本作以 Konami 獨家研發的 VRC7 音源晶片所帶來的 FM 音源（在 FC 上實現了超越時代的豐富音色）而聞名。故事講述了在發生生化危機的太空殖民地中，一名年輕飛行員與夥伴們為了人類的未來而戰的硬派科幻冒險。
拉格朗日點：星海中的生化叛亂
序章：第三次調查隊的覆滅
【被詛咒的伊西斯星團】 22 世紀，人類在地球軌道的拉格朗日點建立了巨大的太空殖民地群——伊西斯星團（Isis Cluster）。它由兩個巨大的圓筒形殖民地（Land 1 居住區、Land 2 農業區）和工業衛星基地組成。 然而，一場突如其來的「生化危機（Biohazard）」席捲了 Land 2，與地球的通訊徹底中斷。 在兩次調查隊失聯後，主角**金（Jin）**作為第三次調查隊的專屬飛行員，駕駛穿梭機降落在了 Land 1 的伊西斯市。
【襲擊與遺言】 剛踏出艙門，機械兵團便發動了襲擊。調查隊全滅，只有金倖存下來，被救護隊拖回了醫療室。 瀕死的隊長在臨終前抓住了金的手： 「找到……舒託爾特（Stolte）……」 這是唯一的線索。金必須在這片混亂的土地上，尋找這個名字背後的真相。
第一章：Land 1 的抵抗與集結
【伊西斯市的孤立】 金發現自己身處絕境。伊西斯市被封鎖，市長逃往了小行星維斯塔 1（Vesta 1）。 為了獲得行動許可，金前往維斯塔 1，從市長口中得知： 伊西斯的最高統治者「五大總統（President Five）」中，有三人（奧雷吉、雷德斯馬、韋伯）背叛了人類，接受了生化改造，組建了**「生化軍（Bio Army）」**。而那個舒託爾特博士，正是這一切的幕後黑手。
【機械與血肉的夥伴】 回到 Land 1，金開始集結力量。
丹尼斯：光頭肌肉男，前調查隊倖存者。
莫里塔博士：武器專家，被困在鋼鐵城的工廠裡。
阿斯特羅：叛逃的鋼鐵部隊士兵，揭露了指揮官丹將軍的陰謀。
小雞（Chick）：湯姆湯姆博士製造的戰鬥機器人。
金穿梭於各個城市之間： 在鋼鐵城（Iron City），他發現負責守衛的「鋼鐵部隊」指揮官丹將軍行為詭異，似乎在策劃什麼。 在陶瓷城（Ceramic City），他遇到了頑強抵抗的「陶瓷騎士團」和身負重傷的傳令兵。 最終，金與生化三將軍之一的**奧雷吉（Oregi）**正面交鋒。 在激戰後，奧雷吉恢復了人形，臨死前仍堅信：「只有生化皇帝（Bio Kaiser）才能拯救地球。」
第二章：Land 2 的分裂大地
【抵抗組織的網絡】 金乘坐穿梭機來到了受災最嚴重的 Land 2。這裡的大地被巨大的裂縫撕裂，生化軍肆虐。 金聯繫上了分散各地的抵抗組織：
馬鈴薯部隊（Potato）：在西部死守武器庫。
生化人部隊（Cyborg）：由從地球趕來的精銳組成，隊長沃爾夫正為了基地被丹將軍掠奪而暴怒。
橙色營地（Orange）：保護著溫順變異生物「繆（Mew）」的避難所。
【尋找翻譯機】 為了與變異生物「繆」溝通，金潛入了充滿紫色毒氣的「生化樂園」。 在那裡的研究所深處，他找到了「繆之翻譯機」。 有了它，金聽到了繆的聲音：丹將軍在裂縫對面的紫色城鎮裡。
【丹將軍的背叛】 金追蹤丹將軍到了紫色城鎮（Purple Town）。 原來，丹將軍為了在這場混亂中獲得力量，早已投靠了生化軍。 金擊敗並逮捕了丹將軍，將其交給了憤怒的生化人部隊。 （但狡猾的丹將軍後來被流放時，反而利用這一點深入了生化軍內部）。
第三章：生化軍的陰謀與塔尼亞的犧牲
【解鎖凱撒之路】 集齊了三個部隊的數據盤後，衛星基地的東哥（Togo）會長授予金「蓋亞戰士」的稱號。 利用解碼數據，金打開了通往 Land 2 西部的地下通道——凱撒之路（Kaiser Road）。 在通道深處，金再次遇到了丹將軍。但他已經逃進了通往生化宮殿的深處。
【中心城的決戰】 金來到了 Land 2 的核心——中心城（Center City）。 這裡被生化三將軍之二的**雷德斯馬（Ledesma）**佔據，科學家們被迫在此建造入侵地球的宇宙船。 金擊敗了雷德斯馬。雷德斯馬死前狂嘯：「地球的環境已經毀了！只有生化之軀才能生存！」
【最後的總統】 科學家透露，五大總統中唯一反對生化計劃的塔尼亞議長被囚禁在小行星維斯塔 3。 金前往營救。塔尼亞議長將最強的防護服交給金後，為了承擔伊西斯崩潰的責任，選擇了引爆基地自盡。 「去吧，蓋亞的戰士！保護地球！」
終章：生化宮殿與進化的終點
【最後的將軍】 通往生化宮殿的路上，最後的將軍**韋伯（Weber）**擋住了去路。 他揭示了真相：伊西斯星團不過是一個巨大的實驗場，為了測試人類能否通過生化改造適應惡化的環境。 擊敗韋伯後，金終於站在了生化宮殿的大門前。
【兩個生化皇帝】 在宮殿上層，金遇到了一個自稱生化皇帝的男人。 一番苦戰後，那人的面具碎裂——竟然是丹將軍！ 這個充滿野心的小丑，妄圖篡奪生化軍的最高權力，最終卻只是一個可悲的偽物。
【真·生化皇帝】 在宮殿的最底層，真正的恐怖等待著。 舒託爾特博士，也就是真正的生化皇帝（Bio Kaiser）。 他已經不再是人類，而是一個融合了無數生物特徵的異形怪物。 「看看這個身體！這就是人類進化的終點！只有這樣才能在宇宙中生存！」 這是一場關於人類定義的決戰。 金與夥伴們（機器人、生化人、變異者）並肩作戰，證明了「心」與「羈絆」才是人類最強大的武器。 在一場驚天動地的戰鬥後，生化皇帝崩潰了，連同他的瘋狂野心一起化為灰燼。
【尾聲：星之彼端的吻】 穿梭機載著英雄們回到了 Land 1。 和平重歸伊西斯。 夥伴們各自道別：
生化人部隊決定返回地球，繼續守護那裡。
機器人小雞領悟了科技應為人類服務的真諦。
丹尼斯將金高高拋起，享受著勝利的喜悅。
在歡呼的人群中，那位在遊戲開始時救了金一命的護士小姐走了過來。 在英雄的臉頰上，輕輕落下了一個吻。 這就是對蓋亞戰士最好的獎賞。
—— Lagrange Point End ——
【深度解析】
超越 FC 的表現力 Konami 在卡帶中內建了 VRC7 晶片，使得本作的音樂具有厚重的 FM 音源質感，營造出一種悲壯且宏大的太空歌劇氛圍。這在 8 位元主機上是絕無僅有的體驗。
硬派的科幻設定 遊戲探討了「環境汙染」、「人體改造」與「生存倫理」。舒託爾特博士並非單純的惡人，他是一個被「人類滅亡」的恐懼逼瘋的極端理性者。這種反派動機讓劇情有了深度。
群像劇的魅力 遊戲中有大量可加入的夥伴（機器人、生化人、變異者），他們各自代表了對「進化」的不同看法。這種多樣性強調了遊戲的主題：無論外表如何改變，只要有心，就是人類。
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