這部作品設定在《真・女神轉生 I》的核戰之後，探討了「虛擬與現實」以及「創造與管理」的深刻主題。
【深度專題】虛擬方舟與複製的靈魂 ——《真・女神轉生 NINE》完全物語
序章：毀滅後的世界與電子樂園
199X年，洲際彈道飛彈（ICBM）直擊東京，世界在核火中毀滅（《真・女神轉生I》開端）。 202X年，倖存的人類為了躲避地表的輻射與惡魔，在東京地下建造了巨大的避難都市。然而，這種暗無天日的生活充滿絕望，唯一的慰藉是由「彌賽亞教團」運營的虛擬空間——伊迪亞空間（Idea Space）。
在這個虛擬世界中，完美重現了1990年代核戰前的東京。人們可以通過連接終端，以精神體的姿態在虛擬世界中過著和平的日常生活。然而，這個樂園並非絕對安全。如果連接裝置的核心「DRIVE」受損，使用者的精神將會崩潰，現實中的肉體也會變成植物人。此外，虛擬空間中開始出現被官方稱為「導航員（Navi）」的奇妙存在——惡魔。
第一章：覺醒與被選中的人們
主角**吾妻圭（Kei Azuma，名字可變更）是一名生活在地下都市的普通青年，與母親、妹妹惠美（Emi）**相依為命。某天，他被好友邀請到伊迪亞空間的新宿遊玩，卻遭到惡魔軍團襲擊。危急時刻，魔獸刻耳柏洛斯現身相救。 這次事件讓圭被負責管理虛擬空間的「中央管理局」盯上，並因其展現出的潛力，被招募為負責排除惡魔與非法駭客的「除錯者（Debugger）」。 圭的夥伴包括：
混沌（Chaos）搭檔：惠美的同學堇（Sumire）（或巴拉基，視主角性別而定），性格奔放，對虛擬世界的虛偽感到不滿。
秩序（Law）搭檔：中央管理局的菁英搜查官米蘭達（Miranda）（或姆比奧拉），堅信秩序與管理是人類存續的關鍵。
親友：一直支持著圭的好友巴拉基（Baraki）（或堇）。
第二章：跨越魔界的救援
隨著調查深入，圭發現虛擬空間中潛伏著反對彌賽亞教團的「蓋亞教團」。在一次行動中，米蘭達不幸失蹤，其精神體被困在魔界。為了營救同伴，圭與姆比奧拉毅然將精神潛入魔界。 在魔神摩洛的領地，他們成功救出了米蘭達的精神體，並在庫胡林與神秘男子**志基（Shiki）**的協助下，突破重圍返回伊迪亞空間。然而，當他們準備回到現實世界時，卻發現了一個驚人的事實——時間已經過去了整整10年。
第三章：真東京與消失的人類
圭與同伴們從漫長的沉睡中醒來，卻發現現實世界已經面臨第二次毀滅。10年前（也就是圭前往魔界後不久），一場大洪水淹沒了地下都市，絕大多數人類因此滅亡。只有圭、搭檔、親友以及妹妹惠美等五人，因為身體被保存在具有潛水功能的特殊設施中，且由巴拉基與堇負責維護，才倖免於難。 如今，海面上漂浮著一座名為「真東京」的海上都市。圭在那裡與已經長大成人的堇（22歲）重逢，卻發現這個看似和平的都市隱藏著巨大的違和感。
第四章：輪迴的複製品
在真東京，圭目睹了不可思議的景象：明明應該在大洪水中死去的母親與鄰居們，竟然毫髮無傷地生活著；更詭異的是，妹妹惠美雖然經過了10年，外表卻依然維持著小學生的模樣，完全沒有成長。 與此同時，自稱**内藤（Naito）**的蓋亞教團領袖接觸了圭，企圖破壞伊迪亞空間。
隨著調查深入澀谷109大樓——這個虛擬與現實重疊的核心區域，殘酷的真相終於揭曉： 10年前的大洪水確實滅絕了人類。現在生活在真東京與伊迪亞空間的「人類」，全部都是由彌賽亞教團的主電腦瑪麗亞（Maria）創造的複製品。瑪麗亞收集了舊人類的「慾望（Desire）」作為核心數據，重建了這些電子生命體。 為了防止負面情緒累積導致系統崩潰，瑪麗亞設定了程式，讓這些複製品每隔一年就會被「刪除」並「重置」。這就是惠美沒有長大、死去的人會若無其事復活的原因。
第五章：神的代理人與最後的抉擇
這場充滿謊言的樂園引來了更高存在的干涉。
內藤的真身是大天使拉贵爾（Raguel），代表神的意志，認為瑪麗亞創造的冒牌人類是對生命的褻瀆，企圖徹底破壞這個虛假世界。
志基的真身是墮天使沙利叶（Sariel），他潛伏在此是為了復活魔王路西法，利用混亂打破神的控制。
中央管理局局長菲利斯：實際上是瑪麗亞的終端，試圖維持這個循環系統。
圭面臨著最終的抉擇：是維護虛假的和平？還是打破循環追求自由？亦或是否定一切？ 在這場殘酷的鬥爭中，無論選擇哪條路，好友巴拉基與另一位搭檔都會因立場不同而死亡。如果惠美此時還活著，甚至可能因為她是瑪麗亞的核心程式而被捲入毀滅。最終，世界上將只剩下圭與他選擇的那一位伴侶。
終章：三種未來的盡頭
【Law 路線：永久的箱庭】 圭選擇了米蘭達與瑪麗亞。 為了守護這個雖虛假但充滿回憶的世界，圭前往魔界徹底封印了路西法，並擊敗了代表神之怒的大天使拉贵爾。 最後，瑪麗亞委託圭討伐企圖抹殺所有人類（包括複製品）的偽神亞爾達拜特（Yaldabaoth）。 戰勝後，圭成為了新世界的守護者。瑪麗亞繼續管理著這個封閉的樂園，複製品們將在無盡的輪迴中享受著永恆的和平。
【Chaos 路線：兩人的荒野】 圭選擇了堇與路西法。 圭擊敗了瑪麗亞，打破了虛偽的輪迴系統。接著前往魔界解開封印，復活了魔王路西法。 路西法要求圭展現力量，討伐偽神亞爾達拜特。 戰勝後，舊有的秩序崩壞，虛擬空間與真東京的系統停止運作。世界上只剩下圭與堇兩人（或許還有惡魔），在沒有任何束縛的自由荒野中，攜手開創未知的未來。
【Neutral 路線：靈魂的歸還（真結局）】 圭拒絕了瑪麗亞的虛偽，也拒絕了路西法的混沌。他不得不親手擊敗昔日的同伴與神魔，最終孑然一身。 在空無一人的新宿街頭，圭遇到了一位不起眼的賣花女。她的真身是智慧女神索菲亞（Sophia）。 索菲亞引導圭前往天界，擊敗了阻礙人類靈魂覺醒的偽神亞爾達拜特。 在一切終結之時，索菲亞揭示了諾斯替主義（Gnosticism）的真理： 「混沌與秩序皆是偏頗慾望的產物。不被任何一方束縛，內在潛藏的靈光，才是人類真實的救贖。」 隨著宇宙失去意義而消滅，圭脫離了肉體的牢籠，靈魂回歸到索菲亞身邊——那是超越了物質界，人類靈魂真正的歸宿。
【關於本作的獨特性】 《真・女神轉生 NINE》深受諾斯替主義影響。遊戲中的「偽神亞爾達拜特」象徵著物質世界的創造者（Demiurge），而「智慧女神索菲亞」則象徵著更高次元的真理。故事暗示了無論是虛擬世界還是現實肉體，對靈魂而言都是一種「牢籠」，唯有超越二元對立，才能獲得真正的解脫。
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