本作的劇本由負責動畫版構成的劇本家參與，發生在「文化祭」前夕，是一個結合了「漫無止境的八月」概念與「消失」前兆的原創故事。
序章：咖啡店的「真話」
故事發生在某個初夏的週日。SOS 團原本預定進行「不可思議探索巡邏」，但長門、實玖瑠、古泉三人罕見地同時缺席。 最後集合地點只剩下阿虛與涼宮春日兩人。 為了打發時間，兩人在咖啡店閒聊。阿虛心血來潮，決定對春日說出一直以來的「真話」： 「聽好了春日，長門其實是外星人，朝比奈學姊是未來人，而古泉是超能力者。」 然而，春日聽完後沉默了幾秒，隨即大怒：「別開玩笑了！這種像漫畫一樣的設定怎麼可能剛好全都在我身邊！」 春日認為阿虛在耍她，憤而離去。 阿虛以為這只是一次失敗的玩笑，卻沒想到這次對話，成為了埋藏在春日深層潛意識中的種子，引發了五個月後的異變。
第一部：漫無止境的文化祭前日
【無法到來的明天】 時間來到秋天，北高文化祭的前一天。阿虛為了趕製 SOS 團的自主電影《朝比奈實玖瑠的冒險》，在社團教室熬夜編輯。 然而，無論阿虛睡著多少次，醒來時永遠是**「文化祭前日」。 古泉察覺了異狀，解釋目前學校已經陷入了春日創造的「封閉的閉鎖空間」**。不同於以往，這次沒有巨大的「神人」破壞城市，而是將眾人困在重複的時間裡。除了 SOS 團成員外，其他學生都只是背景，且記憶會在每天早上重置（雖然會有微弱的殘留）。 要打破這個循環，必須解開春日心中的某種「未練」或「矛盾」。
【春日的願望具現化】 在重複的日子裡，春日對電影製作提出了各種天馬行空的要求，而這些要求隨即扭曲了現實：
她說電影缺乏運動感 → 校庭瞬間變成了巨大的棒球場。
她說電影缺乏健康的色氣（萌要素） → 學校泳池變成了白沙碧海的海水浴場。 阿虛等人被迫在這些異常場景中進行補拍，同時還要應付並未被捲入輪迴、偶爾闖入學校的鶴屋學姊與阿虛的妹妹（她們能自由進出，因為她們是「局外人」）。
第二部：名為「蝴蝶結」的神人
【神祕的少女】 在輪迴中，阿虛多次目擊一名綁著大蝴蝶結的小女孩。 古泉最終確認，這名少女正是這次異變的**「神人（Celestials）」。不同於以往破壞城市的巨人，這次神人擁有自我意識，外表是小時候的春日**，大家稱她為**「蝴蝶結（Ribbon）醬」**。
【深層意識的暴走】 蝴蝶結醬很快就和 SOS 團混熟了，大家一起野餐、甚至闖入實玖瑠的班級辦炒麵派對。 然而，蝴蝶結醬的真實身分是春日的深層潛意識。 她知道阿虛在序章說的那些話是「真的」。她的目的是：逼迫長門、實玖瑠、古泉在表層意識的春日面前使用超能力，讓春日認清現實。 為此，她甚至故意弄塌連結校舍的走廊，試圖讓被困的三人為了自保而使用能力。幸好三人機智地在死角使用了能力脫困，沒讓春日親眼看見。
第三部：兩個春日與最後的抉擇
【消失的夥伴】 某次輪迴醒來，阿虛發現長門、實玖瑠、古泉三人全部消失了。 春日焦急地尋找他們，阿虛也四處奔波。最後，阿虛找到了蝴蝶結醬，但她見到阿虛就跑。 當阿虛追上時，卻發現眼前出現了兩個涼宮春日。 兩人一模一樣，甚至扭打在一起，都宣稱自己是真貨。
【阿虛的質問】 阿虛必須從對話中分辨真偽。
春日 A： 「要是電影大受好評，好萊塢來挖角怎麼辦？」（充滿夢想與活力）
春日 B： 「反正是我拍的電影，評價好是理所當然的。」（冷靜、過於理性）
阿虛認出 A 才是真正的春日，而 B 是蝴蝶結醬（深層意識）變化的。 阿虛將偽物 B 帶回社團教室對質。 偽物終於吐露了心聲： 「為什麼『我』會這麼開心？明明說過對普通人類沒興趣，為什麼現在卻和這些明明是普通人（表層意識認為）的傢伙在一起玩得這麼高興？這不是很奇怪嗎？所以我才創造這個空間，想讓『我』看清真相！」 原來，這次異變的根源，是春日潛意識中的矛盾——她渴望非日常，卻在與「普通人」SOS 團的相處中感到了滿足，這種矛盾引發了自我質疑。
【夥伴的定義】 面對春日潛意識的質問，阿虛給出了答案： 「真是笨蛋啊。原因很簡單，因為不管是長門、朝比奈學姊、古泉還是我，對春日來說已經不是『普通人類』了，我們是 SOS 團的『夥伴』啊！」 「和夥伴在一起感到開心，這是全宇宙普遍的真理。不管潛意識怎麼嘮叨，這點是絕對不會改變的！」
聽到這番話，潛意識的春日（蝴蝶結醬）釋懷了。 「……是嗎？原來我可以覺得開心啊。」 隨後，她化為光點消失。封閉空間開始瓦解。
結局：完成的電影與約定
【Happy End：涼宮春日的約定】 阿虛再次醒來，電腦上的日期終於變成了**「文化祭當日」。 更神奇的是，原本還沒做完的電影編輯工作，竟然已經完美地完成了**。 電腦桌面上留下的編輯紀錄顯示，操作者是「阿虛」。阿虛詢問了能說人話的貓（三味線），貓說：「我看到了，那是你，但不是現在的這個你。」（暗示是未來的阿虛穿越時空來幫忙收尾，或者是某個平行世界的阿虛）。
雖然電影的內容依然亂七八糟（參見原作），但 SOS 團的羈絆更深了。 數日後，春日履行了在輪迴中無意間許下的約定，將 SOS 團全員找來，一起去了遊樂園。 在摩天輪下，春日笑著對阿虛說： 「以後 SOS 團的活動，絕對要全員到齊喔！知道了嗎！」
分歧結局（Bad / Another End）
這款遊戲還有兩個令人印象深刻的特殊結局：
Bad End（黑暗吞噬）： 如果在分辨兩個春日時選錯了人（選了偽物），偽物會露出詭異的笑容：「我才是真的喔。」 隨後，世界被黑暗吞噬，阿虛在絕望中意識到自己鑄下大錯。
Another End（只有兩人的世界）： 古泉為了消滅神人，使用了過度的力量。神人消失了，但副作用是**「春日對非日常的渴望」也隨之消失**。 因為春日不再期望宇宙人、未來人、超能力者的存在，導致長門、實玖瑠、古泉三人直接從世界上「消失」了（被修正掉）。 阿虛醒來後，發現世界變成了一片荒蕪的廢墟（只剩下社團教室完好）。這個世界只剩下阿虛與失去記憶、性格變得極其普通的春日。 為了喚醒春日，讓世界恢復原狀，阿虛在廢墟中花了三天三夜，獨自一人完成了那部電影。 當他播放電影給春日看時，春日的記憶被喚醒：「這部電影的導演是我！有希、實玖瑠、古泉君他們去哪了！？」 隨著春日的吶喊，世界被白光包圍，再次重置回到文化祭前日。
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