第一部：失憶的魔導士
【序幕：被踢進巢穴的英雄】 故事開始於萊澤爾帝國的沃倫村。一名紅髮少女（玩家視角的主角）在村外昏倒，被村民發現。她醒來後發現自己喪失了記憶。 村民認出她是有名的天才魔導士莉娜·因巴斯，於是二話不說就將她踢進了哥布林的巢穴，要求她幫忙退治怪物。 在混亂中，少女遇到了一位名叫卡妮的女孩並結伴同行。在巢穴深處，她們遇到了將哥布林收為小弟的白蛇娜卡。經過一番戰鬥（物理說服），娜卡加入了隊伍。
【早期的冒險】 為了解開身世之謎，主角一行人開始接受各種委託賺取旅費：
九頭蛇事件： 在山中遇到了見習魔導士克蕾兒，但克蕾兒在主角們打倒九頭蛇媽媽時，偷走了九頭蛇寶寶並捲款潛逃。
吸血鬼城： 在約翰尼斯城，長老委託討伐古堡的吸血鬼。事後發現長老才是真正的壞人，主角們憤而將長老痛扁一頓。
第二部：混亂的旅途
【娜卡的暴走】 隊伍來到阿特拉斯城。為了展示實力，娜卡一發大招直接炸平了一座山。因為無力償還債務，娜卡被迫留下做苦力還債，暫時離隊。卡妮也在此時回鄉，主角開始獨自旅行。
【新的夥伴與謎團】 隨後，戰士蕾咪為了高額報酬加入了隊伍。兩人在旅途中解決了各種事件：
里迪克之塔： 擊敗了塔主里迪克，並習得了新的魔法。
毒湯與幻影： 在前往賽拉格的途中，蕾咪因喝了毒湯倒下。此時，神官梅菲兒出現並提供了協助。她告知主角，之前打倒的里迪克其實還活著。
冒牌貨的傳聞： 再次擊敗里迪克與其複製人後，主角在瑪列拉村聽說了關於賽拉格的神木「弗拉古恩」的傳說。同時，各地開始流傳「冒牌莉娜」四處作惡的消息，甚至有村民因為害怕而躲避主角。
【復甦的城鎮】 為了追查冒牌貨的消息，主角來到已成廢墟的西格蒙市。透過收集紋章碎片，主角讓幻影之城重現，並完成了幽靈領主的委託討伐米諾陶洛斯。事後發現委託人長老的真面目是怪物「撼地者」，將其擊敗後，主角習得了更高階的魔法。
在賽倫城，主角遇到了皇室成員菲爾王子，幫忙找回了他借走卻忘記歸還的珍貴魔導書，從魔導士協會長那裡學到了強力魔法。
第三部：身分的質疑
【面對偽物】 主角終於在奧克斯村附近遇到了傳聞中的「壞魔導士」。在怪盜黑狐的協助下，主角打倒了這名冒牌貨。 令人震驚的是，這個冒牌貨長得與主角一模一樣。 「到底我是真的莉娜，還是……？」 為了確認身分，主角去找剛還完債的娜卡，但連娜卡也分不清楚。只好前往休姆森林尋找精通合成獸知識的迪奧爾爺爺。 在那裡，主角遭到了一名叫做加雷伍德的男子襲擊，他稱呼主角為「複製品」，並提到了關鍵字——「瓦爾哈姆」。
【關鍵的鑰匙】 神祕的獸神官傑洛士現身，告知主角若想解開謎團，必須前往「瓦爾哈姆迷宮」，但需要兩把鑰匙。 主角展開了尋找鑰匙的旅程：
護送公主： 在泰瑞爾城被誣陷破壞城鎮，為了洗刷冤屈，主角護送公主前往菲加洛城。途中遇到了前來尋找莉娜的劍士高里。高里加入隊伍，眾人發現菲加洛領主被魔族控制，將其解救。
集結夥伴： 在尋找鑰匙的過程中，賽倫的阿梅莉亞與合成人傑路剛帝士也陸續加入隊伍。
第四部：衝擊的真相
【我是誰？】 集齊鑰匙進入迷宮深處，主角終於見到了創造者——魔族瓦爾哈姆。 瓦爾哈姆冷酷地揭露了真相： 玩家一直操控的這個「主角」，並不是真正的莉娜·因巴斯，而是魔族製造出來的「複製品（人造人/Homunculus）」。
魔族的計畫是量產莉娜的複製品，讓它們互相廝殺並成長，最後讓魔力最強的個體施展足以毀滅世界的禁咒——「重破斬（Giga Slave）」。 主角只不過是這項實驗中比較優秀的一個樣品。
【真正的莉娜】 雖然深受打擊，但主角拒絕成為毀滅世界的工具。她打倒了瓦爾哈姆，並得知真正的莉娜被囚禁在異次元。 根據阿梅莉亞的直覺與線索，眾人前往神木弗拉古恩。利用高里的光之劍作為鑰匙，打開了通往異次元的大門。 在異次元中，主角擊敗了阻擋去路的傑洛士，發現了被封印在水晶中的真正莉娜·因巴斯。 同時，一個擁有強大魔力的「莉娜複製品」襲來，企圖執行毀滅世界的任務。主角將其擊敗。 最後，幕後黑手——五大魔王心腹之一的獸王 潔拉絲·美塔利歐姆現身。主角與夥伴們合力將其擊退。
第五部：真·結局與弒神之路
【打破第四面牆】 戰鬥結束後，真正的莉娜被救出。 畫面開始播放工作人員名單（Credits），遊戲似乎結束了。 但就在這時，因為在整個遊戲中完全沒有戲份、被關在水晶裡當花瓶的真正的莉娜大發雷霆： 「我根本沒出場啊！這種結局我才不接受！」 莉娜一腳踢飛了「FIN（劇終）」的字幕，強行讓遊戲繼續。
【邁向卡塔特山脈】 此時，遊戲進入「真·後半段」。
命名與組隊： 玩家需要給一直以來操控的「複製品主角」取一個新名字（不再叫莉娜）。同時，玩家可以自由組隊，從高里、阿梅莉亞、傑路剛帝士、娜卡、甚至真正的莉娜之中選擇 3 人作為夥伴（加上主角共 4 人）。
收集七色之鑰： 為了進入最終決戰地「卡塔特山脈」，主角必須巡迴世界收集紅、藍、黃、紫、銀、金、綠七把鑰匙。這也是對之前所有冒險地點的總回顧。
【最終決戰】 集齊鑰匙後，主角一行人攻入卡塔特山脈深處。 在那裡等待著的，是傳說中的大魔導士雷·馬格斯。 擊敗他後，他現出了真面目——赤眼魔王 夏布拉尼古德（七分之一碎片）。 這才是真正的最終BOSS。 經過二段變身的死鬥，由「複製品」帶領的隊伍終於擊敗了魔王，拯救了世界。 這一次，真正的片尾名單終於滾動，故事迎來了真正的大結局。
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