【主要人物】
美希 (ミキ)：日裔，15歲。對生存有強烈的執著。
明日菜 (アスナ)：俄羅斯裔，16歲。自尊心強且自我中心。
克蘿耶 (クロエ)：德裔，16歲。兼具天才般的頭腦和傲慢自大。
歐爾加 (オルガ)：俄羅斯裔，17歲。受到擔任醫局長的父親精英教育的優等生。
糸果 (イトカ)：斯拉夫裔，17歲。性格懦弱，心智比外表更幼小。
橘子 (オレンジ)：成年女性。與美希和克蘿耶的關係特別深。
【共通】
人類居住在地下建造的巨大生活設施**「方舟 (ファウンデーション)」的世界。
已經過了漫長歲月，「地上」**只存在於童話故事中。
奈米機器已實用化等，文化與文明屬於近未來。
某天，方舟內突然發生了**「異變」**。
美希因腳被金屬管夾住而未能及時逃離，但最終成功脫困。
走出房間後，她發現全身沾滿鮮血、茫然佇立的少女——明日菜。
美希試圖照顧昏迷的明日菜，但找不到外傷，懷疑她是生病，在尋找醫療包時遇到了新的人物——歐爾加。
用歐爾加攜帶的醫用掃描儀（手持式醫療診斷機）檢查明日菜，顯示結果是**「致命級別的放射線暴露」**。
這裡是居住區，附近不應該有發出放射線的東西……。
之後，歐爾加在醫局取得藥品並給予注射，明日菜恢復了。
再加上在醫局遇到的可疑少女——克蘿耶，四人聚集在一起。
此時，糸果獨自一人在睡眠中持續做著各種惡夢。
當她從夢中醒來時，正好美希等四人發現了她，
糸果於是作為第五名成員跟隨他們。
五人就這樣開始探索，但不知為何沒有遇到其他人。
即使連上網路，也完全沒有其他人活動的痕跡。
大家都去了哪裡？有沒有安全的地方？
漫無目的的探索持續著。
同時，五人的過去和各自的盤算也逐漸被揭露。
美希原是跳高選手。在大賽前一週腳部嚴重受傷，但因一位陌生女性帶有挑釁意味的鼓勵而精神上振作起來。
然而緊接著她和父母在列車上遭遇恐怖攻擊，父母身亡，美希下半身癱瘓。
美希對恐怖攻擊的執行者懷有憎恨，這種復仇心也轉化為對生命的執著。
順帶一提，在這次「異變」發生時，她一直乘坐的輪椅壞了，但她的腿奇蹟般地恢復了活動能力，現在可以走路了。
明日菜厭惡同學穗香（ホノカ）對自己的過度依賴，認為對方「理所當然地認為我會幫她」。
然而，穗香無論如何被冷落，都無法停止對她的依賴，這讓明日菜的焦躁感不斷累積，她說出**「從我面前消失」。幾天後，穗香跳樓自殺**。
明日菜後悔沒能幫助穗香，因此對和穗香相似、性格懦弱的糸果感到焦躁，但也同時關心著她。
自稱克蘿耶的少女，是以「普里斯特（Priest）」為ID活動的天才駭客。
她喜歡使用將大腦直接連接到網路的頭戴式耳機這種危險方法。
她在10歲時遇到了技術超越自己的**「橘子」，因為不想承認有比自己優秀的人存在，所以追逐著她，想要展現自己的優秀。
透過這層關係，她被橘子招募加入了一個以「地上」為目標的半宗教組織，進行恐怖活動。
在這次「異變」發生時，她的房間裡突然出現了黑色羽毛和刻有數字的書**。
她認為這是教義中關於打開地上之門的「黑翼之人」的線索，並判斷自己被選為將眾人引導向地上的神官「克蘿耶」。
她（擅自）取代了當代的克蘿耶——橘子，自稱克蘿耶，並根據線索在方舟內進行探索。
歐爾加的父親是醫局長，但她對其他四人隱瞞了這一點，以免引起不必要的反感。
雖然有時會對嚴格的父親感到窒息，但她基本上是尊敬他的。
由於認真的性格和「如果不能回應父親的期望就會被拋棄」的強迫觀念，她試圖在五人中扮演領導者的角色，但常常適得其反。
尤其是討厭高高在上態度的克蘿耶，對歐爾加表現出明顯的厭惡。
糸果原本生活在醫局分配的單間房內。
有一次，她無意中走出了多重上鎖的房間，而契機是**「夢見自己走出房間」。
因此，她被工作人員當作正式實驗的對象，度過了艱難的日子。
即使現在與美希等人同行，糸果仍頻繁地做著具有現實感的惡夢**，並為此擔憂，因為每次做夢，印在她身上的謎樣數字就會減少1。
探索中，他們發現了一個還有燃料的鍋爐，於是決定輪流洗澡。
糸果在洗澡時失去了意識，夢見自己**「誤將鍋爐的燃料管流量調到最大」**。
醒來的糸果確認身上的數字又減少了，嘆了口氣。
此時，克蘿耶目睹了連糸果自己都沒察覺到的異常現象。
在糸果失去意識後的一瞬間，空間發生扭曲，淋浴的水由熱變冷。
鍋爐的燃料耗盡，像是在幾個小時前就熄火了一樣冷卻了。
結合她看到數字減少而嘆氣的樣子，克蘿耶開始懷疑**「糸果到底是誰？」**。
在另一天的探索中，歐爾加對自己萌生對克蘿耶的殺意感到困惑。
用醫用掃描儀掃描後，結果顯示**「感染了弗里奧病毒（フリオウイルス）」。
掃描其他四人，美希和明日菜也出現了相同的結果。
克蘿耶解釋說：「這是一種感染大腦、增強憤怒情緒、並在一天內使人變成廢人的病毒。」
她建議將三人各自關在單間房裡觀察一天。
歐爾加雖然懷疑這個解釋，但掃描儀的反應是真的，因此贊成隔離，
三人便被鎖在單間房裡隔離了一天**。
歐爾加利用房間裡的電腦和父親的ID卡，
從醫局的機密情報中查閱弗里奧病毒的相關數據，得知了它的真面目。
弗里奧病毒是一種感染人體免疫系統奈米機器的病毒程式。
它在體外感染時的行為是**「移動」，不會在感染源留下副本，
但它透過醫用掃描儀移動**，因此在多人身上出現了反應。
治療方法是利用奈米機器在-20°C下會被初始化的冷凍睡眠療法。
考慮到掃描的時間和次數，目前病毒在醫用掃描儀中。
歐爾加認為如果克蘿耶使用它會很危險，於是設法解鎖房間，走了出去。
（※從這裡開始路線分歧）
【路線1】
克蘿耶在將三人關在單間房時，就已經察覺到弗里奧病毒的特性。
只要等上一天就能知道病毒的所在，將它轉移到醫用掃描儀裡就能解決問題。
……正當她這麼想時，糸果突然陷入錯亂，拿起木棍毆打她。
克蘿耶本能地使用醫用掃描儀，糸果發出尖叫，同時克蘿耶也失去了意識。
她做了一個夢：「美希、明日菜、歐爾加，以及自己，都躺在冷凍睡眠裝置中。」
「自己所在的裝置發生錯誤，無法出來。」
隨後，克蘿耶被走出房間的歐爾加扶起，恢復了意識。
兩人商量後決定，五人全員接受冷凍睡眠療法。
克蘿耶因為看到冷凍睡眠裝置所在的房間與夢中的場景相同，
產生了不祥的預感，於是選擇進入與夢中不同的裝置，
而夢中克蘿耶所在的裝置則由歐爾加使用。
幾個小時後，冷凍睡眠療法結束時，
歐爾加的裝置處於錯誤狀態，無法醒來。
克蘿耶暗自慶幸最大的障礙意外消失了。
其他三人毫無察覺，決定放棄歐爾加，繼續前進。
移動途中，他們經過了墓地，克蘿耶去看了橘子的墓。
某天，橘子只告訴克蘿耶「下次的作戰已經洩露給管理局」，
但克蘿耶沒有向組織報告，橘子自己作為指揮官參加了作戰並死亡。
克蘿耶對她的死存疑，用醫用掃描儀檢查橘子的遺體，結果發現遺體是利用奈米機器偽造的。
克蘿耶感到無力，心想自己難道只是在橘子的掌控中行動嗎？
但在那一刻，是幻覺嗎？她看見美希的背後有黑色的翅膀。
確信美希是**「黑翼之人」**的克蘿耶，深信自己已經走在了橘子前面，於是繼續前進。
在某處，由於想法淺薄卻想掌握主導權的明日菜犯了錯，
所有人被關在房間裡，氧氣殘量變得危險。
距離逃脫需要數小時，明日菜卻歇斯底里地吵鬧，浪費氧氣，
並對指責她的美希大喊**「你要放棄嗎，你這失敗者！」**。
憤怒的美希陷入錯亂，加上克蘿耶的教唆，她用槍射殺了明日菜。
美希清醒過來，對自己的行為感到恐懼，而克蘿耶則因障礙物消失而竊笑。
接著，克蘿耶根據糸果至今的樣子，推測她的真實身份是她在醫局伺服器中
片段看到的機密情報中所提到的**「擁有產生扭曲時空腦波的人」。
她侵入管理局伺服器的深處，確信這是事實。
這意味著糸果是「能改寫現實的人」。
她懷疑自己獲得的啟示（房間裡出現的書）是糸果造成的，
為了否定這一點，也為了排除可能阻礙她前往地上的人，
她引誘糸果進入網路，讓她觸發安全防禦，偽裝成意外死亡將其殺害**。
這樣一來，只剩下克蘿耶和美希。
克蘿耶判斷自己快要追上橘子，趁美希睡著時前往下一個地點，
果然與橘子對峙。橘子回答了克蘿耶的疑問。
她過去沒有將作戰洩露給組織，是因為洩露的主謀在組織高層。
因此無法中止作戰本身，她能做的極限就是偽裝自己的死亡逃走。
橘子已經對這個忘記「解放人民，引導他們走向地上」理念，沉迷於破壞政府設施和內部紛爭的組織徹底失望，開始獨立行動。
說完這些，橘子請求克蘿耶作為同志伸出援手。
緊接著，追上來的美希對著橘子開槍，橘子本能地反擊。
美希和橘子兩人身受致命傷。
在死亡面前，橘子向克蘿耶講述了前往地上的方法。
「黑翼之人」是「開啟鑰匙之人」，而不是鑰匙本身。
開啟地上之門的鑰匙，是醫局秘密進行的聖像計畫 (イコンプロジェクト) 實驗體，被稱為**「聖像」的少女，也就是糸果**。
克蘿耶失去了曾經的對手和目標——橘子，失去了同伴——美希，
甚至失去了前往地上的手段。
被失落感籠罩的克蘿耶，前往歐爾加沉睡的冷凍睡眠室，
將美希的遺體放入裝置後，她也設定了長時間的定時，進入了冰冷的沉睡。
克蘿耶END【永遠】
【路線2】
糸果察覺到了。
她看到的夢境內容，是其他四人過去經歷的場景。
「看到別人的夢數字就會減少，那麼殺死所有人就不會再做夢，數字也不會減少。」
「不對，不能這麼想，會這麼想一定是病毒的錯，我被感染了，被感染了也沒辦法……」
陷入錯亂的糸果攻擊了克蘿耶。
被反擊使用醫用掃描儀後，她真的被病毒感染，失去意識。
糸果在那裡看到了自己過去的夢。被醫局工作人員催眠，
睡著時會做惡夢，醒來後則是痛苦不適的藥物注射和實驗的日子。
糸果感到憤怒，醒來後帶著激憤破壞了眼前的冷凍睡眠裝置。
另一方面，從克蘿耶的角度來看，事態的發展與【路線1】的同一場景大致相同。
但由於發生錯誤的裝置被糸果破壞了，五人全都平安醒來。
由於糸果比其他人先醒來，加上夢中糸果沒有在裝置裡，
克蘿耶對**「糸果是否沒有進行冷凍睡眠？」**的懷疑更深了。
一行人接下來應歐爾加的要求（想補充藥品），前往研究區。
但這只是個藉口，歐爾加有另一個目的。
她想起了過去父親曾有一段時期非常消沉，原因就是這裡進行的計畫受挫。
探索結果，她發現了糸果過去住過的房間，
歐爾加得知糸果與那個計畫有關。
之後與【路線1】相同，克蘿耶殺害了糸果。
接著，錯亂的美希在克蘿耶的教唆下射殺了明日菜。
明日菜透過歐爾加的緊急處置得以延命，但情況不容樂觀。
歐爾加基於「醫生是拯救生命的人」的使命感，決定進行手術，但隨即發生停電。
要恢復供電，只能在穿著耐火服也只能撐10分鐘的高熱發電爐中操作。
或許是出於對明日菜的罪惡感，美希主動穿上耐火服進入爐內，
無視克蘿耶的警告，超出了極限時間，操作了閥門。
電源雖然恢復了，但美希無法出來，力竭身亡。
另一方面，歐爾加在電源恢復後立即開始對明日菜進行手術，
但畢竟只是個未受過正規教育的醫生學徒，明日菜最終不治身亡。
這樣一來，只剩下歐爾加和克蘿耶。
克蘿耶無意中發現歐爾加持有的ID卡是醫局長的，
便向歐爾加提出**「用這張卡查閱機密情報，掌握『異變』的資訊」的建議，
兩人在醫局伺服器開始調查聖像計畫**。
她們獲得了「聖像是10年前發現的舊政府資料中記載的『改寫現實的人』」
「9年前開始聖像複製品製作計畫，但陷入危機而凍結」的資訊。
克蘿耶因此意識到聖像（＝地上之門的鑰匙）就是糸果。
此時克蘿耶不經意說出的後悔台詞，讓歐爾加對克蘿耶產生了疑慮。
兩人以「尋找聖像」為名，前往舊政府的生物化學實驗樓。
她們躲過了不知為何活著的巨大蜥蜴狀生物的攻擊，到達了深處。
但歐爾加早已看穿克蘿耶所說的「尋找聖像」是謊言。
歐爾加搶先拿到了克蘿耶真正目的的刻有數字的書，
並將從美希那裡拿來的槍對準克蘿耶。
如同之前的美希一樣，處於極限狀態而陷入錯亂的歐爾加，
不僅說糸果和明日菜是克蘿耶殺的，
還斷定包括這次「異變」在內的一切都是克蘿耶策劃的，然後射殺了克蘿耶。
「醫生是拯救生命的人。但我現在也成了殺人犯了。」
「或許已經沒有必要在意了吧。」
——在歐爾加面前，數十隻聞到硝煙味的巨大蜥蜴聚集過來。
歐爾加END【封印】
【路線3】
被關在單間房期間，美希回憶起了過去。
美希腳受傷時鼓勵她的女性，自稱**「克蘿耶」。
美希敬仰她，曾主動提出想幫她工作，但一直被拒絕。
而在美希捲入那次恐怖攻擊之後，她來拜訪了美希。
她說，她看到了美希身上具備某種資質，為了讓它開花結果，
她故意讓美希捲入恐怖攻擊，但最終還是失敗了。
道歉之後，她再也沒有出現在美希面前。
（※這位女性是前代克蘿耶，也就是橘子**）
弗里奧病毒事件與【路線2】的發展一樣，以全員生還解決。
在漫無目的徘徊的情況下，克蘿耶提出了**「以地上為目標」。
其他四人對這個只存在於童話中的地方感到困惑，
但他們成功啟動了一部長長的上升電梯，實際到達了植物茂盛的地方**。
然而，這個地方不是地上。天空是圓頂狀的，顯然這裡是室內。
而且緊接著發生的地震，導致設施外牆受損，岩漿湧入。
大家逃跑途中，歐爾加扭傷了腳無法奔跑，
她判斷「不阻擋岩漿誰都救不了」「醫生是拯救生命的人」，
於是啟動了放下隔牆的裝置，以犧牲自己來拯救了所有人，被岩漿吞噬。
之後，剩下的四人前往墓地，美希在父母的墓前，
重新下定決心要向恐怖攻擊的執行者克蘿耶（橘子）復仇。
接下來與【路線1】相同，發生克蘿耶殺害糸果，以及美希射殺明日菜的事件。
這樣一來，只剩下美希和克蘿耶。
兩人在徘徊中到達了方舟的舊區，
發現了一個刻有**「地上之門的鑰匙『聖像』」的冷凍睡眠裝置。
但裝置已經停止運作，打開後裡面的東西已經化為塵土**。
克蘿耶雖然失望，但發現了一張畫有羽毛和數字、指示目的地的便條。
由於墨水未乾，她判斷橘子就在前面。
美希在這連串事件中聽到了克蘿耶的囈語，得知
克蘿耶和自己所認識的過去的克蘿耶（橘子）屬於同一組織，
並知道橘子就在克蘿耶前往的方向。
便條指示的目的地是通往地上的長梯的盡頭。
美希先行攀登，長時間向上爬後，梯子因老化開始逐漸崩塌。
「在見到那個女人之前我不能死」「一個人或許還能撐住」
美希瞬間做出這個判斷，將槍口對準緊隨其後攀登的克蘿耶的額頭，開槍。
那一瞬間，克蘿耶看到了美希背上的黑色翅膀，
高喊「果然沒錯，美希就是通往地上的鑰匙！」，隨即斃命墜落。
目睹了這一切，在崩塌平息後，美希獨自一人爬上了梯子。
美希END【羽】
【路線4】
被關在單間房期間，明日菜一直在思考。
明日菜在5年前發生的高能反應爐輻射洩漏事故中失去了父親，此後
她持續遭受母親再婚對象的性虐待，以及母親的嫉妒。
另一方面，明日菜曾解救被老師脅迫的穗香，穗香從此對她產生過度依賴。
穗香自殺和現在仍然活著的自己，兩者之間有著**「被大人傷害，沒有其他人可以依靠」**的共同點，為什麼會出現差異？
她得出結論：因為她內心有著已故父親作為精神支柱。
之後，弗里奧病毒事件與【路線2】一樣以全員生還解決，但
與【路線3】一樣，在以地上為目標的探索中歐爾加犧牲於岩漿。
之後，在明日菜和克蘿耶的組合探索中，到達了系統控制室。
想要在網路上尋找機密信息的克蘿耶，
與想了解父親死因的明日菜同行，兩人進入了虛擬空間。
克蘿耶發現橘子的痕跡而衝動行事，導致明日菜觸發了安全防禦，
克蘿耶只好將明日菜單獨避難到安全區域。
明日菜在避難處的書庫中閱讀高能反應爐事故的機密情報，但只得到了以下資訊：
「事故導致放射能洩漏，2小時後現場被全面封鎖」
「原因似乎與醫局的絕密計畫**『聖像』有關，但詳情不明」
「事故發生前目擊到一名長髮十多歲女性**，但未發現相關人員，真偽不明」
「死亡5人，重傷3人，遺體放棄回收」
她無法得知父親工作的具體情況和死亡的細節而感到失望。隨後登出。
此時，克蘿耶已因安全防禦對大腦的損害而死亡。
剩下三人繼續探索中，在舊通道發生崩塌，明日菜和美希被困。
門雖然有，但只能從外面打開。明日菜樂觀地認為「糸果會幫我們打開的」，
但卻又聲稱「自己已經盡力了」，這讓美希大為光火。
美希諷刺地說：「我們第一次見面時妳全身是血，是不是殺了什麼人？」
明日菜對當時的記憶模糊，加上聯想到穗香的自殺，無法反駁。
這時發生了火災，情況驟變，必須立即逃脫。
美希從地板上的洞掉進了出口被堵住的房間，
她警告明日菜不用管她，繼續前進。
但是，明日菜跳進了洞裡，對美希說：
「我曾經拋棄了向我求助的人，讓她死了。所以我是一個殺人犯。」
「妳猜測我見到妳之前殺了人，或許是對的。」
「但是，正因為如此，我不想再讓任何人死在我面前。」
聽到這番話，美希將她聯想到曾經拋棄自己的克蘿耶（橘子），
心想她或許也曾為拋棄我的選擇而煩惱和後悔。
對橘子的執著消失的美希，採取了危險的手段爆破牆壁，
雖然爆破成功讓明日菜得以逃脫，但美希卻被捲入爆炸中身亡。
這樣一來，只剩下明日菜和糸果。
糸果又做了一個惡夢。一個警報大作的工廠般的地方的夢。
這個夢本身不是第一次，但這次不知為何明日菜也進入了夢中。
糸果向困惑的明日菜解釋了情況，明日菜半信半疑地接受後，
意識到這裡是5年前事故發生時的高能反應爐。
她意識到如果夢中的改變能影響現實，或許可以拯救父親，
於是她前往中心區，但在途中，糸果踩空不穩的立足點，瀕臨墜落。
糸果和父親，如果救了一方，就沒有時間去救另一方了。
明日菜無法拋棄糸果，她告訴自己父親本來就是已經亡故的人，
試圖說服自己去救糸果，
但晚了一步，糸果墜落，重重地摔在了地面的上。
明日菜抱起渾身是血的糸果，但已經太遲了。
糸果告訴她：「我的死亡將會改寫現實。」
「明日菜會忘記我，回到遇到我之前。」說完便力竭身亡，
正如她所說，夢的世界結束，明日菜回到了現實。
在高能反應爐事故現場，受到放射線暴露，渾身沾滿糸果的鮮血的明日菜。
在迷迷糊糊中回想，雖然記不起任何具體的事情，但**「『那個孩子』、所有人和父親，我誰都沒能救」的後悔充滿了她的心。
緊接著，明日菜被一位年紀相仿的黑髮少女發現**。
明日菜END【循環】
如果故事發展脫離了各路線的主線，
或者在通關其他4條路線之前，就按最終路線的流程進行，則會進入以下的壞結局。
【壞結局】
故事一旦回到過去，回到**「異變」發生前不久**的時間點。
橘子離開組織後，獨立收集政府機構的機密情報。
她查明了地上不再是適合人類居住的環境，而再生該環境所需的正是
醫局絕密計畫的實驗體**「聖像」。
聖像的能力是：透過特殊腦波「以夢境的形式移動到平行世界」、
「透過在該世界進行干預，用該世界替換原有世界」。
舊政府為了再生地上而創造了聖像，但最終失敗了。
現政府找到了這些資料，並以其為基礎創造了新的聖像**，以用於方舟內的統治。這個聖像就是糸果。
然而，他們無法控制糸果的能力，5年前實驗中發生的空間扭曲，
偶然穿透了高能反應爐，導致大災難，計畫被凍結。
糸果也被安排無限期地進入冷凍睡眠。
橘子找到糸果，解除了冷凍睡眠，
試圖將地上再生所需的「再生後的地上景象」傳輸給糸果。
但是，看到用於直接將景象傳輸到大腦的醫用掃描儀，糸果聯想到痛苦的實驗日子，陷入恐慌狀態，許下了「所有人都消失吧」的願望。
糸果的能力受到這個願望的影響，現實被改寫，
方舟裡的人們瞬間消失，同時方舟本身也開始崩塌。
這就是**「異變」的開始**。
橘子連上網路後意識到事態，得知普里斯特仍然健在。
誰能成為引導地上的人，是自己還是普里斯特？
橘子抱著一線希望，留下了傳達自己足跡的便條，前往地上。
然後故事回到現在。
數字僅剩1的糸果面前，橘子出現，再次向她描述了地上的景象。
但糸果在夢中看到的並非再生後的地上世界，
而是在平靜的公園裡放鬆，感受著寧靜幸福的景象。
同時，數字變為0，糸果帶著幸福的表情永遠地睡去。
另一方面，確信糸果已成功的橘子，開啟了通往地上的門。
她看到門後並非再生後的地上，而是荒廢的灼熱世界。
「到底為什麼？」「我哪裡搞錯了？」
還沒等她想明白，橘子就被灼熱的風燒燬了。
壞結局【ZERO】
【最終路線】
首先，弗里奧病毒事件與【路線2】一樣以零死亡解決，
接著與【路線4】一樣，克蘿耶因安全防禦而死亡。
然後與【路線2】一樣，歐爾加要求前往研究區。
但在那裡發生火災，只有糸果未能及時逃脫。
為了確保其他四人的安全，必須拋棄糸果，關閉防火閘。
在歐爾加猶豫不決時，明日菜衝出去救了糸果，
但受傷於崩塌天花板的明日菜無法返回，死亡。
歐爾加對自己試圖拋棄糸果的決定，以及因此導致明日菜死亡的結果，
感到後悔和迷茫。
之後，與【路線2】一樣，歐爾加為了保護大家被熔岩燒死。
至此，只剩下糸果和美希。
糸果做了一個她經常做的夢，一個在行駛列車中的夢。
然而，過去所有類似的夢都是以**「列車事故大破，糸果的腳受重傷」結尾，
但這次美希坐在隔壁車廂**，事故結束後沒有人受傷。
將這次事件與至今發生的現象聯繫起來思考，
糸果首次意識到「我或許在夢中改變了現實」。
當她再次做同樣的夢時，她試圖改寫這個夢境（美希的過去）。
但是，她啟動緊急停止裝置晚了一步，緊接著事故發生。
由於時間點的改變，美希受了致命傷。
結果，在現實中美希在此時死亡，她直到現在的存在本身也被抹消。
最終只剩下獨自一人的糸果，她沒有做任何事，只是在夢與現實之間往返。
但是，當數字終於變成1時，她因為寂寞而強烈許願「想再見到大家」。
接著開始了最後的夢。那是其他四人出現，大家為重逢而歡喜的夢。
糸果在這裡首次得知「夢的內容可以由自己選擇」。
糸果向大家解釋了自己知道的情況後，
擁有預備知識的克蘿耶承認了糸果話語的可信度。
為了尋求更多資訊，克蘿耶對前人未至的管理局伺服器最深處進行駭入，
成功突破安全防禦，接觸到管理電腦「深度思想 (ディープ・ソート)」。
深度思想應五人的要求，講述了關於這次**「異變」**的資訊。
大約300年前，隨著太陽開始膨脹，地上變成了灼熱的世界，
人們在地下建造了方舟並遷移居住。
但太陽膨脹帶來的毀滅，即使躲在地下也無法倖免，
經過研究，他們通過將整個方舟轉換為量子狀態，
使其變為不受物質束縛的單純「狀態」。
比喻來說，這是一種將所有平行世界都數據化，並封裝在一個堅固「箱子」裡的狀態。
儘管被封閉，科學家們仍保留了能夠返回物質存在的希望。
當**「箱子」被打開時，量子化（數據化）的世界會消散到物質世界中。
此時，他們設計了一個機制：讓這個量子化世界的「觀測者」強烈想像理想的世界**，
然後用這個景象覆蓋物質世界。
承擔這個角色的**「觀測者」被命名為「聖像」。
作為一個附帶作用，聖像因為可以從外部觀測量子狀態的世界，
所以能夠以時間和空間隨機連接的狀態**，識別出無數重疊的平行世界。
而且，通過觀測和干預它們，可以改寫世界的狀態。
大約250年前，知曉這個事實的人們開始創造聖像。
但他們發現，地上的再生必須只強烈想像「再生後的地上」，
而無法避免其他景象混入，導致無法精確想像。
於是，舊政府的聖像計畫宣告放棄。
另一方面，現任聖像糸果，在懂事之前就被發現潛質並被隔離，
在沒有多餘景象的環境中長大，但由於現政府的目的並非再生地上，而是世界的管理，
因此她也沒有擁有地上的景象，直到現在。
在因「異變」而開始崩塌的當今世界，得救的方法只有一個。
糸果必須獲得初代聖像擁有的「再生後的地上景象」，
然後開放量子化世界，用那個景象來改寫物質世界（地上）。
透過深度思想的資訊，該做的事情變得明確了。
雖然需要從初代聖像那裡接收景象，但初代聖像的下落不明，
所以他們決定利用糸果的能力「移動到能見到初代聖像的世界」。
在糸果入睡後，四人在深度思想的協助下侵入她的夢境，
四人分別落入了與自己過去相關的夢境中。
在這些夢中，
克蘿耶找到了通往地上的鑰匙，被橘子認可為**「真正的克蘿耶」**；
歐爾加為父親泡了美味的紅茶，父親認可了她的成長；
美希克服了傷痛，再次被橘子認可了她飛翔的意願和決心；
明日菜告訴穗香「我會連妳的份一起活下去」，並得到了她的感謝；
每個人都跨越了過去，並在糸果的夢中會合。
在四人的聲援下獲得信心的糸果，順利到達了與初代聖像會面的夢境，
成功接收了理想中的地上景象，開始重建地上。
作為代價，數字變為0的糸果消失了，
但初代聖像利用自己的能力，將糸果作為**「一個普通的女孩」在地上重新構建**。
尾聲。
被重構和再生的地上。人們不久後也會來到這裡吧。
在這樣的地上，一個少女正期待著同伴的到來。
少女糸果迎接了到達的四人，故事結束。
糸果END【地上】
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