序章：行動代號「航道」
故事發生在前作主角斯特里洛克（Strelok）成功關閉了將切爾諾貝利核電廠隔離的「焦腦器（Brain Scorcher）」之後。通往核電廠中心（Zone）的道路終於被打開。 烏克蘭軍方為了搶在其他武裝勢力之前控制核電廠，發起了大規模空降突擊行動——「航道行動（Operation Fairway）」。軍方利用空中偵察繪製了異常點（Anomaly）地圖，並派遣了代號為「刺魟（Stingray）」的精銳直升機部隊直搗黃龍。 然而，行動徹底失敗。所有直升機在抵達目標前神祕墜毀，無一生還。 為了查明原因，烏克蘭安全局（USS）派遣了前潛行者、現任特工**亞歷山大·捷格加廖夫少校（Major Alexander Degtyarev）**偽裝成普通潛行者深入特區進行調查。
第一部：墜落的刺魟與特區的生態
【札頓（Zaton）地區】 捷格加廖夫首先來到了一艘擱淺在乾涸河床上的巨輪「斯卡多夫斯克號（Skadovsk）」，這裡是潛行者們的中立據點。 他在這片沼澤區域調查了數架墜毀的直升機：
刺魟 2 號：墜毀在變電站，駕駛員死亡。
刺魟 5 號：墜毀在沼澤，電子設備全部燒毀。
刺魟 3 號：墜毀在高地。捷格加廖夫在當地的怪人諾亞（Noah）的指引下利用空間異常傳送到達現場。調查發現直升機引擎故障，且地圖顯示該區有三個緊急撤離點，分別位於札頓、木星工廠和普里皮亞季。
【前往木星（Jupiter）地區】 為了進一步調查，捷格加廖夫前往了工業區「木星」。這裡的據點是亞諾夫車站（Yanov Station），敵對的「自由團（Freedom）」與「紀律團（Duty）」在此維持著脆弱的和平。 捷格加廖夫在此找到了墜毀的刺魟 1 號，黑盒子數據顯示倖存者正前往普里皮亞季的撤離點 B28。 然而，通往普里皮亞季的道路被封鎖。捷格加廖夫必須尋找前往那裡的方法。
第二部：通往死城的地下隧道
【普里皮亞季 1 號通道】 經過調查木星工廠的文件，捷格加廖夫發現了一條廢棄的地下隧道「普里皮亞季 1 號（Pripyat-1）」可以直接通往普里皮亞季市。但隧道內充滿了毒氣與變異生物。 為了突破隧道，捷格加廖夫必須組建一支精銳小隊。他成功招募了：
祖魯（Zulu）： 前紀律團成員，豪邁的機槍手，擁有一座塔樓據點。
瓦諾（Vano）： 樂觀且欠了一屁股債的自由團潛行者。
索科洛夫中尉（Lt. Sokolov）： 直升機部隊的倖存飛行員，被困在科學家碉堡。
神行者（Strider）： 剛擺脫洗腦的前「黑石部隊（Monolith）」小隊長（需完成其支線任務）。
在技術員奈特羅（Nitro）的幫助下打開大門後，捷格加廖夫率領這支臨時小隊進入了充滿危險的地下隧道。經過一場場死鬥，他們終於抵達了普里皮亞季的地面。
第三部：死城的真相與傳奇的歸來
【被困的軍隊】 一出隧道，捷格加廖夫就遇到了由**科瓦爾斯基上校（Col. Kovalsky）**指揮的軍方倖存部隊，他們正固守在一家廢棄的自助洗衣店中。捷格加廖夫亮出了少校身份，接管了調查任務。 軍方處境艱難，通訊被干擾，且不斷遭到神祕的黑石部隊狙擊。
【高斯步槍與 X8 實驗室】 捷格加廖夫繳獲了一把黑石部隊使用的神祕武器——高斯步槍（Gauss Rifle）。這是一種利用電磁加速的強大武器。 透過札頓地區的技術員卡丹（Cardan，他曾是該武器的研發者之一）的協助，捷格加廖夫得知了關於 X8 實驗室的線索。 在潛入普里皮亞季的 X8 實驗室後，他發現了大量關於精神控制與變異實驗的機密文件。
【傳奇的現身】 軍方終於修復了通訊，但司令部要求他們堅守待援。此時，一個神祕的信號接近基地。 來者竟是傳說中的潛行者——斯特里洛克（Strelok）（一代主角）。 斯特里洛克為了保護特區的祕密不落入壞人之手，並尋求政府保護以換取情報，主動與軍方接觸。 他揭露了「航道行動」失敗的真正原因： 直升機並非被擊落，而是撞上了空中的「異常點」。 軍方雖然有地圖，但那是靜態的。每當特區發生「大規模能量爆發（Emission）」後，異常點的位置就會改變。直升機部隊拿著舊地圖衝進了新生成的異常點雷區，自然全軍覆沒。
終章：最後的撤離
【撤離行動】 得知真相後，軍方決定利用下一次能量爆發後的短暫穩定期進行撤離。 在最後的決戰中，捷格加廖夫、斯特里洛克與剩餘的軍方部隊衝向直升機降落點。 他們遭遇了瘋狂的黑石部隊與變異生物潮的圍攻。 在槍林彈雨中，直升機緩緩升空。 （此時玩家可以選擇是否登機離開。若選擇留下，將進入自由探索模式；若登機，則進入結局。）
結局：特區的遺產
遊戲的結局會根據玩家在過程中的選擇（支線任務完成度、重要NPC存活與否）而有大幅變化。以下是完美結局的走向：
捷格加廖夫少校： 因調查有功晉升為上校，但他拒絕了坐辦公室，選擇成為特區的永久觀察員。
斯特里洛克： 成為了政府新成立的「切爾諾貝利異常區科學研究所」的首席顧問，致力於解開特區之謎。
科瓦爾斯基上校： 雖然行動失敗，但因證明了不可抗力因素而被光榮退役。
小隊成員：
祖魯： 加入了紀律團，率領小隊繼續在特區中心戰鬥。
瓦諾： 加入了自由團，憑藉其樂觀性格成為了受歡迎的人物。
索科洛夫： 退役後加入了民航公司。
神行者： 帶領前黑石部隊成員試圖融入普通潛行者社會，據說後來形成了一股新的中立勢力。
這部作品為《S.T.A.L.K.E.R.》三部曲畫下了一個相對充滿希望的句點，但也暗示了特區的祕密仍未被完全解開。
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