓦解。
後日談：生還者們雖有心理創傷（千尋休學、姬乃接受輔導），但都在逐漸康復。
弘司拒絕了特工邀請離開了；冴子為了贖罪加入了白河的組織。
晴香在看守所探視了一無所有的奈津子。奈津子最後告訴晴香：「妳其實還有一個失散的妹妹活著。」
得知自己並非孤身一人的晴香，告別了過去，邁向新的人生。
【總結：核心謎團】
實驗目的：測試生物兵器性能 + 篩選優秀的組織幹部（觀察者大逃殺）。
觀察者名單：藤堂晴香（主角）、松山那雄宏（兇手）、葉山弘司（潛伏者）、茂木冴子（反叛者）。
奈津子的目的：她利用組織資源完成研究後，打算帶著成果「Mother」與優秀部下叛逃，以此作為她在新國家立足的籌碼。
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